Đại diện Viện Kiểm sát giữ quyền công tố tại phiên tòa đã trình bày bản luận tội và đề nghị mức án đối với các bị cáo.
Theo đó, đại diện Viện Kiểm sát đã đề nghị Hội đồng xét xử tuyên phạt các mức án đối với các bị cáo: Nguyễn Đức Chung từ 10 năm đến 12 năm tù; Nguyễn Trường Giang (nguyên Giám đốc Công ty trách nhiệm hữu hạn Thương mại Dịch vụ Arktic - Công ty Arktic) và Võ Tiến Hùng (nguyên Tổng Giám đốc Công ty trách nhiệm hữu hạn Một thành viên Thoát nước Hà Nội) đều bị đề nghị từ 6 năm đến 7 năm tù về cùng tội “Lợi dụng chức vụ, quyền hạn trong khi thi hành công vụ” theo quy định tại Điều 356, khoản 3 – Bộ luật Hình sự năm 2015.
Riêng bị cáo Nguyễn Đức Chung, tổng hợp với hình phạt 5 năm tù trước đó do Tòa án nhân dân thành phố Hà Nội tuyên phạt bị cáo Chung về tội “Chiếm đoạt tài liệu bí mật Nhà nước”. Tổng hợp hình phạt chung đối với bị cáo Chung là từ 15 năm đến 17 năm tù.
Ngoài án phạt tù, đại diện Viện Kiểm sát còn đề nghị Hội đồng xét xử áp dụng hình phạt bổ sung, cấm 2 bị cáo Nguyễn Đức Chung và Võ Tiến Hùng giữ các chức vụ liên quan đến quản lý doanh nghiệp tài chính trong các tổ chức kinh tế Nhà nước từ 3-4 năm sau khi chấp hành xong hình phạt tù.
Về trách nhiệm dân sự, Viện Kiểm sát đề nghị Hội đồng xét xử buộc các bị cáo Nguyễn Đức Chung và Nguyễn Trường Giang phải có trách nhiệm liên đới bồi thường thiệt hại cho nguyên đơn dân sự là Công ty Thoát nước Hà Nội số tiền hơn 36 tỷ đồng. Ghi nhận sự tự nguyện của gia đình bị cáo Nguyễn Trường Giang đã nộp số tiền 1 tỷ đồng cho Cục Thi hành án dân sự thành phố Hà Nội để khắc phục hậu quả cho bị cáo Giang.
Bản luận tội nêu rõ, tại phiên tòa, hai bị cáo Võ Tiến Hùng và Nguyễn Trường Giang đều khai nhận hành vi phạm tội như cáo trạng đã nêu. Bị cáo Nguyễn Đức Chung không khai nhận hành vi phạm tội, không thừa nhận đã chỉ đạo bị cáo Hùng làm trái quy định mua chế phẩm Redoxy - 3C của Công ty Watch Water (Đức) qua Công ty Arktic. Bị cáo Chung khai không có quan hệ làm ăn kinh tế với bị cáo Giang, không biết vợ, con của bị cáo góp vốn cổ phần tại Công ty Arktic, không hưởng lợi ích gì từ Công ty Arktic… Tuy nhiên, căn cứ vào các tài liệu đã thu thập được, các văn bản có chữ ký hoặc bút tích của các bị cáo, biên bản các cuộc họp (có file ghi âm), lời khai của các bị cáo khác tại phiên tòa, lời khai của những người liên quan, người làm chứng, kết luận giám định cùng các tài liệu khác… Viện Kiểm sát khẳng định có đủ cơ sở quy kết hành vi phạm tội của các bị cáo về tội “Lợi dụng chức vụ, quyền hạn trong khi thi hành công vụ”.
Công tố viên nhận định, đây là vụ án rất nghiêm trọng, quá trình triển khai thực hiện công tác xử lý, khắc phục ô nhiễm nước tại các công các hồ trên địa bàn thành phố Hà Nội, lợi dụng vị thế công việc trong UBND thành phố và vì động cơ vụ lợi và động cơ cá nhân khác nhau, các bị cáo trong vụ án, đứng đầu là bị cáo Nguyễn Đức Chung đã có các hành vi lợi dụng chức vụ, quyền hạn trong khi thi hành công vụ, vi phạm Luật phòng, chống tham nhũng, vi phạm các quy định của Nhà nước về quản lý, sử dụng vốn Nhà nước trong hoạt động sản xuất, kinh doanh của doanh nghiệp, cố ý làm trái chỉ đạo của UNBD thành phố Hà Nội, ký kết 15 hợp đồng kinh tế mua chế phẩm Redoxy – 3C của Công ty Watch Water thông qua Công ty Arktic (là công ty gia đình bị cáo Chung) để Công ty Arktic được hưởng lợi nhuận không chính đáng số tiền hơn 36 tỷ đồng gây thiệt hại cho vốn ngân sách Nhà nước số tiền đặc biệt lớn và gây nhiều hệ lụy nghiêm trọng khác.
Đại diện Viện Kiểm sát khẳng định, hậu quả của vụ án là hết sức nghiêm trọng, số tiền thiệt hại lớn đến tài sản của Nhà nước. Hành vi phạm tội của các bị cáo trong vụ án là biểu hiện một phần của tệ nạn tham nhũng, lãng phí, quan liêu, không chỉ gây thiệt hại lớn về kinh tế mà còn ảnh hưởng đến hoạt động đúng đắn của các cơ quan Nhà nước, hoạt động kinh doanh lành mạnh của doanh nghiệp, gây ảnh hưởng nghiêm trọng đến uy tín, hình ảnh của UBND thành phố Hà Nội của người đứng đầu thành phố Hà Nội, dẫn đến một số cán bộ chủ chốt của UBND thành phố Hà Nội có hành vi sai phạm nghiêm trọng bị xử lý kỷ luật và xử lý hình sự, làm giảm niềm tin của nhân dân đối với chính quyền. Vì vậy, việc đưa vụ án này ra xét xử đã thể hiện quyết tâm của Đảng và Nhà nước ta trong việc kiên quyết đấu tranh phòng, chống tệ nạn tham nhũng lãng phí, thực hiện nguyên tắc thượng tôn pháp luật, mọi hành vi vi phạm pháp luật, nhất là các hành vi liên quan đến tội phạm tham nhũng đều phải bị xử lý, tài sản tham nhũng phải bị thu hồi, qua đó củng cố lòng tin của nhân dân vào sự lãnh đạo của Đảng và Nhà nước.