Theo kết luận điều tra, năm 2003, ông Trương Duy Nhất khi đó là Trưởng Văn phòng đại diện Báo Đại đoàn kết tại Trung Trung Bộ (văn phòng đặt tại Đà Nẵng) đã lợi dụng nhiệm vụ của cơ quan, ký 3 văn bản gửi UBND thành phố Đà Nẵng đề nghị được mua nhà theo diện công sản, không tính hệ số sinh lợi để làm trụ sở văn phòng.
Sau khi nhận được quyết định của UBND thành phố Đà Nẵng, bị can Nhất đã để Phan Văn Anh Vũ (khi đó là Giám đốc Công ty xây dựng 79) thay Báo Đại đoàn kết nộp tiền vào ngân sách Nhà nước và ký hợp đồng nguyên tắc; sang tên nhà, đất trên cho Công ty xây dựng 79 bằng giá mua của Nhà nước.
Ngày 23/11/2004, bị can Nhất ký hợp đồng chuyển nhượng nhà, đất trên cho Công ty xây dựng 79.
Từ năm 2006, gia đình Vũ “nhôm” đã nhận chuyển nhượng lại nhà đất này. Hiện nay, lô đất 82 Trần Quốc Toản là một phần đất trong căn biệt thự làm nhà ở của gia đình Vũ “nhôm”.
Cơ quan Cảnh sát điều tra, Bộ Công an xác định, hành vi phạm tội của bị can Trương Duy Nhất đã gây thiệt hại cho ngân sách Nhà nước hơn 300 triệu đồng (tại thời điểm tháng 7/2004) và hơn 13 tỷ đồng tại thời điểm phát hiện tội phạm (tháng 4/2018).
Trong vụ án này, Cơ quan Cảnh sát điều tra, Bộ Công an nhận định, một số cá nhân nguyên là lãnh đạo Báo Đại đoàn kết thời điểm đó có dấu hiệu phạm tội thiếu trách nhiệm gây hậu quả nghiêm trọng, tuy nhiên, căn cứ khoản 1 Điều 9 và khoản 2 Điều 27 Bộ luật Hình sự, hành vi những người này đã hết thời hiệu truy cứu trách nhiệm hình sự.
Đối với lãnh đạo UBND và các sở, ban, ngành của thành phố Đà Nẵng và một số cá nhân, tổ chức khác có liên quan đến việc tham mưu thu hồi và bán nhà, đất số 82 Trần Quốc Toản, Cơ quan Cảnh sát điều tra, Bộ Công an đã tách ra để xử lý.