Theo đại diện Viện Kiểm sát nhân dân Thành phố Hồ Chí Minh, trong quá trình giám sát, giải quyết vụ án, Viện Kiểm sát luôn tuân thủ nguyên tắc suy đoán vô tội, nguyên tắc tôn trọng sự thật khách quan của vụ án. Viện Kiểm sát đánh giá, phần lớn bị cáo thành khẩn, ăn năn hối cải, song một số luật sư trong phần tranh luận đưa ra luận cứ không bám sát diễn biến của phiên tòa làm ảnh hưởng đến quyền lợi của các bị cáo. Một số luật sư sử dụng từ ngữ mang tính nhận định, chưa phản ánh đúng đánh giá của Viện Kiểm sát.
Tại tòa, Viện Kiểm sát đã đối đáp lại quan điểm của các luật sư bào chữa theo từng nhóm vấn đề. Về vấn đề xác định hậu quả thiệt hại của vụ án, một số luật sư bào chữa của bị cáo Trương Mỹ Lan cho rằng, cần thực hiện trưng cầu định giá tài sản theo đúng quy định của Bộ luật Tố tụng hình sự. Song, đại diện Viện Kiểm sát đối đáp rằng, việc xác định trên chỉ phù hợp để áp dụng với các tổ chức tín dụng vi phạm hình sự thông thường. Trong vụ án này, bản chất của Trương Mỹ Lan là chiếm đoạt tài sản, đưa tài sản vào không đăng ký giao dịch bảo đảm…; hành vi phạm tội được thực hiện xuyên suốt từ năm 2012. Do đó, Viện Kiểm sát không xác định thiệt hại theo quan điểm của luật sư nêu.
Theo đại diện Viện Kiểm sát, thiệt hại của vụ án không chỉ được xác định bằng cách trưng cầu định giá trong tố tụng hình sự mà còn có thể áp dụng các biện pháp thu thập chứng cứ khác để xác định thiệt hại của vụ án. Trong vụ án này, cơ quan tố tụng đã không căn cứ vào kết luận định giá của Công ty Hoàng Quân để xác định thiệt hại mà áp dụng biện pháp thu thập chứng cứ khác để định giá tài sản, không cần thông qua hội đồng định giá. Kết quả điều tra xác định thiệt hại do hành vi bị cáo Trương Mỹ Lan gây ra là hơn 677.000 tỷ đồng, phù hợp với hệ thống hạch toán trên hệ thống phần mềm SCB, lời khai các bị cáo khác, đơn vị kiểm toán độc lập…
Luật sư bào chữa của bị cáo Trương Mỹ Lan cho rằng, Hội đồng Quản trị mới là cơ quan quản lý cao nhất tại SCB; còn bị cáo Trương Mỹ Lan không nắm giữ chức vụ, không có quyền quyết định hoạt động của SCB nên không phải là chủ thể của tội tham ô tài sản. Đại diện Viện Kiểm sát cho rằng, nhận định này của luật sư là chưa đúng theo quy định của Luật Doanh nghiệp, Luật Các tổ chức tín dụng, tài liệu thu thập được và kết quả thẩm tra tại tòa. Theo đó, pháp luật nêu rõ, SCB thành lập dưới hình thức công ty cổ phần hoạt động theo pháp luật; trong đó, đại hội đồng cổ đông là cơ quan cao nhất của công ty cổ phần, thành phần gồm tất cả cổ đông có quyền biểu quyết. Hội đồng Quản trị chỉ là cơ quan quản lý công ty do đại hội đồng cổ đông bầu ra.
Bên cạnh đó, tài liệu điều tra, chứng cứ trong vụ án và kết quả thẩm vấn của các bị cáo khác đều xác định, bị cáo Trương Mỹ Lan là chủ thực sự, sở hữu phần lớn cổ phiếu của SCB (91,5%); có quyền quyết định điều hành chi phối toàn bộ hoạt động của SCB. Theo lời khai của bị cáo Tạ Chiêu Trung (cựu Tổng Giám đốc Công ty Việt Vĩnh Phú), bị cáo đã được Trương Mỹ Lan chỉ đạo lập bản sao kê biến động cổ đông tới tháng 6/2022; giao nhiệm vụ theo dõi cổ phần SCB thuộc sở hữu của bị cáo Lan và các cổ phần liên quan đến bị cáo Lan. Tại cơ quan điều tra, bị cáo Lan cũng khai nhận đã vận động người thân, bạn bè mua cổ phần trước khi sáp nhập 3 ngân hàng để đạt 65%, sau đó tiếp tục tăng cổ phần lên.
Về mặt giấy tờ, mặc dù bị cáo Lan không quản lý tài sản của SCB nhưng nắm quyền chi phối tuyệt đối nên có quyền bầu, miễn nhiệm thành viên SCB. Đây là điều kiện, phương thức, thủ đoạn để bị cáo lợi dụng chiếm đoạt tiền tại SCB. Cạnh đó, lời khai của các bị cáo chủ chốt tại SCB như: Võ Tấn Hoàng Văn, Trương Khánh Hoàng… đều thể hiện khi được bổ nhiệm đến lúc xin nghỉ đều phải thông qua Trương Mỹ Lan. Trong quá trình điều tra và xét xử, bản thân bị cáo Lan cũng nhớ rõ ràng cụ thể thời gian, lý do của việc sắp xếp từng nhân sự chủ chốt trong SCB.
Từ những luận điểm này, Viện Kiểm sát nhận định, việc cáo trạng kết luận bị cáo Trương Mỹ Lan có quyền hạn chi phối, điều hành mọi hoạt động của SCB là có căn cứ, đúng quy định của pháp luật.
Về cáo buộc bị cáo Trương Mỹ Lan là chủ mưu, cầm đầu thực hiện việc chiếm đoạt tài sản của SCB, Viện Kiểm sát nhận định, bản chất Trương Mỹ Lan coi SCB như một công cụ tài chính để phục vụ mục đích của mình. Bất cứ khi nào cần tiền, Lan thông báo số tiền cần sử dụng để nhân viên rút tiền ra khỏi SCB. Việc Lan đưa tài sản đảm bảo cho các khoản vay chỉ là phương thức thủ đoạn phạm tội. Các tài sản đảm bảo này có thể rút ra hoặc hoán đổi bất cứ khi nào để thay thế bằng tài sản khác không đủ điều kiện pháp lý dẫn đến các khoản vay không có khả năng thu hồi vốn.
Với tài liệu, căn cứ có được, mặc dù chưa có kết quả tương trợ tư pháp về xác minh làm rõ 5 doanh nghiệp nước ngoài đứng tên cổ phần cho bị cáo Lan, nhưng đủ cơ sở xác định Lan là chủ thể tội “Tham ô tài sản”. Việc các luật sư yêu cầu cơ quan tố tụng chứng minh 5 công ty cổ phần nước ngoài mua cổ phần của bị cáo không làm thay đổi sự thật bị cáo Lan nắm quyền chi phối với số cổ phần này. Vì vậy, đại diện Viện Kiểm sát khẳng định, có đủ cơ sở xác định bị cáo Trương Mỹ Lan là chủ thể tội “Tham ô tài sản”.
Đối với ý kiến ngân hàng có thể miễn lãi nên không thể buộc các bị cáo chịu trách nhiệm về lãi, phí, Viện Kiểm sát cho rằng, nếu theo quy trình hoạt động ngân hàng thông thường (huy động tiền của người dân, cho doanh nghiệp vay) thì ngân hàng phải trả lãi cho người dân. Tuy nhiên, đây là vụ án hình sự mang tính chiếm đoạt. Trương Mỹ Lan hoàn toàn biến SCB thành công cụ rút tiền, không thanh toán lãi và phí theo quy trình hoạt động của ngân hàng thông thường. SCB trở thành đơn vị gánh chịu hậu quả nợ và phải hoàn trả nợ cho Ngân hàng Nhà nước. Viện Kiểm sát cho rằng, việc quy kết trách nhiệm hình sự dựa trên thiệt hại là dư nợ gốc, còn thiệt hại về lãi suất, phí... được xác định là thiệt hại do vi phạm quy định cho vay. Do đó, việc buộc bị cáo chịu trách nhiệm dân sự về lãi, phí là có căn cứ pháp luật.
Luật sư bào chữa cũng đặt vấn đề về việc tại sao hành vi của Trương Mỹ Lan là xuyên suốt trong một thời gian dài với cùng phương thức, thủ đoạn nhưng Viện Kiểm sát lại truy tố bị cáo về hai tội danh khác nhau là “Tham ô tài sản” và “Vi phạm quy định về cho vay trong hoạt động của các tổ chức tín dụng”. Viện Kiểm sát đối đáp, trong giai đoạn từ năm 2012 - 2018, hành vi phạm tội của Trương Mỹ Lan và đồng phạm thỏa mãn cấu thành tội vi phạm quy định về cho vay trong hoạt động của các tổ chức tín dụng theo Bộ Luật Hình sự năm 1999. Đến giai đoạn 2018 trở về sau, lúc này, Bộ Luật Hình sự năm 2015 (sửa đổi bổ sung năm 2017) đã có hiệu lực; căn cứ vào các văn bản hướng dẫn thi hành thì trong giai đoạn này, hành vi của Trương Mỹ Lan đã đủ yếu tố để cấu thành tội “Tham ô tài sản”. Do đó, Viện Kiểm sát truy tố bị cáo về hai tội danh là có căn cứ.
Một số luật sư nêu quan điểm, vụ án xác định các bị cáo đồng phạm với bà Lan nhưng truy tố các tội danh khác nhau. Về vấn đề này, Viện Kiểm sát cho biết, bị cáo Lan và đồng phạm ở các cương vị, vị trí khác nhau nên Viện Kiểm sát đã phân loại dựa theo vai trò, tính chất, hậu quả hành vi phạm tội của từng bị cáo. Những bị cáo có chức vụ, quyền hạn, vai trò quan trọng tại Vạn Thịnh Phát, SCB tiếp nhận trực tiếp chỉ đạo của Trương Mỹ Lan, giúp Lan chiếm đoạt tiền bị truy tố tội “Tham ô tài sản”. Các bị cáo nhóm dưới là người làm thuê, không ý thức được việc làm của Trương Mỹ Lan nên cơ quan điều tra không đánh giá là đồng phạm. Song, hành vi của các bị cáo này đã vi phạm về hoạt động ngân hàng nên bị truy tố về tội “Vi phạm quy định về hoạt động ngân hàng, hoạt động khác liên quan đến hoạt động ngân hàng”.
Với việc thành lập công ty "ma", các luật sư của bị cáo Lan nói, các công ty “ma” không liên quan đến bị cáo. Tuy nhiên, Viện Kiểm sát cho rằng, đây là lập luận không có căn cứ. Viện Kiểm sát nhận định, Trương Mỹ Lan đích thực đã chỉ đạo thành lập các công ty không có hoạt động thật, đứng tên khoản vay, sử dụng để các bị cáo giải quỹ, che giấu cắt đứt dòng tiền. Thủ đoạn của bị cáo là chỉ đạo miệng, không để lại bút tích, nghĩ rằng như thế sẽ không bị phát hiện, cơ quan không xử lý được nhưng cuối cùng vẫn bị phát giác. Việc bị cáo Lan trong quá trình xét xử có hành vi đổ tội cho các nhân viên SCB đã tự liên hệ với bị cáo Nguyễn Phương Anh để tạo lập hồ sơ “khống” thể hiện sự ngoan cố, không dám chịu trách nhiệm của bị cáo.
Về việc bị cáo Trương Mỹ Lan và luật sư trình bày bị cáo chỉ là người bảo trợ cho SCB, cho ngân hàng mượn tài sản, huy động người thân, bạn bè ở nước ngoài mượn tiền, Viện Kiểm sát cho rằng, bị cáo chưa bao giờ cho mượn tài sản mà đưa tài sản vào để hợp thức khoản vay rồi lấy tiền đó đi mua bất động sản. Có 1.196 bất động sản liên quan đến bị cáo Trương Mỹ Lan bị kê biên và chính bị cáo cũng thừa nhận, số bất động sản này nhờ người khác đứng tên, giao cho nhân viên quản lý.