Ba bị can trong vụ án này gồm: Nguyễn Văn Thiệu (sinh năm 1966, nguyên Chủ tịch UBND xã Lệ Chi), Nguyễn Văn Trường (sinh năm 1974, nguyên kế toán UBND xã Lệ Chi), Vũ Văn Huấn (sinh năm 1965, nguyên thủ quỹ UBND xã Lệ Chi) bị Viện Kiểm sát nhân dân thành phố Hà Nội truy tố về tội “Vi phạm quy định về kế toán gây hậu quả nghiêm trọng” theo quy định tại Điều 221, khoản 2, điểm d – Bộ luật Hình sự năm 2015.
Theo cáo trạng, UBND xã Lệ Chi được UBND huyện Gia Lâm cấp ngân sách để chi cho các hoạt động thường xuyên của UBND xã, chi lương và các hoạt động khác. Ngoài nguồn ngân sách do Nhà nước cấp, UBND xã Lệ Chi còn có một số nguồn thu tại địa phương như: Thu tiền thuê thầu quỹ đất công do UBND xã quản lý, thu thuế nhà đất, thuế môn bài, thuế nông nghiệp… Theo quy định, các khoản thu của xã đều phải được nộp vào tài khoản ngân sách tại Kho bạc Nhà nước huyện Gia Lâm. Việc chi cho các hoạt động của UBND xã phải đảm bảo đầy đủ thủ tục, chứng từ. Hàng tháng, quý, năm phải làm thủ tục quyết toán với Kho bạc Nhà nước.
Trong thời gian từ năm 2004 đến năm 2012, Nguyễn Văn Thiệu (Chủ tịch UBND xã - chủ tài khoản), Nguyễn Văn Trường (kế toán ngân sách xã) và Vũ Văn Huấn (Thủ quỹ UBND xã) đã không thực hiện thu, chi ngân sách theo đúng quy định.
Cụ thể, các bị can thu tiền nhưng không làm thủ tục nộp vào tài khoản ngân sách xã tại Kho bạc Nhà nước, chi tiền không có chứng từ và không có thủ tục quyết toán dẫn đến làm thất thoát số tiền hơn 1 tỷ đồng. Trong số tiền này, có 220 triệu đồng được hạch toán trên hệ thống sổ sách nhưng không nộp Kho bạc Nhà nước theo quy định. Còn lại số tiền 798 triệu đồng là nguồn tiền thu từ việc cho thuê thầu quỹ đất công từ năm 2004 đến năm 2012.
Sau khi thu tiền, Nguyễn Văn Thiệu, Nguyễn Văn Trường, Vũ Văn Huấn không làm thủ tục nộp Kho bạc Nhà nước, không hạch toán trên hệ thống sổ sách kế toán, lập hệ thống sổ sách theo dõi riêng. Đến kỳ báo cáo quyết toán ngân sách năm với Hội đồng nhân dân xã và Phòng Tài chính huyện Gia Lâm, các bị can không báo cáo số tiền thực tế thu trong năm, mà chỉ báo cáo số tiền thu và đã nộp về Kho bạc Nhà nước. Số tiền còn lại đã thu, các bị can không nộp về Kho bạc Nhà nước và không cũng thể hiện trong báo cáo năm.
Viện Kiểm sát nhân dân thành phố Hà Nội xác định, hành vi để ngoài sổ sách kế toán, lập sổ sách theo dõi riêng số tiền 798 triệu đồng của 3 bị can: Thiệu, Trường, Huấn đã phạm vào tội “Vi phạm quy định về kế toán gây hậu quả nghiêm trọng”.