Theo đó, Thanh tra Chính phủ chỉ ra nhiều sai phạm trong quản lý tài chính, tài sản nhà nước tại đơn vị này cũng như tại 8 đơn vị trực thuộc.
Kết luận của Thanh tra Chính phủ chỉ rõ, trong công tác giao dự toán thu, chi tại Viện Hàn lâm Khoa học và Công nghệ Việt Nam có những sai phạm như chưa giao đầy đủ dự toán thu sự nghiệp cho các đơn vị trực thuộc theo quy định; không giao chỉ tiêu tiết kiệm 10% chi thường xuyên để tạo lập nguồn cải cách tiền lương…
Về công tác thẩm định, phê duyệt dự án đầu tư, Viện Hàn lâm Khoa học và Công nghệ Việt Nam đã phê duyệt quy mô công trình dự án “Cơ sở nghiên cứu Viện Sinh học Tây Nguyên” chưa phù hợp thực tiễn, phê duyệt điều chỉnh quy mô dự án “Cơ sở nghiên cứu, triển khai Viện Khoa học vật liệu ứng dụng” khi chưa được thẩm định…
Bên cạnh đó, Viện Hàn lâm Khoa học và Công nghệ Việt Nam giao chủ đầu tư không có chức năng, chuyên môn và không có đủ cán bộ có năng lực quản lý dự án. Công tác thẩm định, phê duyệt kế hoạch đấu thầu không nêu rõ nguồn vốn hoặc phương thức thu xếp vốn thanh toán cho nhà thầu theo quy định cũng là một trong các sai sót. Ngoài ra, Viện Hàn lâm Khoa học và Công nghệ Việt Nam có sai phạm khi để Viện nghiên cứu hệ gen tự thực hiện công tác lập dự án dù không đủ tư cách pháp nhân…
Đối với 8 đơn vị trực thuộc Viện Hàn lâm Khoa học và Công nghệ Việt Nam, theo Thanh tra Chính phủ, các đơn vị này lập, phê duyệt dự toán chi phí quản lý dự án hằng năm chậm, dẫn đến nhiều khoản chi không đúng quy định; xây dựng quy chế chi tiêu nội bộ chưa đúng quy định; thu các khoản phí, lệ phí, học phí phát sinh tại đơn vị không nộp kho bạc nhà nước…
“Trách nhiệm về các thiếu sót, hạn chế trong quản lý tài chính, tài sản Nhà nước giao thuộc lãnh đạo Viện Hàn lâm, Ban Kế hoạch - Tài chính, các viện, đơn vị thuộc Viện Hàn lâm giai đoạn 2011-2015. Trách nhiệm về các thiếu sót, hạn chế trong việc thực hiện các dự án đầu tư xây dựng thuộc chủ đầu tư và các nhà thầu tham gia thực hiện dự án”, kết luận nêu rõ.
Từ những thiếu sót trên, Thanh tra Chính phủ kiến nghị Viện Hàn lâm Khoa học và Công nghệ Việt Nam phối hợp với các bộ ngành liên quan để thống nhất phương án phân bổ vốn đầu tư, nhằm đảm bảo các dự án được đẩy nhanh tiến độ, phát huy hiệu quả. Viện cũng cần rà soát các dự án đang thi công dở dang và xác định rõ các công trình thực sự cần thiết để xem xét phương án bố trí vốn, tránh lãng phí trong đầu tư.
Về xử lý kinh tế, Thanh tra Chính phủ yêu cầu Viện Hàn lâm Khoa học và Công nghệ Việt Nam xử lý số tiền gần 4,2 tỷ đồng phát hiện qua thanh tra, gồm: Giảm trừ giá trị hợp đồng phần xây dựng của dự án Cơ sở nghiên cứu Viện Kỹ thuật nhiệt đới số tiền trên 730 triệu đồng; chỉ đạo các chủ đầu tư các dự án được thanh tra xử lý số tiền trên 3,4 tỷ đồng. Đồng thời Viện Hàn lâm phải chỉ đạo kiểm điểm, rút kinh nghiệm đối với tập thể, cá nhân liên quan đến thiếu sót, khuyết điểm nêu trong kết luận.