Theo kết luận nêu trên, bà Nguyễn Thị Hải Hằng - Giám đốc Học viện Hàng không Việt Nam đã chỉ đạo Trung tâm Ngoại ngữ Tin học Hàng không ALI (trực thuộc Học viện Hàng không Việt Nam) ký hợp đồng, mang tài sản nhà nước (văn phòng và phòng học) để ký kết hợp đồng hợp tác kinh doanh với Công ty TNHH Tư vấn và Hỗ trợ giáo dục ESCC. Trung tâm Ngoại ngữ Tin học Hàng không ALI chỉ mới nộp về cho Học viện Hàng không Việt Nam 132 triệu đồng trong khi số tiền phải thu từ việc cho thuê mặt bằng, điện, nước là 1,036 tỷ đồng.
Cùng với đó, bà Nguyễn Thị Hải Hằng đã thành lập Tổ phục vụ quản lý kinh doanh bãi xe, căng tin cơ sở đào tạo của Học viện Hàng không Việt Nam, nguồn thu từ năm 2016 - 2017 đạt hơn 1,5 tỷ đồng nhưng không được chuyển về Phòng Tài chính kế toán của Học viện Hàng không Việt Nam, dẫn tới việc phần lớn số tiền này đã bị “bỏ quên” ngoài sổ sách kế toán.
Tổ phục vụ này còn tự ý cải tạo, sửa chữa căng tin của Học viện Hàng không Việt Nam (tại cơ sở 104 Nguyễn Văn Trỗi, quận Phú Nhuận và 18A đường Cộng Hoà, quận Tân Bình) trái thẩm quyền, không đúng trình tự thủ tục, các hợp đồng sửa chữa không có thiết kế bản vẽ thi công…
Cùng đó, Trung tâm đào tạo phi công thuộc Học viện Hàng không Việt Nam đã ký hợp đồng với Chi nhánh Viettel Khánh Hoà (Tập đoàn Viễn thông quân đội) về việc cho thuê mặt bằng của Trung tâm đào tạo phi công để làm vị trí đặt trạm viễn thông với giá thuê 2,2 triệu đồng/tháng, tổng số tiền thuê lên tới 342 triệu đồng nhưng lại "để quên” tại ngân hàng. Hành vi này đã vi phạm quy định về quản lý tài sản công, vi phạm chế độ tài chính kế toán.
Theo Bộ Giao thông Vận tải, để xảy ra sai phạm nói trên, trước hết là trách nhiệm của bà Nguyễn Thị Hải Hằng và ông Lưu Trung, lần lượt là Giám đốc và Phó Giám đốc Học viện Hàng không Việt Nam, các cá nhân tham mưu, Trưởng phòng nghiệp vụ và Giám đốc Trung tâm đào tạo phi công.
Thứ trưởng Lê Đình Thọ đã giao Thanh tra Bộ Giao thông Vận tải ban hành quyết định thu hồi 132 triệu đồng của Học viện Hàng không Việt Nam do mang tài sản Nhà nước liên doanh liên kết, nộp vào ngân sách nhà nước; thu hồi 342 triệu đồng của ông Nguyễn Hồng Phong - nguyên Giám đốc Trung tâm đào tạo phi công do mang tài sản nhà nước cho thuê không đúng quy định; đồng thời yêu cầu Học viện Hàng không Việt Nam thu hồi số tiền 1,036 tỷ đồng mà Trung tâm Ngoại ngữ và Tin học ALI còn nợ Học viện Hàng không Việt Nam.