Hai bị cáo khác có cùng tội danh là Đào Thị Liên (sinh năm 1974, trú tại phường Nguyễn Du, thành phố Nam Định, tỉnh Nam Định) lĩnh án 7 năm 6 tháng tù; Nguyễn Thị Thanh Xuân (sinh năm 1981, là em gái Hùng) bị phạt 8 năm tù.
Theo cáo trạng, năm 2003, Nguyễn Mạnh Hùng thành lập và làm Giám đốc Công ty TNHH đầu tư phát triển thương mại và cơ khí Mạnh Hùng. Công ty có ba kho hàng hóa và kinh doanh theo mô hình thuê nhân công thị trường, hoạt động không có kế toán trưởng, thủ kho, thủ quỹ. Năm 2010, Hùng thành lập thêm hai công ty: Công ty TNHH Cơ kim khí Việt Nam và nhờ Đào Thị Liên làm giám đốc kiêm kế toán; Công ty Cổ phần chế tạo thiết bị môi trường Việt Nam và Nguyễn Thị Thanh Xuân (em gái Hùng) đứng danh Chủ tịch Hội đồng quản trị.
Sau đó, Hùng sử dụng tư cách hai pháp nhân trên để đăng ký con dấu, in hóa đơn giá trị gia tăng, mở tài khoản tại các ngân hàng. Thực tế, hai công ty trên không có việc góp vốn, không có hoạt động kinh doanh, không có hàng hóa. Mọi hoạt động ký kết hợp đồng kinh tế đều do Hùng đứng ra điều hành và quản lý con dấu. Trong quá trình hoạt động sản xuất kinh doanh, Hùng lập hồ sơ vay Ngân hàng thương mại cổ phần Bảo Việt, Ngân hàng thương mại cổ phần Nam Á và Ngân hàng thương mại cổ phần Phát triển nhà Thành phố Hồ Chí Minh. Để được cấp hạn mức tín dụng và vay vốn, Công ty Mạnh Hùng đã dùng tài sản thế chấp là bất động sản của bên thứ ba; hàng hóa là thép không gỉ (inox) dạng cuộn nguyên đai, nguyên kiện (mới 100%) là tài sản hình thành từ vốn vay.
Các hợp đồng kinh tế mua bán inox giữa Công ty Mạnh Hùng, Công ty cơ kim khí, Công ty chế tạo thiết bị môi trường do Hùng tự soạn thảo. Hùng sử dụng các mẫu chữ ký của Đào Thị Liên và Nguyễn Thị Thanh Xuân được khắc sẵn đóng vào các hợp đồng. Hùng chỉ đạo Liên và Xuân ký khống trên các hóa đơn mua bán hàng.
Để có hàng hóa làm tài sản thế chấp, Hùng thuê nhân công lao động thời vụ làm ra 90 cục bê tông có hình dạng giống các cuộn thép, bên trong là bê tông đúc, bên ngoài được bọc thép đóng đai, đóng kiện. Hùng tự in tem xuất nhập khẩu có ghi thông số và dán lên các cục bê tông giả thép không gỉ, chứa ở kho của Công ty Mạnh Hùng thể hiện việc mua bán.
Các ngân hàng cử cán bộ thẩm định xuống kiểm tra hàng hóa, tài sản theo hợp đồng, lập biên bản bàn giao hàng hóa giữa ba bên là Công ty Mạnh Hùng – Công ty bảo vệ - Ngân hàng. Các ngân hàng giải ngân vào hai công ty thụ hưởng là Công ty TNHH Cơ kim khí Việt Nam và Công ty Cổ phần chế tạo thiết bị môi trường Việt Nam.
Với thủ đoạn trên, từ năm 2011-2012, các ngân hàng đã giải ngân cho Hùng số tiền hơn 31 tỷ đồng. Trong đó, Ngân hàng thương mại cổ phần Bảo Việt giải ngân gần 20 tỷ đồng; Ngân hàng thương mại cổ phần Nam Á giải ngân 7,6 tỷ đồng. Ngân hàng thương mại cổ phần Phát triển nhà Thành phố Hồ Chí Minh giải ngân gần 3,5 tỷ đồng, Hùng đã thanh toán gần 1,3 tỷ đồng, còn lại chiếm đoạt 2,2 tỷ đồng. Toàn bộ số tiền này đã bị Hùng chiếm đoạt.
Tại phiên tòa, bị cáo Hùng khai, năm 2010, do sản xuất kinh doanh sút kém, Công ty không có vốn sản xuất, để đáo hạn, tất toán các khoản vay. Trong khi đó, Hùng đã phát hiện quy trình sơ hở trong việc kiểm tra tài sản thế chấp là cán bộ tín dụng không mở bao bì các cuộn thép chỉ kiểm tra bằng mắt thường, đối chiếu trên hóa đơn và chứng từ đó, Hùng nảy sinh ý định lừa đảo.
Hội đồng xét xử xác định trong vụ án này, bị cáo Hùng đóng vai trò chủ mưu, tổ chức thực hiện. Bị cáo Liên là đồng phạm giúp sức cho Hùng chiếm đoạt hơn 12 tỷ đồng, bị cáo Xuân giữ vai trò giúp sức cho Hùng chiếm đoạt hơn 10 tỷ đồng của ngân hàng.