Hội đồng xét xử gồm 3 người: 1 thẩm phán, 2 hội thẩm nhân dân, do thẩm phán Trần Nam Hà (Phó Chánh Tòa Hình sự, Tòa án nhân dân thành phố Hà Nội) làm chủ tọa. Hai kiểm sát viên của Viện Kiểm sát nhân dân Tối cao và một kiểm sát viên của Viện Kiểm sát nhân dân thành phố Hà Nội được phân công thực hành quyền công tố và kiểm sát xét xử tại phiên tòa.
Trong vụ án này, cùng ra Tòa với bị cáo Phùng Anh Lê (sinh năm 1967, cựu Đại tá Công an) còn có 3 cựu cán bộ Công an quận Tây Hồ gồm Nguyễn Đức Châu (sinh năm 1973, cựu Đội trưởng Đội Cảnh sát hình sự), Vũ Công Ngọc (sinh năm 1980, cựu Đội phó Đội Cảnh sát hình sự) và Lê Đình Trung (sinh năm 1977, cựu Đội phó Đội Cảnh sát thi hành án hình sự và hỗ trợ tư pháp) bị truy tố về tội “Tha trái pháp luật người bị bắt, người đang bị tạm giữ, tạm giam, người đang chấp hành án phạt tù” theo quy định tại Điều 378, khoản 1 – Bộ luật Hình sự.
Có tổng số 7 luật sư đăng ký bào chữa cho bị cáo Phùng Anh Lê, 4 luật sư bào chữa cho bị cáo Nguyễn Đức Châu.
Trong phiên tòa này, Hội đồng xét xử đã triệu tập 2 người có quyền lợi, nghĩa vụ liên quan; 12 người làm chứng.
Phiên tòa dự kiến diễn ra trong 2 ngày, kể cả ngày nghỉ.
Theo cáo trạng của Viện Kiểm sát nhân dân Tối cao, ngày 19/9/2016, anh Nguyễn Công Thành (ở quận Hoàn Kiếm, Hà Nội) đến Công an phường Yên Phụ, quận Tây Hồ, tố cáo một nhóm người bắt giữ anh Thành trái pháp luật rồi hành hung. Sau đó, Nguyễn Hữu Tài cùng một số đồng phạm ra đầu thú do liên quan đến sự việc trình báo của anh Thành. Quá trình điều tra, Công an quận Tây Hồ tạm giữ Tài 4 ngày.
Sau khi Tài bị tạm giữ, người thân của Tài đã tìm gặp ông Phùng Văn Bảy (chú họ của bị cáo Phùng Anh Lê) để nhờ giúp đỡ. Ông Bảy đã đặt vấn đề và được Phùng Anh Lê đồng ý cho Tài ra về với điều kiện gia đình nghi phạm phải đưa cho Lê 110 triệu đồng.
Tối 22/9/2016, ông Bảy mang tiền đến phòng làm việc của cựu Trưởng Công an quận Tây Hồ và nói: "Cháu xem giúp hòa giải cho nó về". Nhận được tiền, Phùng Anh Lê chỉ đạo Nguyễn Đức Châu, Lê Đình Trung giao Tài cho Vũ Công Ngọc.
Đêm 23/9/2016, Nguyễn Hữu Tài được thả về. Hôm sau, Tài và anh Thành được gọi lên trụ sở Công an quận Tây Hồ để hòa giải.
Ngày 22/1/2021, Công an thành phố Hà Nội đã rà soát và lật lại hồ sơ vụ án. Sau khi củng cố hồ sơ, Công an thành phố Hà Nội ra quyết định khởi tố vụ án, khởi tố bị can với Nguyễn Hữu Tài và 5 bị can khác về tội Cướp tài sản. Cuối tháng 4/2021, Tòa án nhân dân thành phố Hà Nội đã đưa ra xét xử vụ án này và tuyên phạt Nguyễn Hữu Tài 2 năm tù về tội “Cướp tài sản”. Cùng tội danh này, Hội đồng xét xử đã tuyên phạt các bị cáo: Nguyễn Khắc Đức, Trần Văn Lộc và Nguyễn Văn Nam các mức án từ 18-20 tháng tù; Nguyễn Quang Chính lĩnh 15 tháng tù treo.
Mở rộng điều tra, cơ quan chức năng đã xác định hành vi vi phạm pháp luật như trên của cựu đại tá Phùng Anh Lê và một số cựu cán bộ Công an quận Tây Hồ.
Viện Kiểm sát nhân dân Tối cao đánh giá bị cáo Phùng Anh Lê khi còn đương chức biết rõ Nguyễn Hữu Tài đang bị tạm giữ để phục vụ quá trình xác minh thông tin tội phạm. Tuy nhiên, khi nghe ông Bảy đặt vấn đề, Lê đã lợi dụng chức vụ quyền hạn, yêu cầu đưa 110 triệu đồng rồi chỉ đạo cấp dưới thả người.
Quá trình điều tra, cựu Đại tá Phùng Anh Lê bị xác định là không thành khẩn khai báo, ngoan cố chối tội, đổ lỗi cho cấp dưới. Bị cáo Lê cũng không thừa nhận việc nhận 110 triệu đồng.
Đối với các bị cáo: Nguyễn Đức Châu, Vũ Công Ngọc, Lê Đình Trung, Viện Kiểm sát nhận định những bị cáo này mặc dù biết chỉ đạo của Phùng Anh Lê là trái pháp luật nhưng vẫn chấp hành, thực hiện việc tha trái pháp luật đối với Nguyễn Hữu Tài.