Sau khi nghị án, Hội đồng xét xử tuyên phạt bị cáo Nguyễn Tài, cựu Chủ tịch Ủy ban nhân dân huyện Đông Hòa, 7 năm tù; Nguyễn Dương Tiến Hùng, cựu cán bộ Phòng Nông nghiệp và Phát triển nông thôn huyện Đông Hòa 1 năm 3 tháng tù; Nguyễn Trình Văn, cựu nhân viên Phòng Tài nguyên và Môi trường và Nguyễn Thị Huỳnh Dung, cựu chuyên viên Phòng Tài nguyên môi trường 1 năm tù.
Bị cáo Huỳnh Ngọc Sương, cựu Phó Chủ tịch Ủy ban nhân dân huyện Đông Hòa bị phạt 3 năm tù (cho hưởng án treo); Nguyễn Kỳ Tổng, cựu Trưởng phòng Tài nguyên và Môi trường 2 năm 6 tháng tù (cho hưởng án treo).
Bị cáo Dương Văn Nhân, cựu Phó Trưởng phòng Tài nguyên và Môi trường và Lê Văn Hoàng, cựu Chủ tịch Ủy ban nhân dân xã Hòa Tâm 2 năm tù (cho hưởng án treo).
Bị cáo Võ Tấn Vinh, cựu chuyên viên Phòng Tài chính huyện bị phạt 1 năm 6 tháng tù (cho hưởng án treo).
Bị cáo Nguyễn Văn Sơn, cựu nhân viên Phòng Tài nguyên và Môi trường; Huỳnh Công Dự, cựu nhân viên Phòng Kinh tế và Hạ tầng và Nguyễn Hữu Phí (người được hưởng lợi trong vụ án) cùng bị phạt 1 năm tù (cho hưởng án treo).
Những bị cáo này đã phạm tội "Cố ý làm trái quy định của Nhà nước về quản lý kinh tế gây hậu quả nghiêm trọng", theo quy định tại Điều 165 Bộ luật Hình sự năm 1999 (sửa đổi, bổ sung năm 2009).
Các bị cáo Nguyễn Kích, cựu Giám đốc Trung tâm phát triển quỹ đất huyện Đông Hòa bị phạt 5 năm 6 tháng tù; Huỳnh Ngọc Thắng, cựu Phó Giám đốc Trung tâm phát triển quỹ đất huyện Đông Hòa bị phạt 4 năm 6 tháng tù.
Bị cáo Bùi Xuân Quang, cựu nhân viên Trung tâm Phát triển quỹ đất huyện bị phạt 3 năm tù và Trần Trọng Duy, cựu nhân viên Trung tâm Phát triển quỹ đất huyện bị phạt 2 năm tù.
Những bị cáo này đã phạm hai tội gồm tội "Cố ý làm trái quy định của Nhà nước về quản lý kinh tế gây hậu quả nghiêm trọng, theo quy định tại Điều 165 Bộ luật Hình sự năm 1999 (sửa đổi, bổ sung năm 2009) và tội "Lợi dụng chức vụ quyền hạn trong khi thi hành công vụ", quy định tại Điều 356 Bộ luật Hình sự năm 2015.
Về trách nhiệm dân sự, các bị cáo phải liên đới bồi thường cho Ủy ban nhân dân thị xã Đông Hòa số tiền đã thiệt hại là hơn 9,2 tỷ đồng.
Theo cáo trạng của Viện Kiểm sát nhân dân tỉnh Phú Yên, ngày 05/9/2012, Ủy ban nhân dân tỉnh Phú Yên có Thông báo số 50/TB-UBND về việc thu hồi đất để thực hiện dự án đền bù tại xã Hòa Tâm do Công ty Trách nhiệm hữu hạn Dầu khí Vũng Rô làm chủ đầu tư, trong đó giao cho Ủy ban nhân dân huyện Đông Hòa (nay là thị xã Đông Hòa) thực hiện thu hồi đất.
Từ tháng 7/2013 đến tháng 4/2014, các bị cáo trên đã có hành vi thực hiện không đúng quy định của Nhà nước trong việc đền bù, hỗ trợ dự án giải phóng mặt bằng như: Bồi thường về đất không đủ mật độ cây trồng, đất lấn chiếm, nhà cất trái phép cho 3 trường hợp; hỗ trợ chuyển đổi nghề nghiệp và tạo việc làm cho cán bộ đang công tác, cán bộ hưu trí, những người ở ngoài tỉnh, không trực tiếp sản xuất, không có hộ khẩu và không đăng ký tạm trú ở địa phương 9 trường hợp; lập hợp thức hồ sơ bồi thường, hỗ trợ diện tích đất nuôi trồng thủy sản vượt hạn mức cho 1 đối tượng, đứng tên 4 người khác để nhận tiền cao hơn so với quy định của pháp luật, làm thiệt hại Nhà nước số tiền hơn 9,2 tỷ đồng.