Về diễn biến của vụ án, từ năm 2011, Ngụy Thị Khanh giữ chức vụ Giám đốc Trung tâm Phát triển Sáng tạo Xanh (tên viết tắt GreenID) và Giám đốc Công ty cổ phần Sáng tạo Xanh Việt Nam (tên viết tắt GREEN IN) đều hoạt động trong lĩnh vực môi trường, chuyên nghiên cứu, đưa ra các giải pháp về môi trường trong các lĩnh vực nước sạch, năng lượng sạch và không khí sạch. Khanh và Công ty đã có những sáng kiến, giải pháp để người dân tộc thiểu số tiếp cận với nước sạch, có đóng góp trong việc nêu ra các tác động của ô nhiễm môi trường ở Hà Nội...
Tháng 3/2018, Ngụy Thị Khanh được thông báo nhận giải thưởng Goldman Environmental Prize của Quỹ môi trường Goldman. Ngày 1/6/2018, Ngụy Thị Khanh nhận được 200.000 USD (tương đương hơn 4,5 tỷ đồng) từ giải thưởng Goldman Environmental Prize của Quỹ Goldman chuyển vào tài khoản của Khanh. Sau khi nhận được tiền, Khanh đã rút số tiền này để sử dụng cá nhân, mua nhà làm trụ sở Trung tâm GreenID mà không kê khai để nộp thuế thu nhập cá nhân tại cơ quan thuế theo quy định của pháp luật Việt Nam.
Theo Tòa án, giải thưởng không thuộc diện miễn thuế thu nhập cá nhân theo quy định tại Luật Quản lý thuế năm 2006. Sau khi nhận được số tiền trên, Ngụy Thị Khanh đã không kê khai, không nộp thuế thu nhập cá nhân, số tiền trốn thuế là hơn 456 triệu đồng.
Tòa án nhận định, bị cáo là người có trình độ học vấn, là Giám đốc của Công ty GREEN IN và Giám đốc Trung tâm GreenID, nhưng vì động cơ tư lợi, đã không thực hiện nghĩa vụ kê khai, nộp thuế theo quy định của pháp luật. Hành vi phạm tội của bị cáo là nguy hiểm cho xã hội, đã xâm phạm trực tiếp đến chế độ quản lý thuế của nhà nước, làm thất thu ngân sách và gây thiệt hại tiền thuế của nhà nước, xâm hại đến đường lối phát triển kinh tế - xã hội, chính sách thuế.
Vào tháng 6/2022, tại phiên tòa sơ thẩm, Tòa án nhân dân thành phố Hà Nội đã tuyên phạt bị cáo Ngụy Thị Khanh 24 tháng tù về tội "Trốn thuế". Sau phiên tòa sơ thẩm, bị cáo Khanh kháng cáo xin giảm nhẹ hình phạt.
Tại phiên phúc thẩm, bị cáo Khanh thừa nhận hành vi phạm tội của mình, công nhận các cơ quan chức năng đã truy tố, xét xử là đúng tội, không oan. Bị cáo cho biết cũng đã tham khảo ý kiến mọi người về nghĩa vụ đóng thuế, nhưng nghĩ là không phải đóng thuế do đây là giải thưởng vì đóng góp cho hoạt động cộng đồng chứ không phải lợi nhuận từ kinh doanh. Bị cáo có nhiều đóng góp cho xã hội, được tặng thưởng giấy khen, bằng khen. Bị cáo có bố, mẹ được tặng thưởng huân, huy chương nên đề nghị Hội đồng xét xử xem xét để giảm nhẹ hình phạt cho bị cáo.
Luật sư bào chữa cho bị cáo Khanh cũng đề nghị Tòa phúc thẩm xem xét áp dụng các tình tiết giảm nhẹ cho bị cáo: sau khi phạm tội bị cáo đã tự nguyện khắc phục hậu quả; quá trình điều tra, truy tố và tại phiên tòa, bị cáo thành khẩn khai báo, ăn năn hối cải, nhận thức được hành vi của mình là vi phạm pháp luật. Bị cáo có nhân thân tốt, lần đầu phạm tội. Bản thân bị cáo có nhiều đóng góp cho xã hội, cộng đồng.
Tuyên án phúc thẩm, Hội đồng xét xử nhận định, bị cáo bị truy tố về hành vi trốn thuế là đúng người, đúng tội, không oan. Tại phiên phúc thẩm, bị cáo xuất trình tài liệu mới về những đóng góp cho xã hội trong phòng, chống dịch COVID-19 và hoàn cảnh khó khăn về gia đình. Bên cạnh đó, Tòa phúc thẩm ghi nhận bị cáo tiếp tục thành khẩn khai báo, ăn năn hối cải. Từ đó, Tòa phúc thẩm quyết định giảm nhẹ hình phạt cho bị cáo, tuyên phạt Ngụy Thị Khanh 21 tháng tù về tội "Trốn thuế" (giảm 3 tháng tù so với án sơ thẩm).