Đáng chú ý, Tòa phúc thẩm quyết định giảm một năm tù đối với cựu Bộ trưởng Bộ Công Thương Vũ Huy Hoàng và tuyên bị cáo này 10 năm tù về tội "Vi phạm quy định về quản lý, sử dụng tài sản Nhà nước gây thất thoát, lãng phí".
Tòa phúc thẩm cũng giảm án cho ba bị can khác trong vụ án này gồm: Phan Chí Dũng (cựu Vụ trưởng Vụ Công nghiệp nhẹ, Bộ Công Thương); Lâm Nguyên Khôi (cựu Phó Giám đốc Sở Kế hoạch và Đầu tư Thành phố Hồ Chí Minh); Lê Quang Minh (cựu Trưởng phòng Phát triển hạ tầng, Sở Kế hoạch và Đầu tư Thành phố Hồ Chí Minh).
Cấp phúc thẩm chấp nhận kháng cáo, giảm một năm tù đối với Phan Chí Dũng (Tòa cấp sơ thẩm tuyên 9 năm tù). Hai bị cáo còn lại được giảm 6 tháng tù là Lâm Nguyên Khôi (Tòa sơ thẩm tuyên 4 năm 6 tháng tù) và Lê Quang Minh (Tòa sơ thẩm tuyên 3 năm 6 tháng tù).
Ngoài ra, Hội đồng xét xử đề nghị giao khu đất số 2-4-6 Hai Bà Trưng, Quận 1, cho UBND Thành phố Hồ Chí Minh xem xét xử lý đúng quy định của pháp luật.
Theo Hội đồng xét xử, Tổng công ty Sabeco được giao quản lý khu đất rộng 6.080 m2, có giá trị hơn 3.800 tỷ đồng ở Quận 1, Thành phố Hồ Chí Minh. Ông Vũ Huy Hoàng là Bộ trưởng Bộ Công Thương giai đoạn 2007-2016, chịu toàn bộ trách nhiệm và quản lý về mọi mặt hoạt động của Bộ Công Thương nên bị cáo phải chịu trách nhiệm với vai trò chính trong vụ án. Khi còn đương chức, bị cáo Hoàng biết rõ các nghị quyết về việc cấm đầu tư ngoài ngành và biết Sabeco không có khả năng tài chính. Tuy nhiên, bị cáo Vũ Huy Hoàng đã làm trái quy định khi chấp thuận chủ trương cho Sabeco liên doanh, liên kết để thành lập Sabeco Pearl rồi chuyển giao quyền sử dụng đất cho Sabeco Pearl thực hiện dự án.
Trong vụ án, cấp phúc thẩm kết luận bị cáo Vũ Huy Hoàng giữ vai trò chính. Quá trình xem xét kháng cáo, Hội đồng xét xử nhận thấy bị cáo tuổi đã cao, bị bệnh nan y và đang điều trị trong bệnh viện. Bên cạnh đó, các bị cáo được đánh giá phạm tội do sai lầm và về mặt nhận thức, không có động cơ vụ lợi nên tòa cấp phúc thẩm quyết định giảm một phần hình phạt cho 4 bị cáo.
Trước đó, Viện Kiểm sát đề nghị Tòa không chấp nhận kháng án của bị cáo Vũ Huy Hoàng và ba đồng phạm. Về diễn biến của vụ án, Sabeco được giao cho khu đất tại số 2-4-6 Hai Bà Trưng, Thành phố Hồ Chí Minh. Sau đó, Sabeco góp vốn vào thành lập Công ty liên doanh Sabeco Pearl cùng với các doanh nghiệp tư nhân đầu tư thực hiện Dự án “Xây dựng khách sạn 6 sao, trung tâm thương mại, trung tâm hội nghị, hội thảo và văn phòng cho thuê”. Sau khi góp vốn liên doanh, các bị cáo đã tích cực chỉ đạo Sabeco thoái vốn, chuyển quyền quản lý tài sản nhà nước sang tư nhân trái pháp luật, gây thất thoát, thiệt hại đặc biệt lớn cho Nhà nước với số tiền hơn 2.700 tỉ đồng.
Viện Kiểm sát cho rằng, bị cáo Vũ Huy Hoàng là người quyết định cho đầu tư dự án nhưng không chấp hành các nghị quyết của Chính phủ. Tiếp đó, bị cáo Hoàng đã không chỉ đạo Sabeco thực hiện dự án đã được phê duyệt. Cựu Bộ trưởng Công Thương chỉ đạo thoái toàn bộ vốn góp (chuyển nhượng vốn) của Sabeco tại Công ty Sabeco Pearl cho doanh nghiệp tư nhân tham gia liên doanh. Việc chuyển nhượng này với giá cổ phần thấp để hoàn tất việc chuyển quyền quản lý, sử dụng khu đất 6.080m2 tại số 2-4-6 Hai Bà Trưng. Đây là tài sản nhà nước đã bị chuyển nhượng sang tài sản tư nhân trái pháp luật, gây thiệt hại, thất thoát hơn 2.700 tỉ đồng.
Về trách nhiệm của bị cáo Vũ Huy Hoàng, đại diện Viện Kiểm sát cho rằng, với vai trò là lãnh đạo ngành Công Thương, cựu Bộ trưởng biết rõ Công ty Sabeco không đủ năng lực, không có tiền góp vốn dự án đúng thời hạn nhưng vẫn chấp nhận cho Sabeco thực hiện dự án, thành lập Công ty liên doanh Sabeco Pearl cùng với các doanh nghiệp tư nhân đầu tư dự án; đã tích cực chỉ đạo Sabeco thoái vốn, chuyển quyền quản lý tài sản nhà nước sang tư nhân trái pháp luật. Những hành vi này là vi phạm nghiêm trọng các nghị quyết, quyết định của Chính phủ và vi phạm các quy định pháp luật.
Bị cáo Vũ Huy Hoàng phủ nhận các hành vi trên, cho rằng mình không tham gia vào việc thoái vốn, việc này diễn ra khi bị cáo đã về hưu. Tuy nhiên, Viện Kiểm sát cho rằng, nếu không có các chủ trương, chỉ đạo từ khi bị cáo Hoàng còn đương chức thì sẽ không có các quá trình tiếp theo trong thực hiện dự án.