Theo đó, Thanh tra Bộ Giao thông Vận tải khẳng định, do cán bộ tham mưu có sai sót nên bà Trần Thụy Minh, Giám đốc Cảng vụ Hàng không miền Nam (đã nghỉ hưu) đã chấp thuận cho Công ty Cổ phần Hàng không VietJet mượn tầng 3 trụ sở Cảng vụ Hàng không miền Nam làm trung tâm đào tạo từ ngày 1/10/2013 – 1/1/2016 với tổng số tiền 3,78 tỷ đồng, bao gồm chi phí điện nước, văn phòng phẩm, thuê cây cảnh.
Bản chất là cho thuê tài sản, chưa đúng quy định về quản lý, sử dụng tài sản Nhà nước. Đến thời kỳ ông Trần Doãn Mậu, hiện giữ chức Giám đốc Cảng vụ Hàng không miền Nam đã có công văn đòi lại nên cuối năm 2016, Công ty VietJet đã trả lại tầng 3 trụ sở của Cảng vụ Hàng không miền Nam.
Tiếp đó là việc hỗ trợ khen thưởng 450 triệu đồng chưa đầy đủ theo quy định, thưởng an toàn bay chưa đúng đối tượng, bố trí công tác cán bộ chưa phù hợp với Luật Phòng chống tham nhũng. Đáng chú ý, Thanh tra Bộ Giao thông Vận tải cho rằng, Cảng vụ Hàng không miền Nam chưa quản lý được khu đất đang làm bãi đỗ xe bên cạnh lối vào nhà ga Quốc tế Cảng Hàng không Quốc tế Tân Sơn Nhất.
Theo Thanh tra Bộ Giao thông Vận tải, để xảy ra tồn tại nêu trên, nguyên nhân chủ quan là do lỗi nhận thức chủ quan của cá nhân, tổ chức tham mưu giúp việc cho Giám đốc Cảng vụ Hàng không miền Nam qua các thời kỳ, do chậm cải tiến đổi mới công tác quản lý tài sản…
Cũng theo Thanh tra Bộ Giao thông Vận tải, trong thời kỳ Thanh tra Bộ Giao thông Vận tải thanh tra từ ngày 1/1/2013 – 31/7/2018 tại Cảng vụ Hàng không miền Nam, Bộ Giao thông Vận tải đã có 2 kết luận thanh tra. Kiểm toán Nhà nước đã có 2 lần kiểm toán và có thông báo kết quả kiểm toán. Cục Hàng không Việt Nam hàng năm đều quyết toán cho Cảng vụ hàng không miền Nam nhưng chưa phát hiện được sai sót để chấn chỉnh, khắc phục, sửa chữa các tồn tại.
Về xử lý sau thanh tra, đối với Cục Hàng không Việt Nam, Thanh tra Bộ Giao thông Vận tải kiến nghị thường xuyên kiểm tra, hướng dẫn, đôn đốc Cảng vụ Hàng không miền Nam kịp thời phối hợp với các cơ quan chức năng của địa phương để được cấp Giấy chứng nhận quyền sử dụng đất tại các Cảng hàng không gồm: Tân Sơn Nhất, Cần Thơ và Côn Đảo. Đồng thời, chỉ đạo Cảng vụ Hàng không miền Nam khẩn trương lập kế hoạch chi tiết, giao đất, cho thuê đất đảm bảo đúng quy định của pháp luật.
Đặc biệt chỉ đạo Cảng vụ Hàng không miền Nam sớm đấu giá vị trí khu đất bãi đỗ xe taxi cạnh ga quốc tế Cảng Hàng không Quốc tế Tân Sơn Nhất với quy mô 3.541 m2; trong đó, có 359 m2 đã được cấp Giấy chứng nhận quyền sử dụng đất, tránh lãng phí tài sản công, tạo ngân sách Nhà nước, đảm bảo mỹ quan, môi trường chung của khu vực Cảng Hàng không Quốc tế Tân Sơn Nhất.
Đối với Cảng vụ Hàng không miền Nam, Thanh tra Bộ Giao thông Vận tải kiến nghị nghiêm túc kiểm điểm rút kinh nghiệm sâu sắc đối với các tổ chức, cá nhân để xảy ra sai sót; nộp số tiền hơn 4,23 tỷ đồng do Cảng vụ Hàng không miền Nam cho Công ty Cổ phần Hàng không VietJet mượn tầng 3 trụ sở của Cảng vụ Hàng không miền Nam làm trung tâm đào tạo và việc chi chi phí hội nghị chưa đúng quy định, nộp vào ngân sách Nhà nước.
Bên cạnh đó, chấm dứt ngay việc chi thưởng an toàn không đúng đối tượng, nghiêm cấm việc thưởng đột xuất cho các cá nhân, đơn vị ngoài cơ quan không đúng đối tượng; tích cực làm việc với các cơ quan chức năng Tp. Hồ Chí Minh để được chuyển quyền sử dụng đất từ các đơn vị được thuê đất sang cấp Giấy chứng nhận quyền sử dụng đất cho Cảng vụ Hàng không miền Nam đối với 5 khu đất tại sân bay Tân Sơn Nhất. Kịp thời thẩm định hồ sơ giao và cho thuê đất tại Cảng Hàng không Liên Khương, Cà Mau, Buôn Ma Thuột, sớm ký hợp đồng cho thuê đất để tránh lãng phí tài sản, thu tiền cho Nhà nước.