Theo Thiếu tướng Nguyễn Văn Thành, đây là vụ án lớn, với số lượng bị can, người liên quan rất nhiều. Vì vậy, cơ quan điều tra tách vụ án để điều tra trong 2 giai đoạn.
Ở giai đoạn 2, Bộ Công an tập trung điều tra 2 tội danh chính là "Lừa đảo chiếm đoạt tài sản" liên quan đến trái phiếu và "Rửa tiền" liên quan đến Tập đoàn Vạn Thịnh Phát.
Đối với hành vi rửa tiền, Thiếu tướng Thành cho biết, pháp luật đã quy định rõ những hành vi để rửa tiền. Số tiền mà bà Trương Mỹ Lan (Chủ tịch Tập đoàn Vạn Thịnh Phát) rút được qua hoạt động ngân hàng đã được bị can này đem đầu tư, mua gom các bất động sản trên toàn quốc và chuyển một phần ra nước ngoài.
Đối với hành vi lừa đảo phát hành trái phiếu, lãnh đạo Cục C03 cho biết, cơ quan điều tra bước đầu xác định bà Trương Mỹ Lan đã thông qua 4 doanh nghiệp để phát hành 25 gói trái phiếu. Các lô trái phiếu này có tổng giá trị hơn 30.000 tỷ đồng đã bán cho người mua (trái chủ) nhằm mục đích huy động tiền rồi chiếm đoạt.
Trước đó, Cơ quan Cảnh sát Điều tra Bộ Công an đã ủy thác cho Cơ quan Điều tra Công an các tỉnh, thành phố tiếp nhận thông tin của những người bị hại; từ đó đề nghị người bị hại trong vụ án khẩn trương đến Cơ quan Cảnh sát Điều tra Công an các tỉnh/thành phố (nơi người bị hại cư trú hoặc nơi phát sinh hợp đồng mua bán trái phiếu) phối hợp làm việc, cung cấp thông tin, tài liệu, hợp đồng liên quan đến việc mua bán trái phiếu hoặc chuyển đơn đề nghị để được xem xét giải quyết, đảm bảo quyền và lợi ích hợp pháp.
Cơ quan Cảnh sát Điều tra Bộ Công an đang điều tra vụ án “Lừa đảo chiếm đoạt tài sản” xảy ra tại Công ty Cổ phần Tập đoàn Vạn Thịnh Phát, Công ty Cổ phần Tập đoàn Đầu tư An Đông và các tổ chức, đơn vị có liên quan theo Quyết định khởi tố vụ án hình sự số 50/QĐ-CSKT-P10, ngày 7/10/2022.
Kết quả điều tra xác định, từ năm 2018 đến năm 2020, các đối tượng có liên quan tại Công ty Cổ phần Tập đoàn Vạn Thịnh Phát, Công ty Cổ phần Tập đoàn Đầu tư An Đông, Công ty Cổ phần Đầu tư Quang Thuận, Công ty Cổ phần Dịch vụ Thương mại Thành phố Hồ Chí Minh, Công ty Cổ phần Đầu tư và Phát triển Sunny World và các tổ chức khác đã có hành vi gian dối, làm trái quy định của pháp luật tạo lập 25 gói trái phiếu mã: ADC-2018.09, ADC-2018.09.1, ADC-2019.01, QT-2018.12.1, SNWCH1823001 và 20 mã số hiệu từ SET.H2025.01 đến SET.H2025.20 với tổng giá trị 30.081 tỷ đồng để bán cho người mua (các trái chủ), huy động tiền và chiếm đoạt.
Cơ quan Cảnh sát Điều tra Bộ Công an xác định những trái chủ đang sở hữu 25 mã trái phiếu do 4 Công ty phát hành nêu trên là bị hại trong vụ án và đã ủy thác điều tra đến Cơ quan Cảnh sát Điều tra Công an các tỉnh/thành phố theo địa chỉ của trái chủ trên hợp đồng mua bán/chuyển nhượng trái phiếu tiếp nhận thông tin, lấy lời khai bị hại để xem xét giải quyết theo quy định của pháp luật.
Để phục vụ yêu cầu điều tra vụ án, đảm bảo quyền lợi của người bị hại theo quy định của pháp luật, Cơ quan Cảnh sát Điều tra Bộ Công an đề nghị người bị hại còn dư nợ trái phiếu của 25 gói trái phiếu mã: ADC-2018.09, ADC-2018.09.1, ADC-2019.01, QT-2018.12.1, SNWCH1823001 và 20 mã số hiệu từ SET.H2025.01 đến SET.H2025.20 do 4 Công ty nêu trên phát hành, khẩn trương đến Cơ quan Cảnh sát Điều tra Công an các tỉnh/thành phố (nơi người bị hại cư trú hoặc nơi phát sinh hợp đồng mua bán trái phiếu) phối hợp làm việc, cung cấp thông tin, tài liệu, hợp đồng liên quan đến việc mua bán trái phiếu hoặc chuyển đơn đề nghị để được xem xét giải quyết, đảm bảo quyền và lợi ích hợp pháp.