Tại phiên tòa, luật sư của bị cáo đã xuất trình thêm một số chứng cứ mới. Do không thể làm rõ các tình tiết mới này ngay tại phiên tòa nên Hội đồng xét xử đã quyết định trả hồ sơ để điều tra bổ sung.
Theo cáo trạng, chiều 7/5/2015, tổ công tác Đội cảnh sát điều tra tội phạm về ma túy, Công an quận Đống Đa (Hà Nội) kiểm tra hành chính quán karaoke ở phố Đặng Văn Ngữ, đưa 6 người không giấy tờ tùy thân về Công an quận giải quyết. Trong số 6 người này có Nguyễn Minh Anh, Vũ Anh Duy và Nguyễn Thái Bình (cán bộ Đội 2, Phòng Cảnh sát giao thông, Công an thành phố Hà Nội). Công an quận Đống Đa cho kiểm tra ma túy đối với 6 người, kết quả xác định âm tính. Do không phát hiện vi phạm nên Công an quận đã liên hệ với Ban chỉ huy Đội Cảnh sát giao thông số 2 đến để bàn giao 3 cán bộ nói trên.
Sợ bị xử lý kỷ luật vì đã bỏ vị trí công tác, ngày 7/5/2015, Minh Anh nhờ người quen tìm cách giúp và được giới thiệu gặp Nguyễn Thị Thanh Thủy (khi đó đang là điều tra viên Đội Cảnh sát điều tra tội phạm về kinh tế và ma túy, Công an huyện Đan Phượng). Thủy nhận lời, sau đó Thủy gặp Phạm Hoài Nam (thời điểm đó đang là Phó Đội trưởng Đội Cảnh sát điều tra tội phạm về ma túy, Công an quận Cầu Giấy) nhờ xin lãnh đạo Công an thành phố Hà Nội không xử lý vi phạm của Minh Anh, Duy và Bình.
Theo yêu cầu của Thủy, người nhà của 3 cán bộ Đội Cảnh sát giao thông số 2 đã gom 690 triệu đồng để đưa cho Thủy. Đầu tháng 6/2015, Minh Anh, Duy, Bình và người nhà đến gặp Thủy để hỏi về việc đã nhờ. Thủy nói đã lo được cho 3 người không bị kỷ luật.
Đến giữa tháng 6/2015, Thủy tiếp tục yêu cầu 3 cán bộ Đội Cảnh sát giao thông số 2 đưa cho Thủy 30.000 đô la Mỹ (tương đương hơn 654 triệu đồng) để đi cám ơn các lãnh đạo Công an thành phố Hà Nội. Sau khi nhận tiền, Thủy gọi điện cho Phạm Hoài Nam hẹn gặp và đưa 30.000 đô la Mỹ. Tổng số tiền mà Thủy đã nhận của người nhà 3 cán bộ nói trên là khoảng 1,3 tỷ đồng.
Liên quan đến vụ việc, Phòng Cảnh sát giao thông Công an thành phố Hà Nội xác định, Bình, Duy, Minh Anh đã bỏ vị trí công tác, vi phạm điều lệnh, kỷ luật ngành nên đã báo cáo lãnh đạo Công an thành phố Hà Nội xem xét xử lý vi phạm. Ngày 8/10/2015, Công an thành phố Hà Nội ra quyết định điều động cán bộ đối với Minh Anh, Duy và Bình từ Phòng Cảnh sát giao thông đến công tác tại Phòng Cảnh sát bảo vệ, Công an Hà Nội.
Bị điều chuyển công tác, Bình, Duy, Minh Anh đã gửi đơn đến Công an thành phố Hà Nội tố giác về hành vi lừa đảo chiếm đoạt tài sản của Thủy và Nam.
Viện Kiểm sát cho rằng hiện có đủ cơ sở kết luận Thủy đã có hành vi gian dối, đưa ra những cam kết, hứa hẹn lo giúp 3 đồng nghiệp không bị xử lý kỷ luật và không bị chuyển công tác để nhận 690 triệu đồng và 30.000 đô la Mỹ. Trong đó, Thủy đã đưa cho Nam 30.000 đô la Mỹ và 30 triệu đồng. Số tiền còn lại, Thủy dùng vào mục đích cá nhân.
Tại phiên tòa, luật sư của bị cáo cho rằng vụ án có dấu hiệu tội đưa hối lộ, đề nghị Hội đồng xét xử trả hồ sơ để điều tra bổ sung. Luật sư đã xuất trình file âm thanh, trong đó thể hiện bị cáo Nam đưa tiền cho một số người. File âm thanh này đã được Viện Khoa học hình sự, Bộ Công an giám định. Xác định đây là tình tiết mới cần được làm rõ, nên Hội đồng xét xử đã quyết định trả hồ sơ vụ án để tiến hành điều tra bổ sung.