Theo cáo trạng, Trung tâm Truyền thông giáo dục cộng đồng (MEC) thành lập từ năm 2012 theo quyết định của Liên hiệp các Hội Khoa học và Kỹ thuật Việt Nam. Doanh thu của Trung tâm là các khoản tiền tài trợ hoặc nhận được từ các tổ chức trong và ngoài nước thanh toán hợp đồng thực hiện công việc theo thỏa thuận.
Từ năm 2012 đến tháng 3/2021, MEC đã phát sinh doanh thu nhận tổng số tiền gần 20 tỷ đồng. Mỗi lần Trung tâm nhận được tiền tài trợ của các tổ chức, bị can Lợi đều chỉ đạo Giám đốc MEC là Bạch Hùng Dương và cấp dưới không thực hiện chế độ kế toán, hóa đơn chứng từ theo quy định pháp luật, không lập báo cáo tài chính, không nộp tờ khai quyết toán thuế thu nhập doanh nghiệp…
Trong vụ án này, bị can Mai Phan Lợi với tư cách là cổ đông, Chủ tịch Hội đồng sáng lập, Chủ tịch Hội đồng Khoa học Trung tâm MEC nhưng thực tế Mai Phan Lợi là người điều hành mọi hoạt động của Trung tâm MEC.
Từ năm 2012 đến tháng 3/2021, Lợi đã chỉ đạo nhân viên viên của Trung tâm MEC nhận gần 20 tỷ đồng để thực hiện các công việc theo thỏa thuận cho các tổ chức trong nước và nước ngoài nhưng không nộp báo cáo tài chính, không nộp tờ khai quyết toán thuế thu nhập doanh nghiệp, không nộp tờ khai thuế giá trị gia tăng cho cơ quan quản lý thuế theo quy định, không có sổ kế toán theo quy định.
Số tiền thuế trốn là gần 2 tỷ đồng tương ứng số tiền Trung tâm MEC đã nhận là gần 20 tỷ đồng. Viện Kiểm sát xác định bị can Mai Phan Lợi phải chịu trách nhiệm với vai trò là chủ mưu, cầm đầu đối với số tiền gần 2 tỷ đồng là tiền thuế trốn của Trung tâm MEC từ năm 2012 đến nay. Hành vi của Mai Phan Lợi đã cấu thành tội Trốn thuế theo quy định tại Điều 200, khoản 3 - Bộ luật Hình sự năm 2015.
Bị can Bạch Hùng Dương được Mai Phan Lợi thuê làm Giám đốc, người đại diện theo pháp luật của Trung tâm MEC trong thời gian rất dài (từ năm 2014 cho đến nay). Viện Kiểm sát nhận định, bản thân bị can Dương là cử nhân chuyên ngành Luật kinh tế, Dương phải nhận thức được đối với số tiền mà Trung tâm MEC nhận từ các tổ chức trong và ngoài nước phải kê khai nộp thuế theo quy định.
Dương phải chịu trách nhiệm với vai trò Giám đốc, đại diện theo pháp luật Trung tâm MEC từ tháng 1/2014 cho đến nay. Căn cứ Bảng tính số thuế giá trị gia tăng trốn theo tháng do Giám định viên Cục thuế Hà Nội lập, xác định bị can Dương phải chịu trách nhiệm đối với số tiền thuế giá trị gia tăng trốn của Trung tâm MEC từ tháng 1/2014 đến nay, với tổng số tiền là hơn 878 triệu đồng. Hành vi của Bạch Hùng Dương đã cấu thành tội "Trốn thuế" theo quy định tại Điều 200, khoản 2 - Bộ luật Hình sự năm 2015.
Ngoài ra, Viện Kiểm sát cũng kiến nghị Bộ Khoa học và Công nghệ, Liên hiệp các Hội Khoa học và Kỹ thuật Việt Nam thu hồi giấy chứng nhận thành lập và giấy phép hoạt động của Trung tâm MEC.