Theo cáo trạng, năm 2009 và 2010, để có tiền tăng vốn điều lệ cho GPBank theo quy định từ Chính phủ và để có tiền sử dụng vào những việc khác, Tạ Bá Long (nguyên Chủ tịch Hội đồng quản trị Ngân hàng thương mại cổ phần Dầu khí Toàn cầu - GPBank) và Đoàn Văn An (nguyên Phó Chủ tịch Hội đồng quản trị GPBank) đã dùng ba công ty “sân sau" của mình gồm: Công ty cổ phần đầu tư xây dựng và phát triển hạ tầng Thành Trung (viết tắt là Công ty Thành Trung), Công ty TNHH Đại Lải (viết tắt là Công ty Đại Lải) và Công ty cổ phần Ngôi sao Chí Linh (viết tắt là Công ty Chí Linh) phát hành 3.0 trái phiếu bán cho Công ty Tài chính cổ phần Điện lực (EVN Finance), thu về 3.0 tỷ đồng.
Số tiền này được Tạ Bá Long và Đoàn Văn An dùng hơn 3.124 tỷ đồng để mua cổ phần tăng vốn điều lệ GPBank, trả lãi trái phiếu và phí tư vấn phát hành trái phiếu. Hơn 255 tỷ đồng còn lại, Long và An sử dụng vào hoạt động đầu tư, kinh doanh tại ba công ty “sân sau” nói trên.
Sau khi được Ngân hàng Nhà nước chấp thuận việc GPBank tăng vốn điều lệ lên 3.018 tỷ đồng, do không có tiền trả gốc và lãi cho EVN Finance, Long và An đã bàn cách rút tiền của GPBank để trả nợ. Cụ thể, Long và An đã dùng công ty Thành Trung và công ty Sao Bắc ký thỏa thuận đặt cọc mua 58% tòa nhà Capital Tower (ở 109 Trần Hưng Đạo, quận Hoàn Kiếm, Hà Nội) và Hợp đồng hợp tác đầu tư dự án “Trung tâm thương mại, văn phòng và nhà ở An Khánh Sao Bắc GPBank” để rút 3.900 tỷ đồng của GPBank. Số tiền này được Long và An dùng trả nợ gốc, lãi cho EVN Finance và sử dụng, chi tiêu hết.
Ngày 13/7/2016, Ngân hàng Nhà nước có kết luận giám định xác định hành vi của Tạ Bá Long và Đoàn Văn An đã vi phạm quy định tại Điều 140, Luật các Tổ chức tín dụng năm 2010, gây thiệt hại cho GPBank 3.900 tỷ đồng và 858 tỷ đồng tiền lãi (tính đến ngày khởi tố vụ án, 13/7/2015).
Đối với bị can Hoàng Công Hợp, với vai trò Chủ tịch Hội đồng quản trị, người đại diện pháp luật của Công ty Thành Trung. Công ty Thành Trung là công ty của gia đình Tạ Bá Long, sở hữu 58,19% cổ phần tại Công ty cổ phần Du lịch Thương mại và Đầu tư Thủ đô (chủ sở hữu tòa nhà Capital Tower). Hoàng Công Hợp biết rõ Công ty Thủ đô chưa có phương án phân chia diện tích Tòa nhà Capital Tower cho các cổ đông. Tuy nhiên, theo chỉ đạo của Tạ Bá Long, Hợp đã ký thỏa thuận đặt cọc bán 58% Tòa nhà Capital Tower cho GPBank nhằm giúp Tạ Bá Long nhận và sử dụng 2.200 tỷ đồng tiền đặt cọc của GPBank vào việc mua lại trước hạn và trả lãi cho số trái phiếu mà Công ty Thành Trung đã bán cho EVN Finance, trả nợ và cho Công ty Chí Linh vay. Hành vi của bị can Hoàng Công Hợp bị Viện Kiểm sát xác định là đã giúp sức Tạ Bá Long gây thiệt hại 2.200 tỷ đồng cho GPBank.
Tại cơ quan điều tra, Tạ Bá Long khai nhận, tháng 12/2008, sau khi Hoàng Công Hợp trở thành con rể của Tạ Bá Long, Tạ Bá Long đã làm thủ tục cho Hoàng Công Hợp sở hữu 33,75% cổ phần tại công ty Thành Trung. Do Tạ Bá Long là Chủ tịch Hội đồng quản trị GPBank, kiêm Chủ tịch Hội đồng quản trị Công ty Thành Trung nên Tạ Bá Long đã tổ chức họp đại hội đồng cổ đông, bầu Hoàng Công Hợp làm Chủ tịch Hội đồng quản trị, đại diện Công ty Thành Trung ký thỏa thuận đặt cọc bán 58% diện tích của tòa nhà Capital Tower cho GPBank đại diện là Tạ Bá Long.
Quá trình điều tra, bị can Hoàng Công Hợp có biểu hiện tâm thần, gia đình đưa Hợp nhập viện tâm thần để điều trị. Ngày 5/10/2016, Cơ quan Cảnh sát điều tra, Bộ Công an quyết định trưng cầu giám định tâm thần đối với Hợp. Kết luận giám định tâm thần cho thấy: "Trước, trong khi phạm tội, bị can bị bệnh rối loạn cảm xúc lưỡng cực hiện tại giai đoạn hưng cảm nhẹ... Bị can hạn chế khả năng nhận thức và điều khiển hành vi".
Ngày 12/12/ 2016, Viện Kiểm sát nhân dân tối cao đã ra quyết định áp dụng biện pháp bắt buộc chữa bệnh tại Bệnh viện tâm thần Trung ương I đối với bị can Hoàng Công Hợp.
Trong khoảng thời gian Hợp điều trị tại bệnh viện tâm thần, Viện Kiểm sát nhân dân tối cao ra cáo trạng truy tố Tạ Bá Long và các đồng phạm về tội “Cố ý làm trái quy định của Nhà nước về quản lý kinh tế gây hậu quả nghiêm trọng”. Trong các ngày từ 19-29/12/2017, Tòa án nhân dân thành phố Hà Nội đã đưa vụ án ra xét xử và tuyên phạt Tạ Bá Long mức án 5 năm tù, Đoàn Văn An 13 năm tù.
Đến tháng 8/2018, Bệnh viện tâm thần Trung ương I có thông báo về việc bị can Hoàng Công Hợp hết các triệu chứng tâm thần, không cần phải tiếp tục điều trị nội trú tại bệnh viện. Viện Kiểm sát nhân dân tối cao đã ra quyết định đình chỉ thi hành biện pháp bắt buộc chữa bệnh đối với Hợp. Ngay sau đó, Cơ quan điều tra đã quyết định phục hồi điều tra bị can với Hoàng Công Hợp. Tại Cơ quan Cảnh sát điều tra, Bộ Công an, bị can Hoàng Công Hợp đã khai nhận hành vi của mình như nêu trên, phù hợp với kết luận giám định của Ngân hàng Nhà nước, lời khai của Tạ Bá Long và kết quả xác minh của Cơ quan điều tra.