Trong số các đồng phạm của ông Dũng có nhiều người nguyên là lãnh đạo của MHB như: Nguyễn Phước Hòa, nguyên Tổng Giám đốc Ngân hàng MHB; Bùi Thành Hưng, nguyên Phó Tổng Giám đốc Ngân hàng MHB; Nguyễn Văn Thanh, nguyên Kế toán trưởng…
Theo cáo trạng, từ năm 2011 đến 2014, lợi dụng chức vụ quyền hạn và có động cơ vụ lợi, ông Dũng cùng ông Hòa đã thông qua việc họp hội đồng quản lý tài sản nợ - tài sản của Ngân hàng MHB để thống nhất chủ trương chuyển gần 5.000 tỉ đồng cho Công ty cổ phần chứng khoán ngân hàng phát triển nhà Đồng bằng sông Cửu Long (MHBS) với nội dung hợp tác đầu tư trái phiếu Chính phủ. Tuy nhiên, trên thực tế MHBS đã sử dụng hơn 3.300 tỉ đồng đem gửi có kỳ hạn tại chính các chi nhánh của MHB để hưởng lãi suất hơn 45 tỉ đồng.
Ngoài ra, MHBS còn sử dụng hơn 1.500 tỉ đồng để đầu tư trái phiếu, trong đó sử dụng gần 1.000 tỉ đồng để ký các hợp tác đầu tư môi giới, mua bán trái phiếu chính phủ của chính Ngân hàng MHB thông qua một số công ty trung gian.
Thông qua việc này, các công ty trung gian và MHBS được hưởng lợi, dẫn đến thiệt hại cho Ngân hàng MHB tổng số tiền gần 350 tỉ đồng.
Kết quả điều tra xác định với các hành vi phạm tội trên, bị can Huỳnh Nam Dũng đã được hưởng lợi 460 triệu đồng, các bị can trong Công ty MHBS cũng được hưởng lợi hàng trăm triệu đồng.