Tại phiên tòa, bị cáo Hà Công Khánh đã thành khẩn khai nhận toàn bộ hành vi phạm tội của mình, ăn năn hối cải. Mặc dù, bị cáo có nhiều tình tiết giảm nhẹ trách nhiệm hình sự như trước khi phạm tội có thân nhân tốt, chưa có tiền án tiền sự, sống ở vùng sâu, vùng xa... nhưng hành vi của bị cáo là đặc biệt nghiêm trọng, vận chuyển ma túy với số lượng lớn và nhiều lần thực hiện hành vi mua bán trái phép chất ma túy.
Căn cứ vào tính chất, nội dung vụ án và xét tình tiết tăng nặng hình sự đối với bị cáo Hà Công Khánh, Hội đồng xét xử tuyên phạt bị cáo Khánh mức án tử hình về tội “Mua bán trái phép chất ma túy” quy định tại khoản b, điểm 4, Điều 251; điểm s, khoản 1,2, Điều 51; điểm g, khoản 1, Điều 152, Bộ luật Hình sự năm 2015. Ngoài ra, truy thu sung công quỹ Nhà nước của bị cáo gần 420 triệu đồng, 1 xe máy, 2 điện thoại di động và tiêu hủy 1 bánh heroin.
Theo cáo trạng, trong khoảng thời gian từ tháng 6/2008 đến tháng 8/2009, Hà Công Khánh cùng với các đồng phạm (Hà Ngọc Lương, Trần Thị Thu Điệp, Phạm Anh Tuấn, Đỗ Anh Dũng, Hà Văn Quân, Bùi Văn Thưởng, Đặng Văn Lập, Trần Lê Quang, Đinh Văn Tú, Khà Văn Thanh, Hà Văn Tốc, Nguyễn Ngọc Sơn và Vũ Đức An) đã 13 lần tổ chức thực hiện việc mua bán, tàng trữ, vận chuyển trái phép 85 bánh heroin từ Sơn La, Hòa Bình về Hà Nội, Hải Phòng để tiêu thụ; tổng trọng lượng là 29.869,17 gram.
Trong quá trình đấu tranh, lực lượng chức năng đã phát hiện, bắt giữ và xử lý các bị cáo nói trên trong những vụ án khác nhau. Riêng Hà Công Khánh đã bỏ trốn và bị Cơ quan Cảnh sát điều tra - Bộ Công an phát lệnh truy nã.
Đến ngày 26/12/2017, Hà Công Khánh bị lực lượng chức năng bắt quả tang khi đang trên đường vận chuyển trái phép 1 bánh heroin. Như vậy, tổng số ma túy Hà Công Khánh đã tham gia mua bán, vận chuyển trái phép là 86 bánh heroin, với trọng lượng là 30.180,93 gram, thu lời bất chính trên 479 triệu đồng.