Theo Hội đồng xét xử, các bị cáo đã vi phạm các quy định của Luật đấu thầu và các văn bản pháp luật liên quan, tạo điều kiện cho Nguyễn Minh Quân chiếm đoạt tài sản Nhà nước. Bị cáo Quân lợi dụng chức vụ, quyền hạn là Giám đốc, chủ tài khoản, quản lý tài sản Bệnh viện thành phố Thủ Đức chỉ đạo Nguyễn Văn Lợi (Giám đốc Công ty Nguyễn Tâm) thành lập, sử dụng các công ty "sân sau" ký hợp đồng khống mua bán lòng vòng nâng khống giá các máy móc, thiết bị. Sau đó lập hồ sơ, tham gia đấu thầu vào Bệnh viện thành phố Thủ Đức. Sau khi được Bệnh viện thanh toán tiền cho các công ty trúng thầu, Quân chỉ đạo Lợi rút tiền để chiếm đoạt. Tại tòa, Hội đồng xét xử xác định lại số tiền mà ông Quân chiếm đoạt là 102,5 tỉ đồng.
Hội đồng xét xử tuyên phạt bị cáo Nguyễn Minh Quân 16 năm tù về tội "Tham ô tài sản", 5 năm tù về tội "Rửa tiền", tổng hợp hình phạt đề nghị tuyên bị cáo Quân 21 năm tù giam; Nguyễn Văn Lợi 12 năm về tội "Tham ô tài sản" và 3 năm về tội "Rửa tiền", tổng hợp là 15 năm tù.
Năm bị cáo bị truy tố về tội "Vi phạm quy định về đấu thầu gây hậu quả nghiêm trọng", trong đó, 4 người thuộc Bệnh viện thành phố Thủ Đức nhận mức án cụ thể như sau: Nguyễn Thị Ngọc (cựu Phó Giám đốc) 2 năm 6 tháng tù; Nguyễn Huy Việt (nhân viên Phòng Vật tư thiết bị y tế) 3 năm tù; Nguyễn Lan Anh (cựu Phó Giám đốc) 3 năm 6 tháng tù; Ngô Trương Ngọc Bích (cựu Trưởng phòng Vật tư thiết bị y tế) 3 năm 6 tháng tù; Đặng Thị Hiên (cựu Kế toán trưởng) 3 năm 6 tháng tù. Bị cáo Trần Hậu Nghĩa (Giám đốc Công ty Trách nhiệm Hữu hạn Thiết bị Y tế Hải Đăng) 3 năm tù. Riêng bị cáo Nguyễn Trần Ngọc Diễm (vợ bị cáo Quân) bị tuyên phạt 3 năm tù nhưng cho hưởng án treo về tội "Rửa tiền".
Về trách nhiệm dân sự, Hội đồng xét xử tuyên buộc cựu Giám đốc Nguyễn Minh Quân phải bồi thường hơn 102,5 tỉ đồng cho Bệnh viện thành phố Thủ Đức. Đồng thời, các bất động sản của vợ chồng bị cáo Quân - Diễm tiếp tục bị kê biên để đảm bảo nghĩa vụ thi hành án.