Hội đồng xét xử nhận định, dự án đường cao tốc Thành phố Hồ Chí Minh - Trung Lương được hình thành từ nguồn vốn ngân sách Nhà nước, do vậy số tiền thu được từ việc bán quyền thu phí cao tốc là tài sản của Nhà nước. Bộ Giao thông Vận tải được Thủ tướng Chính phủ giao là đơn vị chủ trì xây dựng Đề án bán quyền thu phí, thực hiện việc chuyển giao quyền thu phí để hoàn trả ngân sách Nhà nước kinh phí đã đầu tư cho dự án. Khi triển khai thực hiện, bị cáo Đinh La Thăng là Bộ trưởng, có trách nhiệm thực hiện nhiệm vụ do Thủ tướng Chính phủ giao, có vai trò quyết định đến việc bán quyền thu phí đường cao tốc Thành phố Hồ Chí Minh - Trung Lương.
Xuất phát từ động cơ cá nhân, thông qua mối quan hệ quen biết từ trước, bị cáo Đinh La Thăng đã gọi điện thoại trực tiếp cho bị cáo Dương Tuấn Minh (Tổng giám đốc Tổng công ty Cửu Long) để giới thiệu đưa bị cáo Đinh Ngọc Hệ (Phó Tổng Giám đốc Tổng công ty Thái Sơn) tiếp cận đề án, sau đó tạo điều kiện cho công ty của Hệ trúng đấu giá quyền thu phí đường cao tốc Thành phố Hồ Chí Minh - Trung Lương. Từ đó, bị cáo Đinh Ngọc Hệ đã lợi dụng mối quan hệ này để xây dựng hồ sơ gian dối tham gia mua đấu giá quyền thu phí. Sau khi trúng đấu giá quyền thu phí, bị cáo Đinh Ngọc Hệ đã tiếp tục thực hiện các hành vi gian dối nhằm chiếm đoạt tài sản của Nhà nước, gây hậu quả thất thoát của Nhà nước hơn 725 tỷ đồng.
Bị cáo Đinh La Thăng đã ký văn bản số 7331/BGTVT-TC gửi Thủ tướng Chính phủ đề nghị tiếp nhận lại Đề án chuyển giao quyền thu phí đường cao tốc Thành phố Hồ Chí Minh - Trung Lương và tiếp tục tìm kiếm đối tác để bán quyền thu phí để thu hồi nguồn vốn ngân sách Nhà nước đã đầu tư cho Dự án. Để triển khai tổ chức bán đấu giá quyền thu phí đường cao tốc Thành phố Hồ Chí Minh - Trung Lương, ngày 3/10/2013, bị cáo Đinh La Thăng ký Quyết định số 3050/QĐ-BGTVT về việc thành lập Hội đồng bán đấu giá và Tổ thường trực giúp việc Hội đồng bán đấu giá.
Dù quá trình xét xử, bị cáo Đinh La Thăng không thừa nhận tội danh như cáo trạng truy tố, tuy nhiên Hội đồng xét xử nhận định rằng, hành vi phạm tội của bị cáo đã thể hiện qua các văn bản mà các bị cáo cấp dưới đã báo cáo, ký các văn bản để tổ chức triển khai bán đấu giá quyền thu phí. Hành vi của bị cáo Đinh La Thăng đã vi phạm nhiều quy định pháp luật, tạo điều kiện để Đinh Ngọc Hệ thực hiện hành vi gian dối chiếm đoạt tài sản. Bị cáo Đinh La Thăng phải chịu trách nhiệm chính trong vụ án, phải chịu mức hình phạt nghiêm khắc, cao hơn các bị cáo là cấp dưới tại Bộ Giao thông Vận tải.
Hội đồng xét xử khẳng định, cáo trạng truy tố bị cáo Đinh La Thăng và các đồng phạm là có căn cứ, đúng người, đúng tội, đúng pháp luật. Hội đồng xét xử tuyên phạt bị cáo Đinh La Thăng 10 năm tù về tội “Vi phạm quy định về quản lý, sử dụng tài sản Nhà nước gây thất thoát, lãng phí” quy định tại Điều 219 Bộ luật Hình sự năm 2015. Tổng hợp hình phạt với bản án trước, buộc bị cáo phải chấp hành hình phạt chung là 30 năm tù.
Về bị cáo Đinh Ngọc Hệ (tức Út “trọc”, nguyên Phó Tổng Giám đốc Tổng công ty Thái Sơn - Bộ Quốc phòng), với mục đích chiếm đoạt tài sản, Đinh Ngọc Hệ đã có hành vi gian dối, chỉ đạo nhân viên làm giả hồ sơ năng lực, báo cáo tài chính của Công ty Yên Khánh và Khánh An (đều do Đinh Ngọc Hệ thành lập và điều hành) từ kinh doanh thua lỗ thành kinh doanh có lãi để đáp ứng đủ điều kiện tham gia đấu giá và trúng đấu giá. Ngay sau khi tiến hành khai thác, Đinh Ngọc Hệ đã chỉ đạo nhân viên bằng mọi cách che giấu doanh thu thực tế để chiếm đoạt. Lúc đầu bằng hình thức thủ công nhưng sau đó Đinh Ngọc Hệ chỉ đạo dùng công nghệ cao để chiếm đoạt được nhiều hơn. Hệ đã 2 lần yêu cầu mua phần mềm của Công ty Xuân Phi để can thiệp trái phép vào phần mềm quản lý của Bộ Giao thông Vận tải với mức độ ngày càng tinh vi, số tiền chiếm đoạt lớn.
Trong quá trình thực hiện hợp đồng, lợi dụng mối quan hệ với bị cáo Đinh La Thăng, Đinh Ngọc Hệ đã không nộp tiền theo đúng tiến độ quy định theo Hợp đồng mua quyền thu phí là đến tháng 10/2014 Công ty Yên Khánh của Đinh Ngọc Hệ phải nộp đủ số tiền hơn 2.004 tỷ đồng, nhưng phải đến tháng 3/2017 mới nộp đủ tiền. Bằng các thủ đoạn gian dối, từ ngày 01/01/2014 đến 31/12/2018, Đinh Ngọc Hệ và các đồng phạm đã che giấu, chiếm đoạt được hơn 725 tỷ đồng.
Tại dự án đầu tư xây dựng cầu Việt Trì, tỉnh Phú Thọ theo hình thức Hợp đồng BOT, Đinh Ngọc Hệ đã lợi dụng chức vụ, quyền hạn là Chủ tịch Hội đồng quản trị, Tổng Giám đốc, người đại diện pháp luật của Công ty Thái Sơn (là Công ty có 51% vốn Nhà nước) và việc Công ty Cổ phần BOT cầu Việt Trì có phần vốn góp chi phối của Công ty Thái Sơn (40%) và Công ty Yên Khánh (40%) để dùng ảnh hưởng từ các cổ đông để tác động đến những người có chức vụ, quyền hạn tại Công ty Cổ phần BOT Việt Trì cho Công ty Cổ phần Licogi 13 được thi công hai hạng mục trong gói thầu XL.01-3. Đổi lại, Công ty Cổ phần Licogi 13 phải hạ giá bán căn biệt thự BT01 cho Đinh Ngọc Hệ, qua đó Hệ đã trục lợi số tiền là 3,4 tỷ đồng.
Dù quá trình điều tra bị cáo Hệ không thừa nhận hành vi phạm tội nhưng quá trình xét xử, bị cáo đã thừa nhận một phần hành vi phạm tội. Hội đồng xét xử tuyên phạt bị cáo Đinh Ngọc Hệ án chung thân về tội "Lừa đảo chiếm đoạt tài sản", 13 năm tù về tội “Lợi dụng chức vụ, quyền hạn gây ảnh hưởng đối với người khác để trục lợi”, tổng hợp hình phạt chung là tù chung thân. Tòa tuyên buộc bị cáo Hệ phải bồi thường toàn bộ số tiền hơn 725 tỷ đã chiếm đoạt qua hành vi gian dối trong thu phí dự án Thành phố Hồ Chí Minh - Trung Lương và hơn 3,4 tỷ đồng trục lợi từ việc mua rẻ căn biệt thự của Công ty Cổ phần Licogi 13. Đồng phạm với Đinh Ngọc Hệ trong hành vi chiếm đoạt tài sản, 12 bị cáo còn lại bị Hội đồng xét xử tuyên phạt mức án thấp nhất là 2 năm tù treo, cao nhất là 10 năm tù giam.
Các bị cáo Nguyễn Hồng Trường, Dương Tuấn Minh, Dương Thị Trâm Anh, Nguyễn Chí Thành, Lê Trung Cường, Nguyễn Thu Trang là các cán bộ dưới quyền của bị cáo Đinh La Thăng, do biết mối quan hệ cá nhân giữa bị cáo Đinh La Thăng và bị cáo Đinh Ngọc Hệ, nên khi được giao nhiệm vụ triển khai thực hiện Đề án chuyển giao quyền thu phí đường cao tốc Thành phố Hồ Chí Minh - Trung Lương, tùy từng vị trí, địa vị công tác đã làm trái các quy định về bán đấu giá tài sản Nhà nước, từ đó để Đinh Ngọc Hệ lợi dụng chiếm đoạt tài sản. Hội đồng xét xử tuyên phạt các bị cáo này mức án cụ thể là: Nguyễn Hồng Trường (nguyên Thứ trưởng Bộ Giao thông Vận tải giai đoạn tháng 4/2007 - 8/2017) 4 năm 6 tháng tù; Nguyễn Chí Thành (nguyên Phó vụ trưởng Vụ Tài chính, Bộ Giao thông Vận tải) 3 năm tù; Lê Trung Cường (chuyên viên Vụ Tài chính) 3 năm tù; Dương Tuấn Minh (nguyên Tổng giám đốc Tổng công ty Cửu Long) 4 năm tù; Dương Thị Trâm Anh (nguyên Phó tổng giám đốc Tổng công ty Cửu Long) 3 năm 6 tháng tù; Nguyễn Thu Trang (nguyên Phó trưởng phòng Đầu tư và quản lý đấu thầu, Tổng công ty Cửu Long) 2 năm tù, cùng về tội “Vi phạm quy định về quản lý, sử dụng tài sản Nhà nước gây thất thoát, lãng phí” quy định tại Điều 219 Bộ luật Hình sự năm 2015.