Các bị can trong vụ án này gồm: Lê Thành Long (Chủ tịch Hội đồng quản trị Công ty xi măng Vicem Hoàng Thạch), Nguyễn Văn Chảng (tại thời điểm xảy ra vụ án công tác tại Công ty xi măng Vicem Hoàng Thạch), Nguyễn Việt Nga (Trưởng Ban kế hoạch chiến lược Tổng Công ty Xi măng Việt Nam – VICEM, nguyên Trưởng phòng kế hoạch chiến lược Công ty xi măng Vicem Hoàng Thạch), Đỗ Hoàng Linh (Trưởng phòng kỹ thuật Công ty xi măng Vicem Hoàng Thạch); Trần Trọng Khánh, Lê Quy Nhơn, Trần Ngọc Tân (đều là cán bộ Công ty xi măng Vicem Hoàng Thạch) và Hoàng Ngọc Tâm (nhân viên Công ty cổ phần tư vấn thương mại và công nghệ AMIC - viết tắt là Công ty AMIC).
Theo kết quả điều tra ban đầu, năm 2018, Công ty AMIC đã thực hiện dự án xử lý nút thắt công nghệ tại Vicem Bút Sơn. Đầu năm 2019, Vicem Hoàng Thạch triển khai sửa chữa, xử lý nút thắt công nghệ dây chuyền HT3, Công ty AMIC cũng là đơn vị trúng thầu.
Xuyên suốt quá trình triển khai phương án sửa chữa xử lý nút thắt công nghệ, Công ty Xi măng VICEM Hoàng Thạch đều trình và xin ý kiến của Tổng Công ty xi măng Việt Nam (VICEM). Tại một số văn bản kết luận cuộc họp của VICEM nhấn mạnh: “Việc giải quyết “nút thắt” là chi phí sửa chữa cần thiết để cải thiện hiệu suất, duy trì mức độ, tối ưu giữa các thiết bị/cụm thiết bị trong dây chuyền”. Tuy nhiên, trong quá trình triển khai dự án các bị can đã có vi phạm quy định về đấu thầu gây hậu quả nghiêm trọng.
Để phê duyệt gói thầu “nút thắt công nghệ”, Vicem Hoàng Thạch phải tuân thủ rất nhiều quy trình, văn bản chỉ đạo, hướng dẫn, quy định, nguyên tắc… của VICEM. Cụ thể, ngày 31/1/2018, VICEM có Văn bản số 179/VICEM-KT&CN về nội dung hướng dẫn Báo cáo đánh giá kinh tế kỹ thuật: việc khắc phục các nút thắt công nghệ, công tác thay thế/nâng cấp, cải tạo cục bộ, cải tạo sửa chữa phục hồi thiết bị có giá trị từ 5 tỷ đồng trở lên, các đơn vị phải lập Báo cáo đánh giá kinh tế kỹ thuật, bố trí cán bộ thẩm tra để làm cơ sở phê duyệt và triển khai thực hiện.
Ngày 29/8/2019, VICEM có văn bản 1697 thể hiện ý kiến chỉ đạo của ông Bùi Hồng Minh (Chủ tịch Hội đồng Thành viên, Tổng Giám đốc) giao nhiệm vụ cho Phòng Kỹ thuật chủ trì hoàn thiện: Quy định sửa chữa, xử lý “nút thắt’ bao gồm các định nghĩa, hướng dẫn, quy trình thực hiện, quy định rõ các giải pháp kỹ thuật, hiệu quả kinh tế… Nội dung văn bản này cũng đưa ra nguyên tắc: Các công ty thành viên là phải xây dựng kế hoạch sửa chữa xử lý “nút thắt” và báo cáo về VICEM. Các phòng/Ban chuyên môn của VICEM sẽ thực hiện rà soát, đánh giá và báo cáo Ban Tổng Giám đốc để thỏa thuận phương án thực hiện.
Trong các bị can bị khởi tố có Đỗ Hoàng Linh (Trưởng phòng Kỹ thuật của Vicem Hoàng Thạch). Bị can Đỗ Hoàng Linh nguyên là Phó phòng Kỹ thuật của VICEM Việt Nam được điều chuyển về Vicem Hoàng Thạch vào ngày 16/3/2020, lúc này việc “triển khai sửa chữa, xử lý “nút thắt” công nghệ, nâng cao năng suất, cải thiện hiệu suất, dây chuyền HT3” tại Vicem Hoàng Thạch đang hoàn thiện và chỉ hai ngày sau là đi vào vận hành.
Bên cạnh đó, bị can Nguyễn Văn Chảng (Trưởng phòng Kỹ thuật VICEM), trước đó là Trưởng phòng kỹ thuật (Vicem Hoàng Thạch) cũng bị khởi tố, điều tra. Bị can Chảng chính là người được điều chuyển “hoán đổi” vị trí chức vụ với Đỗ Hoàng Linh vào ngày 16/3/2020. Cả hai bị can Linh, Chảng đều bị cơ quan chức năng bắt giữ để phục vụ công tác điều tra vụ việc có dấu hiệu tội phạm làm giả và sử dụng con dấu, tài liệu giả của cơ quan, tổ chức; vi phạm về đấu thầu gây hậu quả nghiêm trọng.
Cơ quan chức năng đang tập trung làm rõ những sai phạm của các cán bộ kỹ thuật trong việc giám sát thực hiện “triển khai sửa chữa, xử lý “nút thắt” công nghệ, nâng cao năng suất, cải thiện hiệu suất, dây chuyền HT3 tại Vicem Hoàng Thạch. Sau quá trình thẩm định đánh giá hiệu quả của dây chuyền HT3, các bị can nguyên là cán bộ kỹ thuật không có thẩm quyền tự quyết mà phải báo cáo Ban Tổng Giám đốc theo quy định.