Trước đó vào ngày 11/1, Cơ quan Cảnh sát điều tra Công an Thành phố Hồ Chí Minh đã hoàn tất kết luận điều tra số 481-25/KLĐT-PC03, đề nghị truy tố 19 bị can. Bị can Tề Trí Dũng (nguyên Tổng Giám đốc Công ty IPC, nguyên Chủ tịch Hội đồng quản trị Công ty SADECO) có vai trò chủ mưu trong vụ án. Cụ thể, trong việc phát hành 9 triệu cổ phiếu cho cổ đông chiến lược, bị can Tề Trí Dũng và các cá nhân có chức vụ tại Công ty SADECO, Công ty IPC và người đại diện vốn Nhà nước đã thông qua việc bán cổ phiếu của Công ty SADECO cho Công ty Nguyễn Kim mà không qua đấu giá, đấu thầu, trái với quy định tại khoản 3 Điều Nghị định số 91/2015/NĐ-CP. Hành vi của Tề Trí Dũng đã cấu thành tội "Vi phạm quy định về quản lý, sử dụng tài sản của Nhà nước gây thất thoát, lãng phí”. Về hành vi tham ô tài sản, Tề Trí Dũng đã chiếm đoạt và sử dụng số tiền hơn 1,7 tỷ đồng.
Ngoài bị can Dũng, bị can Hồ Thị Thanh Phúc (nguyên Tổng Giám đốc Công ty SADECO) bị đề nghị truy tố về hai tội "Tham ô tài sản" và “Vi phạm quy định về quản lý, sử dụng tài sản của Nhà nước gây thất thoát, lãng phí". 17 bị can còn lại bị đề nghị truy tố về tội “Vi phạm quy định về quản lý, sử dụng tài sản của Nhà nước gây thất thoát, lãng phí". Trong đó, bị can Tất Thành Cang, cựu Phó Bí thư Thường trực Thành ủy Thành phố Hồ Chí Minh bị truy tố về tội “Vi phạm quy định về quản lý, sử dụng tài sản của Nhà nước gây thất thoát, lãng phí" liên quan đến hành vi phát hành sai quy định 9 triệu cổ phiếu SADECO cho Công ty Nguyễn Kim.
Theo yêu cầu điều tra bổ sung của Viện Kiểm sát nhân dân Thành phố Hồ Chí Minh về việc xác định giá trị cổ phần của Công ty SADECO tại thời điểm bán 9 triệu cổ phần cho Nguyễn Kim để xác định chính xác giá trị tài sản Nhà nước bị thất thoát, Cơ quan điều tra đã quyết định trưng cầu Hội đồng định giá tài sản trong tố tụng hình sự Thành phố Hồ Chí Minh định giá toàn bộ tài sản, các khoản phải thu, phải trả của SADECO.
Ngày 16/4, Hội đồng định giá trong tố tụng hình sự cấp thành phố đã có kết luận định giá tài sản. Theo đó, thời điểm tháng 1/2017, giá trị tài sản của SADECO là 3.245 tỷ đồng, giá trị các khoản nợ phải trả là 481 tỷ, giá trị 1 cổ phần là 162.571 đồng. Đối với phần giá trị tài sản vô hình, trong đó bao gồm giá trị thương hiệu, lợi thế thương mại của doanh nghiệp, SADECO là doanh nghiệp luôn có kết quả kinh doanh tốt, các năm đều có lợi nhuận, tiềm năng, giá trị doanh nghiệp lớn. Do đó, giá trị thương hiệu và lợi thế thương mại của SADECO luôn là số dương. Để đảm bảo nguyên tắc có lợi cho bị can, bị cáo, Cơ quan điều tra lấy giá trị thấp nhất bằng 0 đồng để tính giá trị tài sản vô hình của SADECO.
Từ kết quả định giá và các văn bản liên quan, cơ quan điều tra khẳng định có đủ cơ sở xác định giá trị cổ phần của SADECO tại thời điểm phát hành cho Nguyễn Kim (tháng 1/2017) là 162.571 đồng. Như vậy, Cơ quan điều tra xác định thiệt hại của SADECO trong việc bán 9 triệu cổ phần cho Nguyễn Kim là 1.103 tỷ đồng. Trong đó, thiệt hại cho vốn của UBND Thành phố Hồ Chí Minh là 485 tỷ đồng, vốn Thành ủy Thành phố Hồ Chí Minh là 184 tỷ đồng, các cổ đông khác là 433 tỷ đồng.
Bên cạnh đó, Cơ quan điều tra cho rằng trong khoảng thời gian bán cổ phần cho Nguyễn Kim đến thời điểm thanh lý hợp đồng (từ tháng 1/2017 đến tháng 1/2019), SADECO chưa chia cổ tức cho cổ đông, mà vẫn giữ lại SADECO cho đến nay. Do đó, ngoài việc bị thất thoát, thiệt hại trong việc bán cổ phần với giá thấp như nêu trên thì tài sản Nhà nước không bị thất thoát, thiệt hại thêm trong khoảng thời gian bán cổ phần cho Nguyễn Kim đến lúc hai bên chấm dứt hợp đồng chuyển nhượng.
Về yêu cầu điều tra bổ sung làm rõ vai trò đồng phạm của Công ty Nguyễn Kim trong vụ án, Cơ quan điều tra cho rằng, chưa có tài liệu xác định ông Nguyễn Văn Kim (Chủ tịch Hội đồng quản trị Công ty Nguyễn Kim, đã xuất cảnh) can thiệp, tác động, yêu cầu hai bị can Nguyễn Hữu Thành (nguyên Phó Chủ tịch Hội đồng quản trị Công ty Nguyễn Kim) và Phạm Nhật Vinh (nguyên Tổng Giám đốc) thực hiện những hành vi trong vụ án.