Phiên tòa sẽ xét xử 20 bị cáo, trong đó có bị cáo Đinh La Thăng (nguyên Bộ trưởng Bộ Giao thông Vận tải từ tháng 8/2011 - 2/2016).
Cùng hầu tòa với cùng tội danh "Vi phạm quy định về quản lý, sử dụng tài sản nhà nước gây thất thoát, lãng phí" như bị cáo Đinh La Thăng còn có 6 bị cáo nguyên là lãnh đạo Bộ Giao thông Vận tải gồm: Nguyễn Hồng Trường (nguyên Thứ trưởng Bộ Giao thông Vận tải giai đoạn tháng 4/2007 - 8/2017); Nguyễn Chí Thành (nguyên Phó vụ trưởng Vụ Tài chính, Bộ Giao thông Vận tải); Lê Trung Cường (chuyên viên Vụ Tài chính); Dương Tuấn Minh, Dương Thị Trâm Anh (nguyên Tổng giám đốc và Giám đốc Tổng công ty Cửu Long), Nguyễn Thu Trang (nguyên Phó trưởng phòng Đầu tư và quản lý đấu thầu, Tổng công ty Cửu Long).
Bị cáo Đinh Ngọc Hệ (tức Út “trọc”, nguyên Phó Tổng Giám đốc Tổng công ty Thái Sơn - Bộ Quốc phòng) bị truy tố về 2 tội "Lừa đảo chiếm đoạt tài sản và "Lợi dụng chức vụ, quyền hạn gây ảnh hưởng đối với người khác để trục lợi"; 12 bị cáo còn lại bị truy tố về tội lừa đảo chiếm đoạt tài sản.
Theo cáo trạng của Viện Kiểm sát nhân dân tối cao, Dự án đường cao tốc Thành phố Hồ Chí Minh-Trung Lương được hình thành từ nguồn vốn ngân sách Nhà nước, do vậy việc bán quyền thu phí là bán tài sản Nhà nước. Bộ Giao thông Vận tải được Thủ tướng Chính phủ giao là đơn vị chủ trì xây dựng đề án bán quyền thu phí, thực hiện chuyển giao quyền thu phí để hoàn trả ngân sách Nhà nước đã đầu tư cho dự án.
Tuy nhiên, khi triển khai thực hiện, bị cáo Đinh La Thăng, khi đó là Bộ trưởng Bộ Giao thông Vận tải, xuất phát từ động cơ cá nhân, thông qua mối quan hệ quen biết từ trước, đã điện thoại cho Dương Tuấn Minh - Tổng Giám đốc Tổng công ty Đầu tư phát triển và Quản lý dự án hạ tầng giao thông Cửu Long và có những chỉ đạo "bất thường". Bị cáo Đinh La Thăng đã giới thiệu, đưa bị cáo Đinh Ngọc Hệ vào tiếp cận đề án, sau đó tạo điều kiện cho công ty của Đinh Ngọc Hệ trúng đấu giá quyền thu phí cao tốc Thành phố Hồ Chí Minh - Trung Lương.
Cáo trạng xác định, bị cáo Đinh La Thăng nắm rõ các quy định pháp luật về quản lý tài sản nhà nước và chuyển giao quyền thu phí, nhận thức rõ đây là tài sản đặc thù có giá trị đặc biệt lớn, cần tìm kiếm đối tác có năng lực tài chính để tối ưu hóa việc bán quyền thu phí. Bị cáo chỉ đạo để cho công ty của Đinh Ngọc Hệ là doanh nghiệp đang kinh doanh thua lỗ, không có năng lực tài chính mua quyền thu phí.
Quá trình thực hiện, bị cáo Đinh La Thăng biết toàn bộ hoạt động triển khai đề án, kết quả bán đấu giá được thực hiện không đúng quy định pháp luật để cho Công ty Yên Khánh của bị cáo Đinh Ngọc Hệ trúng đấu giá, phù hợp với giới thiệu ban đầu của Đinh La Thăng. Bị cáo Đinh La Thăng phải chịu trách nhiệm chính về toàn bộ sai phạm của các cán bộ tại Bộ Giao thông Vận tải trong việc tổ chức bán đấu giá quyền thu phí đường cao tốc Thành phố Hồ Chí Minh - Trung Lương cho công ty của Đinh Ngọc Hệ, gây hậu quả thất thoát cho Nhà nước hơn 725 tỷ đồng.
Cũng theo cáo trạng, nguyên Thứ trưởng Bộ Giao thông Vận tải Nguyễn Hồng Trường biết Đinh Ngọc Hệ có mối quan hệ với Đinh La Thăng, xuất phát từ động cơ nể nang trong quan hệ cấp trên với cấp dưới nên đã có hành vi sai phạm trong việc chỉ đạo cho đơn vị trúng thầu nộp tiền làm 3 lần, trái quy định pháp luật.
Bị cáo Nguyễn Hồng Trường bị xác định đã ký quyết định phê duyệt giá khởi điểm bán đấu giá quyền thu phí, nhưng không thông qua hội đồng xác định giá hoặc thuê tổ chức thẩm định giá; ký quyết định cho phép Hội đồng bán chỉ định khi chỉ có một người tham gia đấu giá và trả giá bằng giá khởi điểm; ký văn bản thông báo Công ty Yên Khánh và Công ty Khánh An của Đinh Ngọc Hệ đủ điều kiện tham gia đấu giá, từ đó dẫn đến hậu quả những công ty này không đủ năng lực nhưng vẫn được tham gia đấu giá và trúng đấu giá.
Về bị cáo Đinh Ngọc Hệ, cáo trạng xác định bị cáo có mục đích chiếm đoạt quyền thu phí nên ngay từ đầu đã có thủ đoạn gian dối, chỉ đạo nhân viên làm giả báo cáo từ lỗ thành lãi và làm giả xác nhận của đơn vị kiểm toán trong báo cáo tài chính năm 2001, 2002. Từ đó, công ty của Đinh Ngọc Hệ đủ điều kiện tham gia đấu giá, mặc dù tình hình kinh doanh đang thua lỗ.
Sau khi trúng đấu giá, do không có năng lực tài chính để trả theo hợp đồng, Đinh Ngọc Hệ đã kéo dài thời gian thanh toán tiền mua quyền thu phí. Quá trình thu phí, bị cáo Đinh Ngọc Hệ tiếp tục có hành vi gian dối, chỉ đạo mua và sử dụng phần mềm của Công ty Xuân Phi che giấu doanh thu, báo cáo không đúng thực tế. Từ các hành vi gian dối này, bị cáo Đinh Ngọc Hệ với sự giúp sức của đồng phạm chiếm đoạt hơn 725 tỷ đồng của Nhà nước.