Phiên tòa sơ thẩm dự kiến diễn ra trong 5 ngày. Hội đồng xét xử gồm 2 Thẩm phán và 3 Hội thẩm nhân dân. Thẩm phán Bùi Văn Tuấn, Chánh án Tòa Hình sự - Tòa án nhân dân tỉnh Quảng Ninh làm Chủ tọa phiên tòa.
Theo cáo trạng, từ năm 2017 đến năm 2021, Công ty Cổ phần Quản lý đường sông số 3 ký kết, thực hiện các hợp đồng quản lý, bảo trì; đầu tư, xây lắp biển báo hiệu; điều tiết đảm bảo giao thông với Cục Đường thủy nội địa Việt Nam, Ban Quản lý vịnh Hạ Long và một số chủ đầu tư khác. Quá trình điều tra vụ án, xác định các bị cáo là lãnh đạo Công ty Cổ phần Quản lý đường sông số 3 đã thông đồng với một số cá nhân trong công ty hoặc ở các công ty khác để bớt xén khối lượng công việc so với hợp đồng, lập khống sổ sách nghiệm thu, lừa đảo chiếm đoạt tiền của một số chủ đầu tư; tham ô tài sản, đưa hối lộ, nhận hối lộ đối với các hợp đồng ký kết với Ban Quản lý vịnh Hạ Long; tham ô tài sản của chính Công ty Cổ phần Quản lý đường sông số 3. Cáo trạng cũng xác định một số cán bộ thuộc Cục Đường thủy nội địa Việt Nam, Chi cục Đường thủy nội địa khu vực I đã thiếu trách nhiệm trong quá trình kiểm tra, nghiệm thu đối với các hợp đồng của Cục Đường thủy nội địa Việt Nam với Công ty Cổ phần Quản lý đường sông số 3 làm thất thoát tài sản.
Cáo trạng nêu rõ, từ năm 2017 đến năm 2021, tại thành phố Hạ Long, Móng Cái, thị xã Quảng Yên, Đông Triều, huyện Tiên Yên, Vân Đồn, các bị cáo là lãnh đạo Công ty Cổ phần Quản lý đường sông số 3 gồm: Phạm Văn Phả (Chủ tịch Hội đồng Quản trị), Đỗ Công Hào (Giám đốc), Phạm Văn Chinh (Phó Giám đốc), Ngô Thị Thu Lư (Phó Giám đốc) đã bớt xén khối lượng các hạng mục công việc, lập khống hợp đồng, hợp thức hóa hồ sơ, chứng từ nghiệm thu, thanh toán, để chiếm đoạt tiền. Tổng số tiền mục đích lừa đảo chiếm đoạt là gần 25 tỷ đồng, trong đó đã chiếm đoạt được hơn 23 tỷ đồng.
Từ năm 2017 đến năm 2019, tại thành phố Hạ Long, bị cáo Phạm Văn Phả, Đỗ Công Hào, Phạm Văn Chinh, Ngô Thị Thu Lư đã cùng Phạm Hồng Hà (cựu Chủ tịch UBND thành phố Hạ Long), Bùi Sỹ Giáp và Phạm Thái Dương (Ban Quản lý Vịnh Hạ Long) lập khống hồ sơ, bớt xén khối lượng công việc để tham ô số tiền hơn 4 tỷ đồng của Ban Quản lý Vịnh Hạ Long. Ngoài ra, Phạm Văn Phả, Đỗ Công Hào, Ngô Thị Thu Lư đã đưa hối lộ cho các bị cáo Phạm Hồng Hà, Bùi Sỹ Giáp và Phạm Thái Dương tổng số tiền là 517 triệu đồng…
Bị cáo Phạm Văn Phả cùng các đồng phạm tại Công ty Cổ phần Quản lý đường sông số 3 bị truy tố về các tội danh "Lừa đảo chiếm đoạt tài sản, tham ô tài sản và đưa hối lộ". Cựu Chủ tịch thành phố Hạ Long Phạm Hồng Hà bị đề nghị truy tố các tội "Tham ô tài sản" và "Nhận hối lộ". Bị cáo Trịnh Thị Minh Hoa, Giám đốc Công ty Trách nhiệm hữu hạn Mai Hoàng 69, Công ty Trách nhiệm hữu hạn một thành viên đầu tư Chung Hoa bị truy tố về tội “Mua bán trái phép hóa đơn, chứng từ thu nộp ngân sách nhà nước”. Ngoài ra, một số cán bộ Cục Đường thủy nội địa Việt Nam, Chi cục Đường thủy nội địa khu vực I bị truy tố về tội “Thiếu trách nhiệm gây hậu quả nghiêm trọng”.
Cũng theo cáo trạng của vụ án, 28 bị cáo liên quan tới vụ án tại Công ty Cổ phần Quản lý đường sông số 3 đều có tình tiết giảm nhẹ khi thành khẩn khai báo, ăn năn hối cải về hành vi phạm tội của mình.
Trước đó, ngày 14/5/2022, Cơ quan An ninh điều tra, Công an tỉnh Quảng Ninh đã bắt tạm giam Phạm Hồng Hà, cựu Trưởng ban Quản lý vịnh Hạ Long, cựu Chủ tịch UBND thành phố Hạ Long.