Tại phiên tòa phúc thẩm, bị cáo Nguyễn Hoài Nam thay đổi nội dung kháng cáo, từ kêu oan sang xin giảm nhẹ hình phạt.
Theo Hội đồng xét xử cấp phúc thẩm, bị cáo Nam đã thừa nhận hành vi phạm tội như bản án sơ thẩm nêu. Bị cáo có thay đổi nhận thức về hành vi vi phạm khi thừa nhận hành vi phạm tội; quá trình hoạt động báo chí, bị cáo có nhiều thành tích được cơ quan thẩm quyền ghi nhận; bị cáo có nhiều tình tiết giảm nhẹ mới... Vì vậy, Hội đồng xét xử phúc thẩm quyết định giảm nhẹ hình phạt cho bị cáo, tuyên bị cáo 2 năm tù.
Theo nội dung vụ án, vào năm 2018, bị cáo Nguyễn Hoài Nam là phóng viên Báo Pháp luật TP Hồ Chí Minh đã có tuyến bài về những sai phạm tại Cục Đường thủy nội địa Việt Nam, được Ban biên tập duyệt đăng trên Báo Pháp luật TP Hồ Chí Minh. Cụ thể là bài viết "Nghi vấn quỹ đen ở Cục Đường thủy nội địa" đăng ngày 1/8/2018; bài viết “Nghi vấn quỹ đen ở Cục Đường thủy: Buổi chia chác tiền tỉ" đăng ngày 2/8/2018 và bài viết “Cục trưởng Nguyễn Hồng Giang nói gì về quỹ đen" đăng ngày 3/8/2018. Ngày 8/10/2018, Nguyễn Hoài Nam đã đến Cơ quan Cảnh sát điều tra - Bộ Công an làm việc và cung cấp các tài liệu, dữ liệu điện tử và tài liệu khác cho Cơ quan Cảnh sát điều tra, Bộ Công an.
Đầu tháng 10/2018, ông Trần Văn Vệ lúc này là Chánh Văn phòng, Phó Thủ trưởng Thường trực Cơ quan Cảnh sát điều tra - Bộ Công an được phân công chỉ đạo, điều tra vụ án “Lợi dụng chức vụ, quyền hạn trong khi thi hành công vụ" xảy ra tại Cục Đường thủy nội địa Việt Nam. Ngày 27/6/2019, Cơ quan Cảnh sát điều tra, Bộ Công an ban hành Bản kết luận điều tra vụ án hình sự số 50/KLĐT(C01-P4) và chuyển toàn bộ hồ sơ vụ án đến Viện Kiểm sát nhân dân tối cao đề nghị truy tố đối với 3 bị can Phạm Văn Thông, Vũ Mạnh Hùng và Trần Đức Hải theo quy định.
Đối với 14 cá nhân đại diện cho 16 nhà thầu, cơ quan điều tra nhận định, các cá nhân này đều không khai nhận đã đưa tiền cho bị can Phạm Văn Thông. Căn cứ tài liệu điều tra thu thập được, Cơ quan Cảnh sát điều tra thấy rằng, hành vi của các cá nhân này chưa đến mức xử lý hình sự. Do vậy, Cơ quan Cảnh sát điều tra, Bộ Công an không đặt vấn đề xử lý hình sự đối với 14 cá nhân này trong vụ án.
Đối với hành vi của ông Hoàng Hồng Giang, Cục trưởng Cục Đường thủy nội địa Việt Nam không đủ yếu tố cấu thành tội phạm vì quá trình triển khai thực hiện dự án đã ủy quyền cho Trần Đức Hải, Phó Cục trưởng Cục Đường thủy nội địa Việt Nam đại diện chủ đầu tư trực tiếp chỉ đạo, tổ chức triển khai thực hiện. Đồng thời chưa đủ tài liệu chứng minh Hoàng Hồng Giang biết và chỉ đạo thu, nhận tiền của 14 cá nhân đại diện 16 nhà thầu và nhận 5.000 USD do Phạm Văn Thông đưa cho. Ông Giang có dấu hiệu thiếu trách nhiệm trong quản lý, điều hành tại Cục Đường thủy nội địa Việt Nam, để xảy ra tham nhũng, tiêu cực tại đơn vị. Cơ quan Cảnh sát điều tra, Bộ Công an đề nghị Bộ Giao thông Vận tải xử lý nghiêm về Đảng và chính quyền theo quy định.
Chính nội dụng trên mà bị cáo Nguyễn Hoài Nam không đồng tình. Từ khi cơ quan điều tra có kết luận điều tra vụ án và tới khi vụ án được đưa ra xét xử và có hiệu lực pháp luật, bị cáo Nam liên tiếp có đơn gửi các cơ quan chức năng, đại biểu Quốc hội và đăng tải trên tài khoản trang mạng Facebook cá nhân tố cáo Trung tướng Trần Văn Vệ và một số điều tra viên thuộc Cơ quan Cảnh sát điều tra, Bộ Công an có hành vi bao che, bỏ lọt tội phạm đối với ông Hoàng Hồng Giang, nguyên Cục trưởng Cục Đường thủy nội địa Việt Nam và 14 cá nhân đại diện 16 nhà thầu trong vụ án.
Mặc dù các cơ quan có thẩm quyền đã có kết luận, trả lời đơn của Nguyễn Hoài Nam theo đúng quy định nhưng bị cáo vẫn tiếp tục có đơn thư, đăng tải các bài viết tố cáo ông Trần Văn Vệ và các điều tra viên thụ lý vụ án với nội dung: “Tướng Vệ cùng thuộc cấp bắt tay nhau bỏ lọt Cục trưởng Cục Đường thuỷ nội địa trong vụ án "Lợi dụng chức vụ, quyền hạn trong khi thi hành công vụ", xảy ra tại Cục Đường thủy nội địa Việt Nam năm 2018"...
Ngày 10/12/2020, Văn phòng Cơ quan Cảnh sát điều tra, Bộ Công an đã phối hợp với Cục An ninh mạng và phòng, chống tội phạm sử dụng công nghệ cao làm việc với Nguyễn Hoài Nam. Ngày 22/1/2021, Cơ quan Cảnh sát điều tra, Bộ Công an có văn bản gửi Thủ trưởng Cơ quan Cảnh sát điều tra, Công an Thành phố Hồ Chí Minh về việc chuyển tố giác về tội phạm của ông Trần Văn Vệ và Trần Văn Quân đến Cơ quan Cảnh sát điều tra, Công an Thành phố thụ lý theo thẩm quyền.
Quá trình điều tra, Cơ quan Cảnh sát điều tra, Công an Thành phố đã trưng cầu giám định các bài viết trên trang mạng xã hội cá nhân của Nguyễn Hoài Nam và được Sở Thông tin và Truyền thông kết luận là các bài viết có nội dung bịa đặt, sai sự thật, xúc phạm uy tín tổ chức, danh dự cá nhân, vi phạm Luật An ninh mạng, Nghị định 72/2013 của Chính phủ.