Trong phiên xét xử lần này, Tòa án nhân dân tỉnh Sơn La đã tiến hành triệu tập 3 bị cáo tại ngoại, trích xuất 9 bị cáo tại Trại tạm giam Công an tỉnh Sơn La. Cùng với đó, 87 người liên quan và người làm chứng được triệu tập tham gia phiên tòa sơ thẩm. 4/49 người có nghĩa vụ liên quan và 16/ người làm chứng có mặt tại phiên tòa sáng 21/5.
Theo đại diện Viện Kiểm sát và các luật sư, việc những người này vắng mặt không ảnh hưởng đến quá trình xét xử vì đây là lần thứ hai phiên tòa được mở, lời khai đã có đầy đủ. Thẩm phán, Chủ tọa phiên tòa Quản Hữu Chiến cho rằng, do phiên tòa kéo dài trong nhiều ngày, việc người liên quan và người làm chứng vắng mặt không ảnh hưởng, khi cần thiết sẽ triệu tập. Vì vậy, Thẩm phán, Chủ tọa quyết định phiên tòa vẫn diễn ra bình thường. Trong sáng 21/5, sau phần kiểm tra lý lịch, phiên tòa chuyển sang phần tranh tụng.
Trong vụ án này, 8 bị cáo bị truy tố về tội "Lợi dụng chức vụ, quyền hạn trong thi hành công vụ" theo khoản 1, khoản 2, Điều 356, Bộ luật Hình sự năm 2015, gồm: Trần Xuân Yến (nguyên Phó Giám đốc Sở Giáo dục và Đào tạo tỉnh Sơn La); Lò Văn Huynh (nguyên Trưởng Phòng Khảo thí và Quản lý chất lượng giáo dục, Sở Giáo dục và Đào tạo tỉnh Sơn La); Cầm Thị Bun Sọn (nguyên Phó Trưởng phòng Chính trị tư tưởng, Sở Giáo dục và Đào tạo tỉnh Sơn La); Nguyễn Thanh Nhàn (nguyên Phó Trưởng phòng Khảo thí và Quản lý chất lượng giáo dục, Sở Giáo dục và Đào tạo tỉnh Sơn La); Nguyễn Thị Hồng Nga (nguyên chuyên viên Phòng Khảo thí và Quản lý chất lượng, Sở Giáo dục và Đào tạo tỉnh Sơn La); Đặng Hữu Thủy (nguyên Phó Hiệu trưởng Trường Trung học Phổ thông Tô Hiệu); Đỗ Khắc Hưng và Đinh Hải Sơn, nguyên cán bộ Phòng An ninh chính trị nội bộ, Công an tỉnh Sơn La.
Bốn bị cáo bị truy tố về tội "Đưa hối lộ" theo khoản 2 và khoản 4, Điều 364, Bộ luật Hình sự năm 2015, gồm: Hoàng Thị Thành (nguyên Chủ tịch Hội Nông dân huyện Quỳnh Nhai, tỉnh Sơn La); Trần Văn Điện (cán bộ Trường Tiểu học và Trung học Cơ sở Chiềng Cơi, thành phố Sơn La); Lò Thị Trường (lao động tự do, thành phố Sơn La) và Nguyễn Minh Khoa (nguyên Phó Trưởng phòng An ninh chính trị nội bộ, Công an tỉnh Sơn La). Ngoài ra, các bị cáo Lò Văn Huynh, Nguyễn Thị Hồng Nga, Cầm Thị Bun Sọn bị truy tố thêm về tội "Nhận hối lộ" theo khoản 2 và khoản 4, Điều 354, Bộ luật Hình sự năm 2015.
Theo cáo trạng của Viện Kiểm sát nhân dân tỉnh Sơn La, các bị cáo đã lợi dụng chức vụ, quyền hạn được giao với động cơ vụ lợi và mối quan hệ gia đình, bạn bè, đồng nghiệp câu kết với nhau thực hiện hành vi rút bài thi trắc nghiệm để sửa, nâng điểm; in khóa phách vòng 1, vòng 2 môn Ngữ văn để nâng điểm cho 44 thí sinh. Trong đó, bị cáo Trần Xuân Yến với vai trò Phó Trưởng ban Chỉ đạo thi Trung học Phổ thông quốc gia, Tổ trưởng tổ xử lý bài thi trắc nghiệm đã nhận thông tin của 13 thí sinh để giúp nâng điểm. Sau khi nhận thông tin các thí sinh, Trần Xuân Yến tổng hợp chung thành danh sách ghi rõ họ tên, số báo danh, địa điểm thi, các môn thi cần nâng điểm, mã đề thi và tổng số điểm cần đạt; rồi đưa cho Nguyễn Hồng Nga, thành viên tổ xử lý bài thi trắc nghiệm để nâng điểm.
Hành vi “nhận hối lộ” và “đưa hối lộ” của 7 bị cáo liên quan đã được làm rõ. Theo cáo trạng, do quen biết nhau từ trước, chiều 26/8/2018, bị cáo Trần Văn Điện đến phòng làm việc của Nguyễn Thị Hồng Nga tại Sở Giáo dục và Đào tạo đặt vấn đề nhờ nâng điểm cho 4 thí sinh. Hai bên thỏa thuận mỗi trường hợp nâng điểm sẽ phải trả 230-350 triệu đồng. Bị cáo Nga, Thủy và Sọn đã cùng nhau sửa bài thi, nâng điểm cho 4 thí sinh theo yêu cầu của Điện. Sau kỳ thi, Điện đưa cho Nga 1,04 tỷ đồng. Sau khi Nga bị bắt, người thân đã giao nộp cho Cơ quan An ninh điều tra số tiền 1 tỉ đồng.
Quá trình điều tra, Điện khai nhận chỉ đưa thông tin 4 thí sinh để nhờ Nga xem điểm trước chứ không được thỏa thuận và đưa tiền cho Nga. Căn cứ tài liệu, chứng cứ thu thập được có đủ cơ sở xác định Trần Văn Điện đã thỏa thuận và đưa cho Nguyễn Thị Hồng Nga số tiền trên.
Cáo trạng xác định bị cáo Lò Văn Huynh đã thỏa thuận nhận của Lò Thị Trường 300 triệu đồng để giúp nâng điểm cho con trai. Mặc dù không thừa nhận nhưng Cơ quan điều tra và Viện Kiểm sát đều kết luận đủ cơ sở xác định Huynh còn nhận của bị cáo Nguyễn Minh Khoa 1 tỉ đồng để nâng điểm cho hai thí sinh. Cụ thể, ngày 13/6/2018, Khoa đến nhà nhờ Huynh nâng điểm cho hai thí sinh với số điểm 27 trở lên để trúng tuyển vào các trường Công an nhân dân. Mỗi trường hợp, Khoa đưa cho Huynh 700 triệu đồng. Theo đó, Khoa đưa trước cho Huynh 1 tỉ đồng. Số tiền này được Khoa để trong túi nilon màu đen. Sau khi Khoa về, Huynh cầm túi tiền cất vào tủ. Hôm sau, Huynh xem lại thấy đủ 1 tỉ đồng gồm các tập tiền mệnh giá 500.000 đồng và 200.000 đồng.
Khi tổ công tác của Bộ Giáo dục và Đào tạo lên kiểm tra tại tỉnh Sơn La, Lò Văn Huynh bị triệu tập làm việc với Cơ quan An ninh điều tra. Tối 26/7/2018, Nguyễn Minh Khoa gọi điện đến số máy điện thoại của vợ Huynh để gặp Huynh xin lại số tiền đã đưa để trả lại cho gia đình thí sinh. Tuy nhiên, số tiền này đã được gia đình Huynh giao nộp cho cơ quan điều tra. Sau khi bị khởi tố bổ sung tội nhận hối lộ, bị can Lò Văn Huynh thay đổi lời khai phủ nhận việc thỏa thuận và cầm tiền của Khoa. Số tiền 1 tỉ đồng đã nộp cho Cơ quan điều tra là tiền tiết kiệm và bán đất của gia đình.
Nguyễn Minh Khoa khai chỉ đưa danh sách nhờ Huynh xem điểm chứ không thỏa thuận và hối lộ để sửa bài thi, nâng điểm. Tuy nhiên, kết quả điều tra đủ căn cứ xác định Khoa đã đưa cho Huynh 1 tỉ đồng nhờ nâng điểm cho hai thí sinh. Bị cáo Cầm Thị Bun Sọn cũng bị cáo buộc cầm của bà Hoàng Thị Thành 440 triệu đồng để sửa bài thi cho một thí sinh. Bị cáo Đặng Hữu Thủy khai sau khi sửa bài thi, nâng điểm cho bốn thí sinh đã nhận 500 triệu đồng của ba phụ huynh, song đã trả lại. Hành vi của bị can Thủy có dấu hiệu của tội “nhận hối lộ”, nhưng ngoài lời khai của Thủy không có tài liệu, chứng cứ nào khác nên không đủ căn cứ quy kết.