Vụ án này có 6 bị cáo bị đưa ra xét xử về tội "Lợi dụng chức vụ, quyền hạn trong khi thi hành công vụ" theo điểm b, khoản 2, Điều 356 Bộ luật Hình sự năm 2015, gồm: Trần Xuân Yến (nguyên Phó Giám đốc Sở Giáo dục và Đào tạo tỉnh Sơn La); Nguyễn Thị Hồng Nga (nguyên cán bộ Phòng Khảo thí và Quản lý chất lượng giáo dục, Sở Giáo dục và Đào tạo tỉnh Sơn La); Lò Văn Huynh (nguyên Trưởng phòng Khảo thí và Quản lý chất lượng giáo dục, Sở Giáo dục và Đào tạo tỉnh Sơn La); Đặng Hữu Thủy (nguyên Phó Hiệu trưởng Trường Trung học phổ thông Tô Hiệu); Cầm Thị Bun Sọn (nguyên Phó Trưởng phòng Chính trị - Tư tưởng, Sở Giáo dục và Đào tạo) và Đinh Hải Sơn (nguyên cán bộ Phòng An ninh chính trị nội bộ, Công an tỉnh Sơn La).
Ngoài ra, 2 bị cáo bị đưa ra xét xử về tội "Lợi dụng chức vụ, quyền hạn trong khi thi hành công vụ" theo khoản 1 Điều 356 Bộ luật Hình sự năm 2015, gồm: Nguyễn Thanh Nhàn (nguyên Phó trưởng Phòng Khảo thí và Quản lý chất lượng), Đỗ Khắc Hưng (nguyên cán bộ Phòng An ninh chính trị nội bộ, Công an tỉnh Sơn La).
Thay mặt Hội đồng xét xử, Thẩm phán, Chủ tọa phiên tòa Quản Hữu Chiến đã công bố quyết định trả hồ sơ để điều tra bổ sung. Theo đó, do thiếu chứng cứ để chứng minh một số vấn đề không thể làm rõ tại phiên tòa, có căn cứ cho rằng có người khác, đồng phạm khác tham gia vào hành vi nâng điểm nhưng chưa được khởi tố vụ án, khởi tố bị can, cần phải điều tra bổ sung, Hội đồng xét xử quyết định trả hồ sơ yêu cầu làm rõ động cơ, mục đích của các bị cáo để thực hiện việc nâng điểm cho 44 thí sinh, từ đó xem xét, khởi tố điều tra về hành vi đưa hối lộ, nhận hối lộ, môi giới hối lộ; làm rõ nguồn gốc, hành vi đưa nhận tiền của các bị cáo. Ngoài ra, Tòa cũng yêu cầu làm rõ nguồn gốc, hành vi đưa, nhận tiền của bị cáo Nguyễn Thị Hồng Nga (nguyên cán bộ Phòng Khảo thí và Quản lý chất lượng giáo dục, Sở Giáo dục và Đào tạo tỉnh Sơn La) và Trần Văn Điện đối với số tiền 1 tỷ 40 triệu đồng mà bị cáo Nga đã khai nhận.
Tòa yêu cầu làm rõ một số nội dung như: Nguồn gốc, hành vi thỏa thuận đưa, nhận tiền giữa bị cáo Lò Văn Huynh (nguyên Trưởng phòng Khảo thí và Quản lý chất lượng giáo dục, Sở Giáo dục và Đào tạo tỉnh Sơn La) và Lò Thị Trường đối với số tiền 300 triệu đồng; nguồn gốc khoản tiền, hành vi thỏa thuận đưa, nhận tiền giữa bị cáo Lò Văn Huynh và Nguyễn Minh Khoa đối với số tiền 2 tỷ 100 triệu đồng, trong đó đã nhận 1 tỷ đồng, còn 1 tỷ 100 triệu đồng đã thỏa thuận nhưng chưa giao tiền; nguồn gốc khoản tiền và hành vi thỏa thuận đưa, nhận tiền của bị cáo Đặng Hữu Thủy (nguyên Phó Hiệu trưởng Trường Trung học phổ thông Tô Hiệu) và Nguyễn Thị Xuyên đối với số tiền 200 triệu đồng mà bị cáo Thủy đã khai nhận; nguồn gốc khoản tiền và hành vi thỏa thuận đưa nhận tiền của bị cáo Đặng Hữu Thủy và Nguyễn Thị Kim đối với số tiền 150 triệu đồng mà bị cáo đã nhận và trả lại; nguồn gốc khoản tiền và hành vi thỏa thuận lợi ích vật chất và tiền giữa bị cáo Đặng Hữu Thủy và Bùi Thị Xuân đối với số tiền 270 triệu đồng mà bị cáo Thủy đã khai nhận nhưng chưa giao nhận tiền; nguồn gốc khoản tiền và hành vi thỏa thuận đưa nhận tiền giữa bị cáo Đặng Hữu Thủy và Nguyễn Thị Mai Hà với số tiền 150 triệu đồng mà bị cáo đã nhận và đã trả lại; nguồn gốc khoản tiền và hành vi thỏa thuận đưa nhận tiền của bị cáo Cầm Thị Bun Sọn (nguyên Phó Trưởng phòng Chính trị - Tư tưởng Sở Giáo dục và Đào tạo tỉnh Sơn La) và Hoàng Thị Thành đối với số tiền 440 triệu đồng mà bị cáo Sọn đã khai nhận..
Từ đó, xác định đủ hay chưa đủ yếu tố cấu thành tội "đưa hối lộ", "nhận hối lộ" theo điều 354 Bộ luật Hình sự năm 2015 đối với các bị cáo Nguyễn Thị Hồng Nga, Lò Văn Huynh, Đặng Hữu Thủy, Cầm Thị Bun Sọn; có hay không tội "đưa hối lộ" đối với các đối tượng Trần Văn Điện, Nguyễn Minh Khoa, Lò Thị Trường, Nguyễn Thị Xuyên, Nguyễn Thị Kim, Bùi Thị Xuân, Nguyễn Thị Mai Hà, Hoàng Thị Thành, theo điều 364 Bộ luật Hình sự.
Ngoài ra, Hội đồng xét xử đề nghị trưng cầu ý kiến của cơ quan có thẩm quyền giải thích về quy trình xử lý bài thi trắc nghiệm.
Trước đó, cáo trạng xác định hành vi thỏa thuận sẽ nhận tiền để sửa nâng điểm cho các thí sinh của các bị cáo có dấu hiệu của các tội "nhận hối lộ", tội "đưa hối lộ" và tội "môi giới hối lộ". Nhưng theo kết quả điều tra thì những người đưa tiền đều không thừa nhận được thỏa thuận và đưa tiền cho các bị cáo, do đó không đủ căn cứ để truy cứu trách nhiệm hình sự đối với các bị cáo này về các tội trên.
Tại tòa, bị cáo Nguyễn Thị Hồng Nga khai đã nhận 1 tỷ 40 triệu đồng để nâng điểm cho 4 thí sinh. Bị cáo Cầm Thị Bun Sọn khai đã nhận 440 triệu đồng để nâng điểm cho 1 thí sinh. Bị cáo Lò Văn Huynh khai đã nhận 1 tỷ đồng để nâng điểm cho 2 thí sinh. Bị cáo Đặng Hữu Thủy khai đã nhận 500 triệu đồng để nâng điểm cho 4 thí sinh. Trong số các phụ huynh đưa tiền, chỉ có một người là bà Lò Thị Trường thừa nhận đã đưa 300 triệu đồng cho bị cáo Lò Văn Huynh để cảm ơn.
Trong 3 ngày diễn ra phiên tòa, Hội đồng xét xử đã tiến hành xét hỏi, thẩm vấn các bị cáo, người làm chứng, người có nghĩa vụ liên quan. Các luật sư bào chữa đã tiến hành phần hỏi đáp đối với các bị cáo. Đáng chú ý, trong phần trả lời thẩm vấn hội đồng xét xử, hơn 30 người làm chứng là phụ huynh, người trung gian khi trả lời đều phủ nhận việc đã nhờ các bị cáo nâng điểm. Theo những người này, họ chỉ nhờ xem điểm trước cho các thí sinh và không thỏa thuận, không đưa tiền cho bất kỳ ai.
Cũng trong quá trình xét xử, 7/8 bị cáo đều thừa nhận hành vi phạm tội như bản cáo trạng đã nêu. Riêng bị cáo Trần Xuân Yến (nguyên Phó Giám đốc Sở Giáo dục và Đào tạo tỉnh Sơn La) đã phủ nhận cáo trạng truy tố của Viện Kiểm sát nhân dân tỉnh Sơn La và cho rằng bị ép cung, mớm cung. Bị cáo Yến cũng cho rằng, bản thân không nhờ các bị cáo khác nâng điểm mà chỉ nhờ xem điểm; không chỉ đạo các bị cáo khác nâng điểm; không chỉ đạo bị cáo Nga xóa dữ liệu trên máy tính mà chỉ nói bị cáo Nga sao lưu dữ liệu ra đĩa CD đề phòng việc mất dữ liệu.
Trong suốt quá trình xét xử, bị cáo Nguyễn Thị Hồng Nga, Đặng Hữu Thủy, Cầm Thị Bun Sọn đều cho rằng, với vai trò là Tổ trưởng tổ xử lý bài thi trắc nghiệm, nếu bị cáo Trần Xuân Yến làm hết trách nhiệm của mình sẽ không thể xảy ra việc nâng điểm thi. Cùng với đó, ông Trần Xuân Yến là người đã đưa danh sách các thí sinh để bị cáo Nga nâng điểm. Đánh giá về các bị cáo, đại diện Viện Kiểm sát nhân dân tỉnh Sơn La cho rằng 7 bị cáo đều khai báo thành khẩn, riêng bị cáo Yến đã phủ nhận cáo trạng.
Tại phiên xét xử lần này, Tòa đã triệu tập 48 nhân chứng, 43 người có nghĩa vụ liên quan. Trong số này, nhiều người không có mặt tại tòa như: Hoàng Tiến Đức, nguyên Giám đốc Sở Giáo dục và Đào tạo tỉnh Sơn La vắng mặt với lý do đi chữa bệnh; Nguyễn Minh Khoa, nguyên Phó Trưởng phòng An ninh chính trị nội bộ, Công an tỉnh Sơn La vắng mặt với lý do đưa vợ đi chữa bệnh.