Đại diện Viện Kiểm sát phân tích, tại thời điểm cuối tháng 4, đầu tháng 5/2009, sau khi Công ty cổ phần Hóa dầu và Nhiên liệu sinh học Dầu khí - PVB tiến hành đánh giá hồ sơ đề xuất gói thầu TK 05 của nhà thầu Tổng Công ty cổ phần xây lắp Dầu khí Việt Nam - PVC và nhà thầu phụ đã xác định rõ: Năng lực của liên danh nhà thầu PVC/Alfa Laval/Delta-T chưa đáp ứng yêu cầu theo hồ sơ yêu cầu trên các mặt: nhân sự triển khai gói thầu - năng lực của nhà thầu phụ, tiến độ thực hiện dự án, biện pháp kỹ thuật thi công, giá chào thầu.
PVB đã ban hành văn bản số 89/PVB-DADT ngày 5/5/2009 nêu rõ nội dung nêu trên gửi trực tiếp bị cáo Trần Thị Bình (khi đó là Phó Tổng Giám đốc Tập đoàn Dầu khí Việt Nam - PVN, Phó Trưởng Ban chỉ đạo triển khai các dự án nhiên liệu sinh học), ông Nguyễn Việt Sơn (Thư ký Ban chỉ đạo) và Tổng Công ty Dầu Việt Nam - PVOil. Văn bản này thực chất đã chỉ rõ, PVC và liên danh của PVC không đủ năng lực đáp ứng các yêu cầu đặt ra trong hồ sơ yêu cầu và PVB báo cáo để “Mong nhận được hướng dẫn, giúp đỡ của lãnh đạo Tập đoàn”.
Để giải quyết những vấn đề do PVB đặt ra, ngay ngày hôm sau (6/5/2009), bị cáo Đinh La Thăng (nguyên Chủ tịch Hội đồng quản trị PVN) đã triệu tập cuộc họp Ban Chỉ đạo vào ngày 7/5/2009 do bị cáo Thăng chủ trì, bị cáo Bình cùng dự và đơn vị liên quan là PVOil, PVFC (Công ty Tài chính Dầu khí), PVC và PVB. Tại cuộc họp, đại diện PVB đã nêu rõ liên danh PVC/Alfa Laval/Delta-T không đủ năng lực và không đáp ứng các điều kiện theo hồ sơ yêu cầu như nội dung công văn số 89 nêu trên. Tuy nhiên, bị cáo Thăng đã kết luận chỉ đạo trực tiếp: Lãnh đạo Tập đoàn PVN đồng ý cho người đại diện phần vốn của Tập đoàn tại PVOil/PVB chỉ định thầu, đàm phán trực tiếp các gói thầu này. Hội đồng quản trị PVB toàn quyền quyết định các vấn đề liên quan đến dự án và cùng Ban Tổng Giám đốc PVB chịu trách nhiệm triển khai thực hiện 2 vấn đề: Về gói thầu san lấp mặt bằng nhà máy, giao PVOil/PVB tổ chức chỉ định thầu cho một công ty địa phương tại tỉnh Phú Thọ; Gói thầu EPC giao tiến độ hoàn thành trong 18 tháng. Trong đó, bị cáo Thăng chỉ đạo: “Song song với việc đàm phán với các đối tác, từ nay đến 24/5/2009, PVC và PVB tiếp tục đàm phán giá gói thầu EPC. Nếu PVC chấp nhận giá của chủ đầu tư thì giao PVC thực hiện các phần việc tương ứng của gói thầu này”.
Đại diện Viện Kiểm sát nhận định, chỉ đạo trên của bị cáo Thăng phản ánh rất rõ việc chỉ đạo trực tiếp đối với PVOil, PVC, PVB về chỉ định thầu cho liên danh PVC/Alfa Laval/Delta-T không đủ năng lực, không đáp ứng điều kiện về giá gói thầu. Mặt khác, tuy bị cáo Thăng có đặt ra việc đàm phán với các đối tác khác, nhưng vẫn chỉ đạo chỉ định thầu cho PVC nếu PVC chấp thuận giá như hồ sơ yêu cầu của PVB đưa ra. Việc chỉ đạo này đã hoàn toàn loại yếu tố năng lực của nhà thầu hay nói cách khác PVC chỉ cần chấp nhận giá gói thầu của chủ đầu tư là được chỉ định thầu bất chấp năng lực, kinh nghiệm không bảo đảm theo hồ sơ yêu cầu… mà chủ đầu tư (PVB) đã phản ánh rõ trong công văn số 89 và trình bày tại cuộc họp.
Thêm vào đó, tại cuộc họp ngày 7/5/2009, các bị cáo đã nắm rõ về năng lực, kinh nghiệm của PVC và cả liên danh nhà thầu là không bảo đảm theo hồ sơ yêu cầu. Tuy nhiên, các bị cáo vẫn chỉ đạo có tính áp đặt đối với PVOil và PVB chỉ định thầu cho liên danh nhà thầu do PVC đứng đầu thực hiện dự án trái quy định của Luật Xây dựng năm 2003. Đại diện Viện Kiểm sát khẳng định, điều này thể hiện ý thức chủ quan của các bị cáo là cố ý thực hiện hành vi trái pháp luật và có tính chất quyết định dẫn đến việc PVB chỉ định thầu cho PVC thực hiện dự án.
Sau khi đại diện Viện Kiểm sát đối đáp các quan điểm bào chữa của luật sư, các luật sư tiếp tục tham gia đối đáp các nội dung về xác định nguyên nhân gây thiệt hại trong vụ án, việc áp dụng các quy định pháp luật trong vụ án, các mốc thời gian của một số văn bản liên quan đến hành vi của các bị cáo, phương pháp xác định giá trị thiệt hại và chủ thể bồi thường thiệt hại của vụ án…
Kết thúc phần tranh luận, các bị cáo được nói lời sau cùng. Bị cáo Đinh La Thăng cho rằng, bị cáo Bình là người làm việc có năng lực, trách nhiệm, quyết liệt, hoàn cảnh gia đình khó khăn. Do vậy, bị cáo Thăng đề nghị Hội đồng xét xử xem xét miễn trách nhiệm hình sự, dân sự cho bị cáo Bình. Đồng thời, bị cáo Thăng xin Hội đồng xét xử xem xét, cá thể hóa trách nhiệm các bị cáo khác nhưng không cáo buộc các bị cáo này chịu trách nhiệm đồng phạm với bị cáo Thăng.
Trình bày hoàn cảnh gia đình và quá trình công tác của bản thân, bị cáo Trần Thị Bình chia sẻ, bị cáo đã suy nghĩ và tự kiểm điểm lại, suốt đời của mình đã cống hiến, làm việc tại PVN. Bị cáo Bình khẳng định, dù ở cương vị nào, bị cáo cũng giữ được bản chất khách quan, chí công vô tư trong công việc. Trong công việc, bị cáo luôn kiên quyết, không nể nang, né tránh, sẵn sàng yêu cầu thực hiện đấu thầu lại tại các dự án lớn. Trong Dự án Ethanol Phú Thọ, bị cáo Bình cho rằng không thuộc trách nhiệm quản lý trực tiếp nên rất hạn chế thông tin về dự án. Đồng thời, bị cáo không có lý do gì cá nhân để bị cáo chỉ đạo những quyết định làm hại cho dự án.