Trong đó, đại diện Viện Kiểm sát nhấn mạnh các bị cáo trong vụ án mặc dù không phạm tội có tổ chức, nhưng đã đồng loạt tiếp nhận ý chí của cấp trên, thực hiện hành vi trái pháp luật, thực hiện không đúng chức trách, nhiệm vụ của mình.
Đối đáp với các luật sư tại phiên tòa, Kiểm sát viên cao cấp Nguyễn Đức Bằng khẳng định cơ quan công tố không truy tố các bị cáo về hành vi phạm tội có tổ chức, mà chỉ phân hóa vai trò của các bị cáo từ cao đến thấp, tiếp nhận ý chí từ cấp trên đến cấp dưới đều đồng loạt làm sai, không thực hiện đúng chức trách của mình.
Công tố viên nhấn mạnh, các bị cáo đều phải có trách nhiệm thực hiện đúng nhiệm vụ được giao. Nếu phát hiện ra chỉ đạo của cấp trên có nội dung không phù hợp thì phải có trách nhiệm tham mưu, đề xuất lại. Tuy nhiên, trong vụ án này các bị cáo đều tiếp nhận ý chí của cấp trên, đồng loạt thực hiện hành vi vi phạm pháp luật. Đây chính là yếu tố xác định các bị cáo đã đồng phạm thực hiện hành vi phạm tội theo lĩnh vực mình được phân công phụ trách.
Đối với nhóm bị cáo "Vi phạm các quy định về quản lý đất đai", bị cáo Nguyễn Hữu Tín là người phải chịu trách nhiệm chính. Tuy nhiên, để thực hiện được hành vi vi phạm, bị cáo Tín phải có sự tham mưu của các Sở Tài nguyên và Môi trường, Sở Kế hoạch và Đầu tư, Văn phòng UBND Thành phố. Tại Cơ quan điều tra, bị cáo Tín đã thừa nhận trách nhiệm và sai phạm của mình. Tuy nhiên, tại phiên tòa, ngoài một số bị cáo thừa nhận hành vi, còn có một số bị cáo khác đổ trách nhiệm cho cấp dưới, hoặc cho rằng không phải trách nhiệm của mình. Đại diện Viện Kiểm sát cho rằng đó chỉ là sự ngụy biện của các bị cáo, nhằm che giấu những sai phạm mà các bị cáo đã thực hiện.
Kiểm sát viên Nguyễn Đức Bằng xác định, trong vụ án này, bị cáo Vũ Huy Hoàng giữ vai trò chính, thực hiện hành vi xuyên suốt, chỉ đạo trực tiếp các bị cáo cấp dưới thực hiện việc cho đầu tư dự án tại khu đất 2-4-6 Hai Bà Trưng (Thành phố Hồ Chí Minh), đồng thời chỉ đạo góp vốn với các doanh nghiệp tư nhân thành lập Sabeco Pearl để thực hiện dự án kinh doanh bất động sản, chỉ đạo thoái vốn, hoàn tất việc chuyển quyền quản lý sử dụng tài sản Nhà nước sang tài sản tư nhân trái pháp luật.
Đại diện Viện Kiểm sát nêu quan điểm, thiệt hại trong vụ án là kết quả của cả một quá trình các bị cáo thực hiện. Quá trình đó thể hiện từ khi góp vốn đến khi thoái vốn. Thoái vốn được xác định là thủ đoạn cuối cùng chứ không phải là hành vi cuối cùng, bởi tất cả các văn bản của Bộ Công Thương đều thực hiện theo chỉ đạo của bị cáo Hoàng và không ai có ý kiến gì khác.
Hai bị cáo Vũ Huy Hoàng và Phan Chí Dũng (nguyên Vụ trưởng Vụ Công nghiệp nhẹ, Bộ Công Thương) phải thực hiện nhiệm vụ chức năng và quyền hạn của cơ quan đại diện chủ sở hữu, phải quản lý Bộ phận quản lý vốn Nhà nước trong việc điều động, phân công, quyết định, phê duyệt phương án kinh doanh đầu tư tại doanh nghiệp. Trong vụ án này, bị cáo Hoàng là Bộ trưởng thì phải là người đầu tiên chịu trách nhiệm quản lý việc sử dụng vốn tại doanh nghiệp. Bị cáo Dũng cũng phải chịu trách nhiệm như vậy. Việc các luật sư cho rằng hai bị cáo này không có quyền và trách nhiệm quản lý việc sử dụng vốn tại doanh nghiệp là không phù hợp.
Phân tích sâu hơn về hành vi của bị cáo Vũ Huy Hoàng với tư cách Bộ trưởng và thành viên Chính phủ, đại diện Viện Kiểm sát cho rằng, bị cáo Vũ Huy Hoàng biết rõ hai Nghị quyết số 94 (ngày 27/9/2011) và Nghị quyết số 26 (ngày 9/7/2012) của Chính phủ đều không cho phép các Tập đoàn, Tổng Công ty Nhà nước đầu tư ngoài ngành kinh doanh chính. Bị cáo Hoàng là người tham gia, xây dựng luật nhưng bị cáo lại là người vi phạm pháp luật. Đáng lẽ bị cáo phải yêu cầu chấm dứt đầu tư ngoài ngành nhưng bị cáo lại tiếp tục chỉ đạo doanh nghiệp tìm kiếm nhà đầu tư tiếp tục triển khai dự án. Việc cố tình làm trái Nghị quyết của Chính phủ còn thể hiện ở việc các bị cáo cho rằng dự án đang thực hiện thì có thể áp dụng Nghị quyết số 26. Nhưng vào thời điểm đó, Sabeco không đủ năng lực tài chính và không đủ kinh nghiệm thực hiện dự án, mọi việc mới chỉ là chủ trương, chưa triển khai thực hiện. Khu đất 2-4-6 Hai Bà Trưng cũng chưa có giấy chứng nhận quyền sử dụng đất thì không thể nói dự án đang dở dang.
Cũng liên quan đến hai Nghị quyết này, công tố viên cho rằng bị cáo Phan Chí Dũng hiểu rõ về hai Nghị quyết này nhưng vẫn cố tình làm trái. Điều này thể hiện ở Công văn số 6427, Công văn 4914 do nguyên Thứ trưởng Bộ Công Thương Hồ Thị Kim Thoa ký (do bị cáo Dũng tham mưu, đề xuất) vẫn yêu cầu Sabeco phải tìm đối tác liên doanh, trong đó có một nội dung quan trọng mang tính áp đặt là yêu cầu các thành viên Hội đồng quản trị Sabeco phải rút kinh nghiệm về việc chậm trễ thực hiện dự án.
Về vai trò của bị cáo Vũ Huy Hoàng trong việc chỉ đạo giá sàn để thoái vốn, đại diện Viện Kiểm sát nêu quan điểm, tại cuộc họp ngày 29/3/2016, tức là chỉ còn khoảng 10 ngày nữa thì bị cáo sẽ được Quốc hội miễn nhiệm chức vụ Bộ trưởng, nhưng bị cáo vẫn tiếp tục chủ trì và quyết định giá sàn thấp hơn giá thực tế. Đây là điểm mấu chốt để phát sinh thiệt hại của vụ án.
Đại diện Viện Kiểm sát cho rằng, thiệt hại của vụ án đã kéo dài từ thời điểm các bị cáo thực hiện hành vi cho đến khi vụ án được ngăn chặn. Nếu vụ án không được phát hiện thì Nhà nước vẫn bị mất tài sản, các bị cáo lại tiếp tục chuyển cho các bên khác nhau thì thậm chí Nhà nước còn không đòi được quyền sử dụng đất nữa. Thực tế, vụ án này còn nhiều thiệt hại khác như tài sản trên đất, khai thác trên đất trong nhiều năm… Tuy nhiên, đại diện Viện Kiểm sát đã cân nhắc không yêu cầu các bị cáo phải chịu trách nhiệm bồi thường, là đã áp dụng theo nguyên tắc có lợi cho các bị cáo.
Vì vậy, đại diện Viện Kiểm sát khẳng định thiệt hại của vụ án là có và đề nghị Hội đồng xét xử tuyên các bị cáo phạm tội, đồng thời yêu cầu UBND Thành phố Hồ Chí Minh hủy bỏ Quyết định cho thuê đất và các văn bản liên quan trái pháp luật đối với khu đất số 2-4-6 Hai Bà Trưng để UBND Thành phố tiếp tục quản lý và sử dụng khu đất này.
Đại diện Viện Kiểm sát kết luận, trong vụ án này, bị cáo Vũ Huy Hoàng đã để lại "những dấu chân trên con đường phạm tội". Những phân tích của bị cáo Hoàng và luật sư bào chữa cho bị cáo là những lời ngụy biện để chối bỏ hành vi sai phạm. Bị cáo biết rõ trái pháp luật nhưng vẫn cố tình thực hiện, để lại hậu quả đặc biệt lớn. Việc truy tố các bị cáo ra trước pháp luật là đúng người, đúng tội, đúng pháp luật. Tuy nhiên, công tố viên cũng đề nghị Hội đồng xét xử cân nhắc, áp dụng các tình tiết giảm nhẹ để có phán quyết cuối cùng.