Theo đó, 9 bị cáo có đơn kháng cáo bản án sơ thẩm gồm: Trương Tuấn Dũng (sinh năm 1960, nguyên Phó Chủ tịch Ủy ban nhân dân huyện Mường La, kiêm Chủ tịch Hội đồng bồi thường, hỗ trợ tái định cư huyện Mường La, nguyên Phó Giám đốc Sở Tài chính tỉnh Sơn La); Phan Tiến Diện (sinh năm 1975, nguyên Phó Chủ tịch Ủy ban nhân dân huyện Mường La, nguyên Phó Giám đốc Sở Tài nguyên và Môi trường tỉnh Sơn La); Phan Đức Chính (sinh năm 1961, nguyên Trưởng phòng Tài nguyên và Môi trường huyện Mường La); Phan Xuân Khoa (sinh năm 1974, nguyên Phó Trưởng ban di dân huyện Mường La); Trần Mạnh Trì (sinh năm 1977, nguyên Phó Trưởng ban di dân huyện Mường La); Tòng Văn Thành (sinh năm 1979, nguyên Bí thư Đảng ủy xã Chiềng Hoa, huyện Mường La); Ngô Xuân Vân (sinh năm 1965, nguyên cán bộ Phòng Tài nguyên và Môi trường huyện Mường La); Đèo Văn Ban (sinh năm 1956, nguyên Phó Bí thư Chi bộ bản Co Chai, xã Mường Chùm, huyện Mường La); Đỗ Tiến Đồng (sinh năm 1978, nguyên Giám đốc Trung tâm Kỹ thuật Tài nguyên và Môi trường, Sở Tài nguyên và Môi trường tỉnh Sơn La).
Hội đồng xét xử phúc thẩm nhận định, tòa án cấp sơ thẩm đã xét xử đúng quy đinh, đúng người, đúng tội, không oan sai; không có căn cứ xác định các bị cáo bị oan sai. Vì vậy, không đủ căn cứ để chấp nhận kháng cáo của các bị cáo: Trương Tuấn Dũng, Phan Đức Chính, Phan Tiến Diện, Đèo Văn Ban, Phan Xuân Khoa.
Hội đồng xét xử phúc thẩm chấp nhận kháng cáo xin giảm nhẹ hình phạt của các bị cáo: Trần Mạnh Trì, Tòng Văn Thành, Ngô Xuân Vân, Đỗ Tiến Đồng vì trong quá trình xét xử phúc thẩm đã có những tình tiết thay đổi. Cụ thể, bị cáo Trì thay đổi nội dung kháng cáo và đề nghị xem xét giảm nhẹ hình phạt. Bị cáo Thành xin xem xét lại hành vi của bị cáo, nếu phạm tội thì xem xét giảm nhẹ hình phạt. Bị cáo Vân thành khẩn khai báo, hiện đang mắc bệnh hiểm nghèo. Bị cáo Đỗ Tiến Đồng chưa có tiền án tiền sự, gia đình có nhiều người có công với cách mạng, được chính quyền địa phương xin bảo lãnh và xét thấy không cần thiết phải cách ly ra khỏi xã hội.
Căn cứ hành vi phạm tội của các bị cáo, Hội đồng xét xử đã tuyên án đối với 9 bị cáo. Về tội danh, 9 bị cáo đều phạm tội “Cố ý làm trái quy định của Nhà nước về quản lý kinh tế gây hậu quả nghiêm trọng” theo Điều 165 Bộ luật Hình sự năm 1999. Cụ thể, mức án của 4 bị cáo được giảm nhẹ hình phạt so với bản án sơ thẩm là: Tòng Văn Thành nhận mức án 5 năm tù (giảm 6 tháng); Ngô Xuân Vân nhận mức án 3 năm 6 tháng tù (giảm 6 tháng); Trần Mạnh Trì nhận mức án 4 năm 6 tháng tù (giảm 6 tháng); Đỗ Tiến Đồng nhận mức án 36 tháng tù và cho hưởng án treo.
Các bị cáo được tuyên giữ nguyên hình phạt là: Trương Tuấn Dũng, Phan Tiến Diện, Phan Đức Chính với mức án 6 năm, 6 tháng tù; Phan Xuân Khoa với mức án 5 năm 6 tháng tù; Đèo Văn Ban với mức án 4 năm tù.
Về trách nhiệm dân sự, Hội đồng xét xử buộc bị cáo Đèo Văn Ban phải bồi thường cho Nhà nước số tiền hơn 1,179 tỷ đồng và hoàn trả cho Nhà nước số tiền hơn 64 triệu đồng.
Như TTXVN đã đưa tin, theo cáo trạng, năm 2005, công tác chi tiền bồi thường, hỗ trợ di dời cho các hộ dân trong khu vực Nhà máy Thủy điện Sơn La đã hoàn thành. Năm 2013, Chính phủ cho phép bồi thường thêm phần chênh lệch giá trị đất giữa nơi đi và nơi đến tại khu tái định cư Tân Lập. Năm 2014, Ủy ban nhân dân tỉnh Sơn La ra Công văn số 617 chỉ đạo Ủy ban nhân dân huyện Mường La thống kê lại diện tích đất của từng hộ và đề xuất phương án bồi thường, hỗ trợ. Năm 2014, bị cáo Trương Tuấn Dũng, khi đó là Phó Chủ tịch Thường trực Ủy ban nhân dân huyện Mường La kiêm Chủ tịch Hội đồng bồi thường, hỗ trợ tái định cư, đã ký ban hành Kế hoạch số 41 để thực hiện chỉ đạo của UBND tỉnh Sơn La, cho phép Văn phòng Đăng ký đất đai và Công ty Cổ phần tư vấn và đo đạc Bảo Bình (có trụ sở tại Hà Nội) đo đạc, lập bản đồ địa chính. Khi triển khai Kế hoạch 41, tại Sơn La xuất hiện nhiều đơn thư vượt cấp, đặc biệt là đơn của Đèo Văn Ban (một cá nhân nằm trong diện được đền bù) đã gây ảnh hưởng xấu tới an ninh - trật tự, buộc Công an phải điều tra.
Việc xác minh cho thấy có sai phạm trong việc ban hành Kế hoạch 41 cũng như công tác đo đạc, lập bản đồ bồi thường cho các hộ dân, trong đó có hộ Đèo Văn Ban. Việc này dẫn tới hộ Đèo Văn Ban được bồi thường sai (đền bù vượt quy định) hơn 1,2 tỷ đồng. Cơ quan tố tụng xác định, việc bị báo Trương Tuấn Dũng đã ký ban hành và tổ chức thực hiện Kế hoạch số 41 không đúng với các văn bản hướng dẫn, chỉ đạo của Ủy ban nhân dân tỉnh Sơn La và Bộ Tài nguyên và Môi trường là nguyên nhân trực tiếp dẫn tới sai phạm trong công tác đo đạc, lập bản đồ địa chính, thu hồi đất phục vụ bồi thường, hỗ trợ. Các bị cáo khác dù biết Kế hoạch số 41 trái với các văn bản hướng dẫn, chỉ đạo của Ủy ban nhân dân tỉnh Sơn La và Bộ Tài nguyên và Môi trường nhưng vẫn thực hiện dẫn đến việc thất thoát ngân sách nhà nước với số tiền lớn.