Sau những kết quả tích cực thu được tại hội nghị trực tuyến lần thứ nhất diễn ra tại Tổng cục Thể dục thể thao vào ngày 27/12/2020, tại phiên họp lần hai ban tổ chức ASEAN Para Games và APSF sẽ tập trung thảo luận về ba vấn đề chính: Chốt số lượng môn thi, công tác phân loại thương tật và phương án đối phó trước tình hình dịch bệnh COVID-19 đang diễn ra phức tạp.
Về số lượng môn thi, trước những khó khăn do dịch COVID-19, Phó tổng cục trưởng phụ trách Tổng cục Thể dục thể thao Trần Đức Phấn cho biết, phía Việt Nam sẽ chốt chỉ tổ chức 11 môn với nội dung đã được ấn định (chỉ có thể giảm và không được tăng thêm).
Đến thời điểm này, nước chủ nhà Việt Nam đã thành lập các Tiểu ban để điều hành Đại hội, gồm: Ban tổ chức; Trung tâm điều hành; Tiểu ban chuyên môn kỹ thuật; Tiểu ban y tế và chống doping; Tiểu ban lễ tân khánh tiết; Tiểu ban khai mạc - bế mạc; Tiểu ban thông tin và truyền thông; Tiểu ban an ninh; Tiểu ban giao thông; Tiểu ban hậu cần và dịch vụ công; Tiểu ban tài chính, cơ sở vật chất và vận động tài trợ.
Ông Trần Đức Phấn cũng nhấn mạnh, ở thời điểm hiện tại, do diễn biến hết sức phức tạp của đại dịch COVID-19, cùng với tình hình bạo loạn tại Myanmar; công tác phân loại thương tật cũng như tổ chức Đại hội sẽ được thông báo và cập nhật đến từng quốc gia theo tình hình thực tế. Chính bởi vậy, thời điểm này khó có thể đưa ra một phương án cụ thể nào để triển khai các công việc.
Phía chủ nhà Việt Nam cam kết sẽ thường xuyên cập nhật thông tin về công tác chuẩn bị cũng như những quy định cụ thể của nước chủ nhà về Đại hội.
Theo kết luận từ phiên họp trước, các môn được tổ chức tại Đại hội, gồm 11 môn ở các địa điểm sau: Điền kinh và bơi (18 - 22/12, Khu liên hợp thể thao quốc gia Mỹ Đình), Cử tạ (19 - 21/12, Trung tâm Huấn luyện và thi đấu thể thao Hà Nội), Cầu lông (18 - 22/12, Nhà thi đấu Cầu Giấy), Bóng bàn (18 - 22/12, Nhà thi đấu Bắc Từ Liêm), Cờ vua (18 - 23/12, Nhà thi đấu Hà Đông) Bắn cung (18 - 22/12, Trung tâm Huấn luyện và thi đấu thể thao Hà Nội), Bóng lăn người khiếm thị (19 - 22/12, Nhà thi đấu Quần ngựa), Quần vợt xe lăn (19 - 21/12, Trung tâm Huấn luyện và thi đấu thể thao Hà Nội), Bocia (18 - 22/12, Nhà thi đấu Tây Hồ) và Judo (19 - 21/12, Nhà thi đấu Hoài Đức).