Theo Tổng cục Hải quan, do hiểu khác nhau về các văn bản pháp luật; do tính chất đặc thù của chuyên môn, đặc biệt mã HS và trị giá hải quan; thông tin khai báo từ doanh nghiệp chưa đầy đủ hoặc do năng lực thực thi của một số cán bộ công chức hải quan nên nhiều doanh nghiệp đang gặp khó khăn khi xác định mã số hàng.
Hiện vẫn tồn tại các trường hợp dùng mã số không thống nhất đối với cùng mặt hàng cho nên mục tiêu khi xây dựng các danh mục HS của Tổ chức Hải quan thế giới, danh mục Biểu thuế ASEAN và danh mục hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu Việt Nam nhằm tạo thuận lợi thương mại và kiểm soát hàng hóa.
Cùng với sự phát triển mạnh của công nghệ, nhiều mặt hàng được tích hợp nhiều công dụng, nhiều thành phần... dẫn tới khó xác định, khó phân biệt khi phân loại. Việc áp dụng quản lý rủi ro trong thông quan với mục tiêu chuyển từ tiền kiểm sang hậu kiểm để tạo thuận lợi thương mại, giảm thời gian thông quan hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu nên phát sinh một số trường hợp hàng hóa thuộc tờ khai luồng xanh nhập khẩu cùng một mặt hàng nhưng doanh nghiệp khai báo mã số khác nhau. Việc này sẽ được kiểm tra, điều chỉnh sau thông quan.
Tổng cục Hải quan đang nỗ lực triển khai các giải pháp khắc phục như: Đề xuất kiến nghị sửa biểu thuế với các nguyên tắc làm đơn giản hóa biểu thuế; xây dựng cơ sở dữ liệu quản lý tập trung để tra cứu, thống nhất trong phân loại. Hệ thống đang tiếp tục được nâng cấp, xây dựng mới để sử dụng có hiệu quả hơn việc kiểm tra, kiểm soát việc khai báo, áp dụng mã số.
Phía Hải quan sẽ có công văn hướng dẫn thống nhất đối với các mặt hàng khó, phức tạp, các mặt hàng có ý kiến của Tổ chức Hải quan thế giới nhưng còn chưa được sửa trong danh mục HS (còn chờ sửa theo định kỳ 5 năm một lần)... Đồng thời xây dựng danh mục hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu rủi ro về phân loại hàng hóa và áp dụng mức thuế để làm cơ sở cho cán bộ hải quan kiểm tra, kiểm soát đối với mặt hàng dễ lẫn, khó phân loại, hàng có tính rủi ro cao về mã số, ngăn ngừa gian lận khi áp dụng các biểu thuế.
Theo Tổng cục Hải quan, người khai hải quan tự kê khai, tự xác định trị giá hải quan. Cơ quan hải quan kiểm tra và xử lý kết quả, tham vấn theo quy định. Trường hợp đủ cơ sở bác bỏ trị giá do người khai hải quan tự xác định, kê khai thì xác định trị giá.
Người khai hải quan được yêu cầu cơ quan hải quan thông báo bằng văn bản về trị giá hải quan, cơ sở, phương pháp được sử dụng để xác định trị giá hải quan trong trường hợp trị giá hải quan do cơ quan hải quan xác định. Nếu doanh nghiệp không đồng ý với kết quả xác định trị giá của hải quan, được quyền khiếu nại, khởi kiện theo quy định.