Thông qua cuộc kiểm toán, các SAI mong muốn chỉ rõ những thách thức ảnh hưởng đến an toàn nguồn nước tại đây, từ đó có những kiến nghị với các nước liên quan về việc đảm bảo đủ nguồn nước cho dòng sông Mekong, tránh ảnh hưởng tiêu cực đến môi trường, đời sống của người dân. Đây là hành động hợp tác thiết thực của KTNN Việt Nam nhằm tăng cường kiểm toán đối với lĩnh vực môi trường nói chung, môi trường nước nói riêng.
Cũng như nhiều quốc gia đang phát triển trên thế giới, Việt Nam đang phải đối mặt với hàng loạt thách thức về môi trường, trong đó, tình trạng ô nhiễm nguồn nước đang trực tiếp gây ra những ảnh hưởng và hệ lụy khôn lường đến phát triển kinh tế - xã hội, đặc biệt là sức khỏe của người dân. Thực trạng nguồn nước bị ô nhiễm, điển hình như nguồn nước lưu vực sông MeKong từng được các SAI khu vực Đông Nam Á, trong đó có KTNN Việt Nam chỉ ra qua cuộc kiểm toán các vấn đề về nước lưu vực sông Mekong (do SAI Thái Lan chủ trì, thực hiện trong giai đoạn 2012 - 2013).
Kết quả kiểm toán cho thấy, ở phạm vi quốc gia, hệ thống chính sách, pháp luật; việc tuân thủ chính sách, pháp luật về quản lý tài nguyên nước nói chung và lưu vực sông Mekong nói riêng còn nhiều bất cập dẫn đến thực trạng khai thác, sử dụng nước bất hợp lý, thiếu quy hoạch; tình trạng ô nhiễm nguồn nước có xu hướng gia tăng nghiêm trọng. Kết quả kiểm toán cũng chỉ rõ, phát triển bền vững đã trở thành vấn đề xuyên quốc gia, không còn thuộc về từng quốc gia riêng lẻ. Trong khi đó, Hiệp định Hợp tác sự phát triển bền vững lưu vực sông Mekong đang phải đối mặt với nhiều thách thức phát sinh từ các hoạt động khai thác sử dụng nước quá mức, đặc biệt là sự phát triển mạnh của các đập thủy điện ở lưu vực thượng lưu và hạ lưu trên dòng chính.
Thành công của cuộc kiểm toán là bài học kinh nghiệm quý báu về kiểm toán môi trường cho các SAI thành viên ASOSAI nói chung và các SAI khu vực Đông Nam Á nói riêng. Kết quả của cuộc kiểm toán này đã đặt ra vấn đề sử dụng và quản lý hiệu quả, bền vững nguồn nước, đặc biệt là tài nguyên nước chảy qua địa phận của nhiều quốc gia. Do đó, các bên cần phải hành động, bảo vệ mạnh mẽ hơn nữa nhằm giảm thiểu tác động tiêu cực đến môi trường sống và an sinh xã hội của cư dân thuộc địa phận nguồn nước chảy qua.
Cũng theo Báo cáo đánh giá do KTNN Việt Nam - Chủ tịch Tổ chức Các cơ quan Kiểm toán tối cao châu Á (ASOSAI) nhiệm kỳ 2018 - 2021 trình bày tại Cuộc họp trực tuyến Ban Điều hành ASOSAI lần thứ 55: Đến nay, thế giới và khu vực tiếp tục phải đối mặt với những thách thức to lớn về các vấn đề an sinh xã hội, biến đổi khí hậu, ô nhiễm môi trường, rác thải nhựa, xâm hạn mặn… Đặc biệt, trong vài năm gần đây, những vùng đất thuộc lưu vực sông Mekong ở vùng hạ nguồn liên tục bị ảnh hưởng và đối mặt với nguy cơ mất an ninh nguồn nước với tình trạng gia tăng hạn hán, ngập mặn, sạt lở đất, triều cường…do biến đổi khí hậu, lượng mưa ít, dòng chảy bị sụt giảm. Việc gia tăng xây dựng thủy điện ở thượng nguồn để khai thác sử dụng nước trên các sông nhánh và dòng chính sông Mekong cũng là nguyên nhân chính làm dòng chảy thay đổi, ảnh hưởng đến hạ lưu.
Theo KTNN, năm 2021, KTNN dự kiến phối hợp với một số SAI trong khu vực thực hiện việc kiểm toán nguồn nước sông Mekong để có những kiến nghị về đảm bảo chất lượng nguồn nước, tránh tác động tiêu cực đến an ninh nguồn nước, an sinh xã hội.
Theo Tổ chức Lương thực và Nông nghiệp Liên Hợp Quốc (FAO), kiểm toán nước là một nghiên cứu có hệ thống về tình trạng hiện tại và xu hướng trong cả cung và cầu nước, đặc biệt tập trung vào các vấn đề liên quan đến quản trị, thể chế, tài chính, khả năng tiếp cận nước trong một lãnh thổ nhất định. Mục tiêu là giúp cho cộng đồng hiểu về vai trò, đặc điểm của tài nguyên nước, đánh giá thực trạng khai thác tài nguyên nước, từ đó có biện pháp sử dụng và quản lý tài nguyên bền vững.