Theo đó, Bộ Tài chính đã có hướng dẫn cụ thể để thanh toán phần vốn nhà nước hỗ trợ chi phí giải phóng mặt bằng, tái định cư cho Dự án đường ô tô cao tốc Hà Nội - Hải Phòng.
Trên cơ sở kế hoạch vốn đầu tư công hỗ trợ chi phí giải phóng mặt bằng được Thủ tướng Chính phủ giao (tại Quyết định số 515/QĐ-TTg, Quyết định số 928/QĐ-TTg), Bộ Giao thông Vận tải (GTVT) giao cơ quan, đơn vị quản lý phần vốn của nhà nước hỗ trợ chi giải phóng mặt bằng (Ban Quản lý dự án Thăng Long) và thực hiện phân bổ chi tiết kế hoạch vốn đầu tư cho dự án; đồng thời gửi văn bản phân bổ chi tiết vốn đầu tư cho Bộ Tài chính, Kho bạc Nhà nước nơi mở tài khoản; tên dự án “Dự án đường ô tô cao tốc Hà Nội - Hải Phòng (Hỗ trợ giải phóng mặt bằng dự án đường bộ cao tốc Hà Nội - Hải Phòng)".
Đối với Ban Quản lý dự án Thăng Long, thực hiện đăng ký mã số đơn vị quan hệ ngân sách cho dự án (mã dự án), theo quy định tại Thông tư số 185/2015/TT-BTC; nhập dự toán vào Hệ thống thông tin quản lý ngân sách và kho bạc (TABMIS) theo quy định tại Thông tư số 123/2014/TT-BTC và thực hiện thủ tục mở tài khoản dự toán chi đầu tư xây dựng cơ bản tại Kho bạc Nhà nước (KBNN), theo quy định tại Thông tư số 18/2020/TT-BTC.
Ngoài ra, Ban Quản lý dự án Thăng Long kiểm tra, đối chiếu giá trị quyết toán chi phí hỗ trợ giải phóng mặt bằng đã được phê duyệt, đảm bảo không được vượt chi phí giải phóng mặt bằng trong tổng mức đầu tư của dự án đã được cấp có thẩm quyền phê duyệt; giá trị đề nghị thanh toán không vượt kế hoạch vốn được giao và không vượt giá trị quyết toán chi phí giải phóng mặt bằng đã được cấp có thẩm quyền phê duyệt. Trên cơ sở đó, Ban Quản lý dự án Thăng Long gửi KBNN nơi mở tài khoản các hồ sơ để kiểm soát thanh toán theo quy định.
Ban Quản lý dự án Thăng Long chịu trách nhiệm về giá trị đề nghị thanh toán; đảm bảo tính chính xác của các số liệu, tài liệu trong hồ sơ cung cấp cho KBNN và các cơ quan chức năng của Nhà nước; thực hiện kế toán đơn vị chủ đầu tư, quyết toán tình hình sử dụng vốn đầu tư nguồn ngân sách Nhà nước theo niên độ ngân sách hằng năm theo quy định.
Kho bạc Nhà nước căn cứ hồ sơ đề nghị thanh toán của Ban Quản lý dự án Thăng Long kiểm soát thanh toán cho VIDIFI trong phạm vi kế hoạch vốn đầu tư công được giao, đã nhập vào TABMIS và không vượt phần vốn nhà nước hỗ trợ chi phí giải phóng mặt bằng và tái định cư cho dự án, không vượt giá trị quyết toán chi phí giải phóng mặt bằng, tái định cư đã được cấp có thẩm quyền phê duyệt và kinh phí VIDIFI đã chuyển cho các địa phương để chi giải phóng mặt bằng, tái định cư.
Phía Kho bạc Nhà nước không chịu trách nhiệm về việc xác định tính chính xác, hợp lệ, hợp pháp của giá trị thanh toán chi phí giải phóng mặt bằng, tái định cư cho VIDIFI do cơ quan, đơn vị được Bộ GTVT giao quản lý phần nhà nước hỗ trợ chi phí giải phóng mặt bằng, tái định cư lập.
Về đơn vị VIDIFI sẽ chịu trách nhiệm tổng hợp, cung cấp, phối hợp với Ban Quản lý dự án Thăng Long hoàn thiện hồ sơ; tổng hợp kết quả quyết toán phần kinh phí giải phóng mặt bằng, tái định cư đã được các địa phương thực hiện vào quyết toán chung của dự án…VIDIFI sử dụng vốn ngân sách nhà nước hỗ trợ chi phí bồi thường giải phóng mặt bằng, tái định cho dự án theo đúng quy định.