Theo đó, về định hướng sắp xếp tổ chức bộ máy tại Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn: kết thúc hoạt động Ban cán sự đảng, lập Đảng bộ Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn theo yêu cầu và kế hoạch của Bộ Chính trị.
Định hướng sắp xếp đối với các tổ chức hành chính: tiếp tục duy trì 2 Cục: Cục Kinh tế hợp tác và Phát triển nông thôn và Cục Quản lý đê điều và Phòng, chống thiên tai; tiếp tục duy trì 6 đơn vị tham mưu tổng hợp, sẽ hợp nhất với các đơn vị tương ứng của Bộ Tài nguyên và Môi trường bao gồm: Vụ Hợp tác quốc tế; Vụ Khoa học và Công nghệ, Vụ Pháp chế, Vụ Tổ chức cán bộ, Văn phòng Bộ, Thanh tra Bộ.
Hợp nhất Vụ Kế hoạch và Vụ Tài chính, đồng thời, hợp nhất với Vụ Kế hoạch - Tài chính (Bộ Tài nguyên và Môi trường). Hợp nhất Cục Thủy lợi và Cục Quản lý Xây dựng công trình thành Cục Quản lý và Xây dựng công trình Thuỷ lợi.
Hợp nhất Cục Trồng trọt và Cục Bảo vệ thực vật thành Cục Trồng trọt - Bảo vệ thực vật. Hợp nhất Cục Chăn nuôi và Cục Thú y thành Cục Chăn nuôi - Thú y. Hợp nhất Cục Lâm nghiệp và Cục Kiểm lâm thành Cục Lâm nghiệp - Kiểm lâm.
Hợp nhất Cục Thủy sản, Cục Kiểm ngư và Cục Chất lượng, Chế biến và Phát triển thị trường thành Cục Thủy sản - Kiểm ngư.
Đối với đơn vị sự nghiệp công lập thuộc cơ cấu tổ chức của Bộ: Tiếp tục duy trì 5 đơn vị có tên trong cơ cấu tổ chức của Bộ tại Nghị định số 105/2022/NĐ-CP, bao gồm: Viện Chiến lược và Chính sách Nông nghiệp nông thôn; Trường Cán bộ quản lý nông nghiệp và Phát triển nông thôn; Báo Nông nghiệp Việt Nam; Tạp chí Nông nghiệp và Phát triển nông thôn; Trung tâm Chuyển đổi số và Thống kê nông nghiệp. Các đơn vị này sẽ hợp nhất với các đơn vị có chức năng tương ứng của Bộ Tài nguyên và Môi trường khi sáp nhập.
Tiếp tục duy trì Trung tâm Khuyến nông quốc gia là đơn vị sự nghiệp thuộc cơ cấu tổ chức của Bộ.
Tiếp tục duy trì Trường Chính sách công và Phát triển nông thôn theo hướng không thuộc cơ cấu tổ chức và thực hiện lộ trình sắp xếp phù hợp với quy hoạch mạng lưới các cơ sở giáo dục đại học theo quyết định của cấp có thẩm quyền.
Đối với các đơn vị sự nghiệp công lập khác thuộc Bộ: tiếp tục nghiên cứu các phương án, sắp xếp, tô chức lại trong quá trình hợp nhất hai Bộ để báo cáo cấp có thẩm quyền xem xét, quyết định.
Trưởng Ban Chỉ đạo cũng đã phân công các đồng chí Thứ trưởng, Thành viên Ban Chỉ đạo chủ trì, chỉ đạo thực hiện các nhiệm vụ về hợp nhất các đơn vị theo định hướng sắp xếp.
Vụ Tổ chức cán bộ chủ trì, phối hợp với Văn phòng Ban cán sự đảng, Văn phòng Đảng ủy, Văn phòng Bộ và các đơn vị có liên quan Xây dựng Đề án thành lập Đảng bộ Bộ (sau khi hợp nhất); xây dựng quy chế làm việc, mối quan hệ công tác của Đảng ủy Bộ sau sắp xếp tổ chức của Bộ theo yêu cầu Ban Chỉ đạo Trung ương, Ban Chỉ đạo của Chính phủ và hướng dẫn của cơ quan có thẩm quyền.
Vụ chủ trì, phối hợp với Văn phòng Ban cán sự đảng và các cơ quan có liên quan khẩn trương hoàn thiện dự thảo Báo cáo tổng kết việc thực hiện Nghị quyết số 18-NQ/TW của Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn để tổ chức lấy ý kiến cán bộ chủ chốt của Bộ; tổng hợp, báo cáo Ban Chỉ đạo, Ban cán sự đảng Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn để trình Ban Chỉ đạo Trung ương, Ban Chỉ đạo của Chính phủ. Thời hạn hoàn thành trước ngày 15/12/2024.
Vụ chủ trì, phối hợp với Bộ Tài nguyên và Môi trường và các cơ quan, tổ chức có liên quan xây dựng Đề án hợp nhất Bộ Tài nguyên và Môi trường và Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn; xây dựng hồ sơ dự thảo Nghị định quy định chức năng, nhiệm vụ quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Bộ mới, bảo đảm phù hợp với yêu cầu của Ban Chỉ đạo Trung ương, Ban Chỉ đạo của Chính phủ; hoàn thành trước ngày 15/12/2024.
Vụ cũng chủ trì, phối hợp với các cơ quan, đơn vị liên quan tiến hành rà soát, đánh giả thực trạng đội ngũ cán bộ lãnh đạo, quản lý thuộc thẩm quyền quyết định về chủ trương của Ban cán sự đảng, Bộ trưởng để tham mưu, xây dựng phương án sắp xếp, bố trí cán bộ đồng bộ với việc sắp xếp, kiện toàn tổ chức bộ máy của Bộ, của các cơ quan, tổ chức, đơn vị trực thuộc Bộ.
Các đơn vị không thuộc diện sắp xếp, sáp nhập, tổ chức lại: chủ động rà soát, xây dựng Đề án sắp xếp, cơ cấu lại và giảm tổ chức bên trong để thực hiện chức năng, nhiệm vụ được giao, bảo đảm tinh gọn, hoạt động hiệu lực, hiệu quả theo yêu cầu của Ban Chỉ đạo Trung ương và Ban Chỉ đạo của Chính phủ. Dự thảo Quyết định quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của đơn vị, hoàn thành trước ngày 15/12/2024.
Các đơn vị thuộc diện sắp xếp, sáp nhập, tổ chức lại: chủ trì, phối hợp với các đơn vị liên quan thuộc Bộ Tài nguyên và Môi trường xây dựng Đề án hợp nhất; sắp xếp, cơ cấu lại, giảm mạnh tổ chức bên trong để thực hiện chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn sau khi hợp nhất (kèm theo Dự thảo chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức mới). Thời hạn hoàn thành các Đề án theo phương án hợp nhất trước ngày 13/12/2024.
Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn cũng tạm dừng việc tuyển dụng, tiếp nhận công chức, viên chức; bổ nhiệm, cán bộ, công chức, viên chức giữ chức vụ cao hơn hoặc cho chủ trương kiện toàn các chức danh lãnh đạo, quản lý của Bộ và các đơn vị thuộc Bộ kể từ ngày 01/12/2024 đến khi hoàn thành việc sắp xếp tổ chức bộ máy của cơ quan, tổ chức, đơn vị và của Bộ.