Báo cáo của Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn cho thấy, tính đến ngày 31/12/2016 có tổng số 75 đơn vị trực thuộc Bộ, tăng 5 đơn vị so với nhiệm vụ giai đoạn 2011-2013.
Về cơ bản, Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn đã cơ bản bố trí số lượng biên chế phù hợp, đáp ứng nhân lực để thực hiện nhiệm vụ được giao.
Tuy vậy, một số lĩnh vực chưa được bố trí biên chế đủ yêu cầu, cần được tăng cường là kiểm ngư, thú ý, bảo vệ thực vật, kiểm lâm. Mô hình quản lý đa ngành, đa lĩnh vực tạo sự gắn kết chặt chẽ hơn trong việc tập trung hoặc chia sẻ nguồn nhân lực, góp phần thực hiện nhiệm vụ sản xuất.
Thứ trưởng Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn Hà Công Tuấn đánh giá việc phân định chức năng, nhiệm vụ và quyền hạn giữa các Bộ còn một số lĩnh vực thiếu rõ ràng, chồng chéo giữa các Bộ như trong quản lý tài nguyên nước, an toàn thực phẩm, đa dạng sinh học, làng nghề, thương mại nông sản hoặc còn thiếu cơ chế phối hợp liên ngành hiệu quả để khắc phục các chồng chéo.
Nguyên nhân được chỉ ra là do chức năng, nhiệm vụ của từng Bộ ngoài sự điều chỉnh của Luật tổ chức Chính phủ còn chịu sự điều chỉnh bởi văn bản pháp luật chuyên ngành. Bộ nhận định một số chuyên ngành còn yếu so với yêu cầu, nhiệm vụ trong tình hình mới, nhất là về đổi mới nông lâm trường quốc doanh, phát triển kinh tế hợp tác, thương mại và xúc tiến thương mại nông sản, quản lý chất lượng, thú y, bảo vệ thực vật, quản lý môi trường. Tổ chức bộ máy ở cơ sở vừa thiếu về số lượng vừa yếu về chất lượng và thiếu nguồn nhân lực, nhất là đối với đội ngũ công chức, kỹ thuật viên cấp xã.
Bộ đề nghị Chính phủ và phối hợp với các bộ liên ngành rà soát các văn bản pháp luật chuyên ngành, bảo đảm tính thống nhất, đồng bộ để khắc phục tình trạng chồng lấn chức năng, nhiệm vụ của các bộ, ngành về quản lý tài nguyên nước và thủy lợi, đa dạng sinh học, thương mại nông sản, quản lý vật tư nông nghiệp và an toàn thực phẩm. Về cơ chế quản lý, điều hành, khẩn trương thành lập và vận hành thống suốt Tổng cục Phòng, Chống thiên tai; thực hiện đồng bộ các nhiệm vụ theo Nghị định số 15 quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn...
Trên cơ sở đồng tình với nhiều nội dung của Báo cáo, nhiều ý kiến trong Đoàn giám sát đề nghị Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn cần đánh giá cụ thể hơn về nội dung liên quan tới ban hành và tổ chức thực hiện văn bản về cải cách tổ chức bộ máy hành chính nhà nước ở Bộ, chỉ rõ những văn bản bất cập, mâu thuẫn, ảnh hưởng tới tổ chức bộ máy.
Qua thực tế cho thấy vẫn còn sự giao thoa nhiệm vụ giữa các bộ, ngành, phân công nhiệm vụ trong nội bộ của Bộ còn cắt khúc, ở một số lĩnh vực chưa phân công theo chuỗi, một số ý kiến đề nghị Bộ làm rõ hơn về nội dung này và các giải pháp khắc phục cụ thể.
Các ý kiến cũng đánh giá Báo cáo của Bộ chưa làm rõ được các chỉ tiêu, yêu cầu về kết quả phải đạt được trong cải cách tổ chức bộ máy theo quy định của Đảng, pháp luật hoặc kế hoạch do Bộ đề ra; chưa đánh giá rõ ràng về việc tổ chức bộ máy hành chính đã đáp ứng yêu cầu gọn nhẹ, hoạt động hiệu lực, hiệu quả hay chưa, đặc biệt là tại các đơn vị sự nghiệp công lập.
Thành viên Đoàn giám sát Nguyễn Thị Kim Thúy đề nghị Bộ cho biết về việc đổi mới phương thức làm việc, áp dụng công nghệ thông tin trong hoạt động của Bộ đã đạt được kết quả thế nào, có giúp giảm bớt biên chế, đầu mối cơ quan, đơn vị hay không.
Nhiều ý kiến cho rằng những đánh giá kết quả thực hiện chính sách, pháp luật về cải cách tổ chức bộ máy hành chính nhà nước thể hiện trong Báo cáo tương đối cụ thể nhưng thiếu tính toàn diện, bao quát; chưa chỉ ra những kết quả có tính khái quát, đánh giá mức độ hoàn thành trong việc thực hiện chính sách, pháp luật về cải cách tổ chức bộ máy hành chính nhà nước tại Bộ; chưa làm rõ những nguyên nhân chủ quan, khách quan, chưa làm rõ trách nhiệm của tập thể và cá nhân trong những tồn tại, hạn chế đó...