Trong công tác chuẩn bị quy hoạch, vấn đề đặt ra trước mắt cho địa phương phải di dời 47 hộ dân sống quanh hồ Long Trì (chân núi Thầy) đến khu tái định cư mới, đảm bảo các vành đai bảo vệ theo quy định cho di tích. Ông Đỗ Lai Luật, Phó Chủ tịch UBND huyện Quốc Oai khẳng định, mặc dù việc di chuyển các hộ dân có nhiều khó khăn song huyện đảm bảo di chuyển thành công.
Khu vực tái định cư được bố trí cạnh đường giao thông, đối diện với các khu quy hoạch dịch vụ, chuẩn bị tốt các điều kiện để người dân chuyển ra. Hiện tại, huyện đang chuẩn bị cơ sở hạ tầng khu vực tái định cư, sau đó sẽ tiến hành họp dân để tuyên truyền, vận động. Qua thực hiện thăm dò ý kiến nhân dân, đa phần người dân đều ủng hộ chủ trương di chuyển để quy hoạch di tích.
Sau khi di chuyển các hộ dân, việc tổ chức lễ hội chùa Thầy (diễn ra từ ngày 5 - 7/3 âm lịch hàng năm) tại khu vực này với nhiều nghi thức đặc sắc trong phần lễ sẽ thuận lợi. Cùng với việc di chuyển các hộ dân, huyện Quốc Oai cũng đưa phần hội cùng các dịch vụ, bãi đỗ xe ra ngoài di tích, đảm bảo giữ gìn nguyên vẹn hạ tầng và không gian linh thiêng của di tích.
Ranh giới nghiên cứu lập quy hoạch tổng thể di tích rộng khoảng 100 ha, trong đó diện tích vùng lõi di tích rộng 33,34 ha; diện tích mở rộng tới 66,66 ha. Không gian kiến trúc cảnh phân thành 3 không gian: không gian văn hóa lễ hội và tâm linh; không gian văn hóa, sinh thái; không gian phụ trợ.
Theo định hướng quy hoạch, khu vực này sẽ mở đường giao thông Bắc - Nam khu đô thị Quốc Oai, từ Đại lộ Thăng Long về chùa Thầy rộng 42 mét và mở đường dẫn từ đường vành đai du lịch về chùa Long Đẩu, giải quyết vấn đề giao thông vào chùa Thầy vốn đang bức bách hiện nay. Khu di tích chùa Thầy được xếp hạng Di tích quốc gia năm 1962 và đến năm 2014 được Thủ tướng Chính phủ công nhận Di tích quốc gia đặc biệt.
Hàng năm, chùa Thầy thu hút từ 18 - 20 vạn lượt du khách thập phương đến tham quan, lễ Phật. Tuy vậy, do khu di tích chùa Thầy chưa có chỉ giới đường đỏ, chưa có quy chế quản lý xây dựng và cũng chưa có quy hoạch được phê duyệt nên nhiều hộ dân đã xây nhà ở xen lẫn vào khu di tích và dưới chân núi Thầy, môi trường cảnh quan bị xâm hại, việc quản lý xây dựng và quản lý lễ hội gặp nhiều khó khăn.
Việc quy hoạch tổng thể Di tích quốc gia đặc biệt chùa Thầy và khu vực núi đá Sài Sơn sẽ góp phần gìn giữ tốt nhất nghệ thuật kiến trúc cũng như đảm bảo việc tu bổ, tôn tạo các công trình cốt lõi của di tích, tuân thủ đúng Luật Di sản văn hóa.