Theo UBND TP Hồ Chí Minh, vi phạm của ông Lê Tấn Hùng kéo dài, thiếu trách nhiệm khắc phục hậu quả, không đủ phẩm chất để tiếp tục lãnh đạo, điều hành Tổng Công ty Sagri.
Trước đó, Thanh tra TP Hồ Chí Minh có Kết luận thanh tra số /KL-TTTP-P6, chỉ ra nhiều sai phạm tại Sagri trong thời kỳ ông Lê Tấn Hùng lãnh đạo. Theo đó, Tổng Công ty Sagri đã dùng gần 8 tỷ đồng để thuê mặt bằng 123 Trương Định, Quận 3 làm văn phòng làm việc của Tổng công ty và các công ty thành viên chưa đúng với quy định. Tổng Công ty Sagri và các đơn vị thành viên đang quản lý và sử dụng 46 mặt bằng, nhà đất; trong đó có 11 mặt bằng, nhà đất được hợp tác kinh doanh khai thác, giữ hộ hàng hóa nhưng thực chất là cho thuê lại một phần hoặc toàn bộ diện tích.
Từ năm 2003, nông trường Phạm Văn Cội (thuộc Công ty Trách nhiệm hữu hạn một thành viên Bò sữa thành phố, thành viên của Tổng Công ty Sagri) ký hợp đồng gia công trồng hoa, cây cảnh xuất khẩu với Công ty Cổ phần Phong Lan với diện tích 5 ha, thời hạn hợp đồng 25 năm. Tuy nhiên từ năm 2011, Công ty Phong Lan không thực hiện nghĩa vụ tài chính với Công ty Trách nhiệm hữu hạn một thành viên Bò sữa thành phố mà tự ý giao phần đất này cho Công ty Cổ phần thương mại Nông lâm nghiệp Bình Minh 2 sử dụng.
Tổng Công ty Sagri được thành phố giao quản lý nhiều quỹ đất nhưng sử dụng, khai thác không hiệu quả, dẫn đến việc thay đổi chủ đầu tư như tại dự án, tự ý cho thuê đất sai quy định, không báo cáo Thường trực UBND TP Hồ Chí Minh. Công ty Trách nhiệm hữu hạn một thành viên Bò sữa thành phố được thành phố giao đất nhưng cho cán bộ, công nhân viên mượn để trồng cỏ mà không có hồ sơ pháp lý liên quan với diện tích lên tới 27 ha. Sau đó, 15 hộ nhận khoán đã tự ý sang nhượng cho 103 hộ. Hiện nay, tổng diện tích đất của Công ty Trách nhiệm hữu hạn một thành viên Bò sữa thành phố đang bị các hộ dân tranh chấp, lấn chiếm là hơn 212.000 m2, để rồi chính công ty đang giải quyết tranh chấp với hộ dân ngay trên phần đất được thành phố giao quản lý.
Ngoài ra, ông Lê Tấn Hùng đã ký khống, chi khống 13 tỷ đồng cho hàng chục cán bộ, người lao động học tập nước ngoài.