Trong thời gian chuyến thăm, đoàn đã tiếp kiến Giáo hoàng Francis, chào xã giao Thủ tướng Tòa thánh Hồng y Pietro Parolin và Bộ trưởng Ngoại giao Paul Gallagher, làm việc với phái đoàn Tòa thánh do Thứ trưởng Ngoại giao Antoine Camilleri dẫn đầu trong khuôn khổ Nhóm Công tác hỗn hợp Việt Nam - Vatican.
Tại các cuộc gặp, hai bên đã trao đổi sâu rộng về quan hệ giữa Việt Nam và Tòa thánh Vatican, trong đó có các vấn đề liên quan Giáo hội Công giáo Việt Nam. Hai bên đánh giá quan hệ Việt Nam và Vatican đang phát triển tích cực với việc duy trì tiếp xúc thường xuyên ở nhiều cấp, đặc biệt là các cuộc gặp gỡ, tiếp xúc của lãnh đạo cấp cao hai bên.
Tại các cuộc gặp, Thứ trưởng Bộ Ngoại giao Tô Anh Dũng khẳng định Đảng và Nhà nước Việt Nam luôn thực hiện nhất quán và không ngừng hoàn thiện hệ thống pháp luật, chính sách tôn trọng và bảo đảm tự do tín ngưỡng, tôn giáo của người dân; quan tâm các nhu cầu của cộng đồng Công giáo; khuyến khích và tiếp tục tạo điều kiện cho Giáo hội Công giáo Việt Nam tham gia xây dựng đất nước.
Giáo hoàng Francis hoan nghênh chuyến thăm của đoàn công tác liên ngành Việt Nam, góp phần tăng cường hiểu biết lẫn nhau, thúc đẩy quan hệ giữa hai bên. Giáo hoàng nhắc lại tình cảm, sự khâm phục đối với cuộc đấu tranh giành độc lập dân tộc trước đây cũng như công cuộc phát triển đất nước của nhân dân Việt Nam hiện nay, mong muốn quan hệ giữa Việt Nam và Tòa thánh Vatican tiếp tục được thúc đẩy trên cơ sở hợp tác, đối thoại và tôn trọng lẫn nhau.
Thủ tướng Pietro Parolin và Bộ trưởng Ngoại giao Paul Gallagher cảm ơn Chính phủ và chính quyền các cấp Việt Nam luôn quan tâm các nhu cầu của Giáo hội Công giáo Việt Nam, tạo thuận lợi cho việc thực hành tôn giáo và tổ chức các sự kiện tôn giáo quan trọng. Tòa thánh khẳng định mong muốn cộng đồng Công giáo Việt Nam tiếp tục đóng góp tích cực vào công cuộc phát triển đất nước và chấp hành tốt các quy định pháp luật Việt Nam.
Hai bên trao đổi về tình hình tại các giáo phận và thống nhất việc bổ nhiệm một số giám mục, nhấn mạnh huấn thị của Giáo hoàng “Người Công giáo Việt Nam phải là người công dân tốt”, người Công giáo Việt Nam luôn đồng hành cùng dân tộc để xây dựng đất nước, tôn trọng và chấp hành pháp luật Việt Nam.
Hai bên đã thống nhất các nguyên tắc và nội dung cơ bản liên quan Quy chế hoạt động của Đặc phái viên thường trú của Tòa thánh và Văn phòng Đặc phái viên thường trú tại Việt Nam để có thể sớm chính thức triển khai trong thời gian tới, đồng thời nhất trí tăng cường các cơ chế trao đổi trên cơ sở các nguyên tắc đã thỏa thuận và tinh thần đối thoại, tin cậy và hiểu biết lẫn nhau, cùng nỗ lực thúc đẩy hơn nữa tiếp xúc các cấp, đặc biệt là cấp cao giữa hai bên trong thời gian tới.