Tại cuộc họp, hai Bộ trưởng đã tập trung đánh giá những kết quả đạt được trong triển khai Chương trình hành động giai đoạn 2017-2019 trên tất cả các lĩnh vực; thảo luận các phương hướng, trọng tâm hợp tác thời gian tới nhằm góp phần đưa quan hệ Đối tác chiến lược Việt Nam - Malaysia phát triển sâu rộng và thực chất hơn.
Hai bên nhất trí đánh giá, quan hệ Đối tác chiến lược Việt Nam - Malaysia ngày càng gắn kết và phát triển trên các lĩnh vực. Các chuyến thăm, tiếp xúc cấp cao và các cấp cũng như giao lưu nhân dân được duy trì, góp phần gia tăng hiểu biết và tin cậy chính trị giữa hai nước. Hợp tác kinh tế, thương mại và đầu tư đạt kết quả tích cực khi Malaysia luôn nằm trong nhóm các đối tác thương mại, đầu tư lớn của Việt Nam… Đặc biệt, trong 9 tháng của năm 2021, mặc dù bị ảnh hưởng bởi dịch bệnh, kim ngạch thương mại hai chiều vẫn đạt hơn 9 tỷ USD (tăng 24,3% so với cùng kỳ năm 2020). Hợp tác trên các lĩnh vực quan trọng khác như quốc phòng - an ninh, giáo dục và đào tạo, văn hóa, du lịch, lao động… tiếp tục phát triển tốt đẹp.
Trên cơ sở đó, hai bên nhất trí thông qua Chương trình hành động triển khai quan hệ Đối tác chiến lược giai đoạn 2021-2025 với các định hướng lớn nhằm khai thác hiệu quả các tiềm năng và thế mạnh của mỗi nước, hướng tới cùng phục hồi và phát triển tự cường, bền vững trong giai đoạn hậu đại dịch COVID-19.
Hai Bộ trưởng khẳng định sẽ hợp tác chặt chẽ nhằm thúc đẩy trao đổi đoàn cấp cao và các cấp, các cơ chế hợp tác song phương quan trọng, thúc đẩy các văn bản thỏa thuận trên các lĩnh vực cụ thể nhằm góp phần tháo gỡ khó khăn, phấn đấu đưa kim ngạch thương mại giữa hai nước đạt mục tiêu 18 tỷ USD vào năm 2025; sớm công nhận lẫn nhau về hộ chiếu vaccine, tạo thuận lợi cho xuất nhập cảnh của công dân hai nước; mở rộng hợp tác, đầu tư sang các lĩnh vực quan trọng của thời đại công nghệ như chuyển đổi số, kinh tế số, an ninh mạng, đổi mới sáng tạo, năng lượng tái tạo…
Bộ trưởng Bùi Thanh Sơn đề nghị Malaysia tạo thuận lợi cho doanh nghiệp Việt Nam xuất khẩu sang thị trường Malaysia các mặt hàng nông thủy sản thế mạnh của Việt Nam như gạo, cà phê, rau quả…; hỗ trợ Việt Nam phát triển ngành công nghiệp thực phẩm Halal. Hai bên tạo thuận lợi cho doanh nghiệp nối lại các hợp tác bị gián đoạn do ảnh hưởng của đại dịch ngay khi tình hình cho phép như: Mở cửa lại du lịch nội địa và quốc tế, nối lại đường bay, tăng số lượng và đơn giản hóa các thủ tục tiếp nhận lao động Việt Nam tại Malaysia.
Bộ trưởng Ngoại giao Saifuddin Abdullah khẳng định, Malaysia rất coi trọng và mong muốn thúc đẩy hiệu quả quan hệ giữa hai nước bởi Việt Nam là Đối tác chiến lược duy nhất của Malaysia trong ASEAN. Bộ trưởng Ngoại giao Malaysia nhất trí với các đánh giá và đề xuất của phía Việt Nam; đề nghị các bộ, ngành hữu quan hai nước sớm trao đổi về chương trình thiết thực kỷ niệm 50 năm thiết lập quan hệ ngoại giao giữa hai nước vào năm 2023.
Bộ trưởng Saifuddin Abdullah bày tỏ sẵn sàng hợp tác với Việt Nam trong phát triển ngành công nghiệp thực phẩm Halal; đề nghị Việt Nam tăng cường nhập khẩu dầu cọ từ Malaysia; tạo điều kiện cho Malaysia mở các cơ sở giáo dục đào tạo quốc tế tại Việt Nam.
Hai bên nhất trí tăng cường ủng hộ lẫn nhau, phối hợp chặt chẽ tại các diễn đàn quốc tế và khu vực, đặc biệt tại Liên hợp quốc, ASEAN và các cơ chế do ASEAN dẫn dắt…; tận dụng các cơ hội và lợi ích của các Hiệp định thương mại tự do thế hệ mới, trong đó có Hiệp định Đối tác kinh tế toàn diện khu vực (RCEP), Hiệp định Đối tác toàn diện và tiến bộ xuyên Thái Bình Dương (CPTPP).
Hai Bộ trưởng trao đổi về các vấn đề khu vực và quốc tế cùng quan tâm. Về vấn đề Biển Đông, hai bên nhấn mạnh tầm quan trọng của việc duy trì hòa bình, ổn định, an ninh, an toàn và tự do hàng hải và hàng không ở Biển Đông, giải quyết tranh chấp bằng các biện pháp hòa bình trên cơ sở luật pháp quốc tế, trong đó có Công ước Liên hợp quốc về Luật Biển 1982 (UNCLOS 1982); ủng hộ việc thực hiện nghiêm túc, đầy đủ Tuyên bố về ứng xử của các bên ở Biển Đông (DOC), đàm phán nhằm đạt được một Bộ Quy tắc ứng xử ở Biển Đông (COC) hiệu lực, thực chất, phù hợp với luật pháp quốc tế, trong đó có UNCLOS 1982.
Kết thúc kỳ họp, hai Bộ trưởng Ngoại giao đã cùng ký Biên bản thỏa thuận kỳ họp lần thứ 6 Ủy ban hỗn hợp về hợp tác kinh tế, khoa học và kỹ thuật. Hai bên nhất trí tổ chức kỳ họp lần thứ 7 của cơ chế này vào thời điểm thuận tiện với cả hai bên, tại Việt Nam.