Theo đó, hai cán bộ mắc sai phạm trong quá trình giữ chức vụ lãnh đạo tại Vườn Quốc gia Mũi Cà Mau bị kỷ luật bằng hình thức cách chức và cảnh cáo (theo Quyết định số 1772 và 1773/QĐ-UBND, ngày 16/10/2019 của Chủ tịch UBND tỉnh).
Theo đó, Chủ tịch UBND tỉnh Cà Mau đã ký quyết định kỷ luật cách chức Phó trưởng Ban chuyên trách Ban Quản lý Khu dự trữ sinh quyển Mũi Cà Mau đối với ông Phan Quốc Khải (nguyên Giám đốc Vườn Quốc gia Mũi Cà Mau). Ông Phan Quốc Khải bị kỷ luật vì trong thời gian giữ chức vụ Giám đốc Vườn Quốc gia Mũi Cà Mau đã thiếu tinh thần trách nhiệm, buông lỏng quản lý để xảy ra nhiều thiếu sót, vi phạm trong công tác thu, chi tài chính và phòng, chống tham nhũng. Bên cạnh đó, ông này còn xây dựng quy chế chi tiêu nội bộ có nhiều nội dung quy định chưa rõ ràng; chưa quy định công khai theo Luật Phòng, chống tham nhũng hoặc theo lĩnh vực có liên quan; trong quản lý tài chính, tài sản còn tùy tiện, chỉ đạo thực hiện cho thuê tài sản Nhà nước không đúng quy định.
Chủ tịch UBND tỉnh Cà Mau cũng ký quyết định kỷ luật cảnh cáo ông Lý Hồng Thao, hiện là Phó trưởng Phòng Quản lý bảo vệ rừng và Bảo tồn thiên nhiên, Chi cục Kiểm lâm tỉnh Cà Mau (nguyên Phó Giám đốc Vườn Quốc gia Mũi Cà Mau). Ông Thao bị kỷ luật vì trong quá trình giữ chức vụ Phó Giám đốc, được Giám đốc đơn vị giao quản lý, điều hành, thực hiện các công việc liên quan đến phương án nuôi sò huyết và các chứng từ liên quan khác nhưng đã thiếu tinh thần trách nhiệm, quản lý lỏng lẻo, không lập hồ sơ chứng từ trong quá trình quản lý phương án nuôi sò, không thanh lý từng vụ nuôi.
Trước đó, Thanh tra tỉnh Cà Mau đã có kết luận nhiều sai phạm xảy ra tại Vườn Quốc gia Mũi Cà Mau và chuyển hồ sơ sang Cơ quan công an. Theo Kết luận thanh tra, về quản lý đầu tư xây dựng cơ bản đã xảy ra sai phạm khối lượng tại 5 hạng mục công trình với số tiền trên 80 triệu đồng. Ngoài ra, thực hiện phương án mở rộng nuôi sò huyết 400 ha có 14 tổ chức và cá nhân phối hợp nhưng Vườn Quốc gia Mũi Cà Mau chỉ ký 12 hợp đồng với 12 tổ chức và cá nhân, còn hai tổ chức không ký hợp đồng là xã Lâm Hải, xã Nguyễn Việt Khái. Theo hợp đồng, chi phí quản lý phương án các đối tác phải nộp cho Vườn Quốc gia Mũi Cà Mau trong một năm nuôi sò là 1.395.000 đồng/ha. Với 340 ha đã ký theo hợp đồng, số tiền phải thu là 502,2 triệu đồng/năm nhưng chỉ thu 95 triệu đồng, làm thất thu 407,2 triệu đồng (năm 2016 - 2017).
Ngoài ra, Vườn Quốc gia Mũi Cà Mau không mở sổ theo dõi tài sản cố định, công cụ, dụng cụ tại nơi sử dụng, báo cáo tài sản nhà nước của đơn vị trực tiếp sử dụng, báo cáo hao mòn, bảng tính hao mòn tài sản cố định, việc cho thuê máy đào và sà lan nên khi hết hạn hợp đồng cho thuê đã không thanh lý hợp đồng thu hồi tài sản mà vẫn để cho bên thuê tài sản tiếp tục sử dụng dẫn đến mất mát, hư hỏng tài sản…
Trong niên độ thanh tra từ năm 2016 đến năm 2018, Vườn Quốc gia Mũi Cà Mau có các khoản thu để ngoài sổ sách kế toán, lập quỹ trái phép là 436.550.500 đồng. Trong thông báo kết luận của Thanh tra Cà Mau cũng nêu, khi kết thúc thanh tra, số liệu lập quỹ trái phép không thay đổi; phát hiện thêm trong số tiền thanh toán khống nhiên liệu hơn 4,8 tỉ đồng.
Thanh tra tỉnh Cà Mau chuyển hồ sơ vụ việc có dấu hiệu tội phạm sang Cơ quan Cảnh sát điều tra, Công an tỉnh Cà Mau để xử lý theo quy định của pháp luật gồm ba nội dung: lập quỹ trái phép, thanh toán tiền nhiên liệu khống từ nguồn kinh phí bảo vệ rừng và thanh toán tiền nhiên liệu khống từ nguồn kinh phí xử phạt vi phạm hành chính.
Hiện Công an tỉnh Cà Mau đã khởi tố vụ án tham ô tài sản xảy ra tại Vườn Quốc gia Mũi Cà Mau và đang tiếp tục điều tra, làm rõ theo quy định của pháp luật.