Tỉnh Phú Yên khuyến cáo di dời người dân và tài sản từ vùng trũng thấp đến nơi an toàn.
Hiện nay, lũ trên sông Kỳ Lộ đang lên nhanh, với mực nước tại trạm Xuân Quang lúc 15 giờ là 30,8 m, tại trạm Hà Bằng là 9,41 m dưới báo động 3 là 0,09 m. Nước lũ trên sông Bàn Thạch tại trạm Hòa Mỹ Tây là 13,2 m dưới báo động 3 là 0,3 m. Trên Sông Ba, mực nước tại trạm Củng Sơn là 31,61 m dưới báo động hai là 0,39 m; tại trạm Phú Lâm là 1,62 m dưới báo động một là 0,08 m.
Dự báo, trong 6 đến 12 giờ tới, lũ tiếp tục lên nhanh, đỉnh lũ lại trạm Hà Bằng (sông Kỳ Lộ) có khả năng đạt 10,5 m, trên báo động 3 là 1 m. Nước lũ trên sông Kỳ Lộ có khả năng gây ngập lụt sâu phổ biến từ 1,5 - 2,5 m. Cảnh báo mức độ rủi ro thiên tai là cấp 2. Tại mực nước ở trạm Củng Sơn (Sông Ba) đạt 32,5 m trên cấp báo động 2 là 0,5 m, tại trạm Phú Lâm đạt mức 2,7 m, ở mức báo động 2. Nhà máy thủy điện Sông Ba Hạ cũng đã chạy máy và xả qua đập với tổng lượng về hạ lưu là 2.500 m3/s.
Tỉnh Phú Yên đang tập trung di dời người dân và tài sản tại các vùng xung yếu, trũng thấp đến nơi an toàn, tổ chức cắm biển cấm, cảnh báo, cắt cử lực lượng hướng dẫn người dân qua khu vực ngập nước an toàn, nhằm giảm xuống mức thấp nhất thiệt hại do mưa, lũ gây ra.
Do ảnh hưởng của bão số 12, tại Phú Yên có 1 người mất tích do lũ cuốn và 1 người bị thương.