Nghị định này bổ sung thêm nội dung quy định số lượng và thời điểm lập báo cáo đánh giá tác động môi trường vào Điều 14 Nghị định 18/2015/NĐ-CP. Cụ thể, một dự án đầu tư chỉ lập một báo cáo đánh giá tác động môi trường.
Chủ dự án trình cơ quan Nhà nước có thẩm quyền thẩm định báo cáo đánh giá tác động môi trường trước các thời điểm sau đây: dự án khai thác khoáng sản trình trước khi cơ quan có thẩm quyền thẩm định để cấp, điều chỉnh giấy phép khai thác khoáng sản. Dự án thăm dò, khai thác dầu khí trình trước khi cơ quan có thẩm quyền thẩm định, phê duyệt kế hoạch thăm dò, kế hoạch phát triển mỏ. Dự án đầu tư xây dựng, trình trước khi cơ quan có thẩm quyền thẩm định báo cáo nghiên cứu khả thi, báo cáo kinh tế - kỹ thuật hoặc thiết kế cơ sở, thiết kế bản vẽ thi công (trường hợp dự án chỉ yêu cầu thiết kế một bước). Trường hợp dự án có cùng một cơ quan thẩm định báo cáo đánh giá tác động môi trường và thẩm định thiết kế cơ sở hoặc thiết kế bản vẽ thi công, các hồ sơ nêu trên được trình đồng thời để thẩm định theo quy định. Các dự án khác không thuộc đối tượng quy định trên, trình trước khi quyết định đầu tư dự án.
Bên cạnh đó, Nghị định 40/2019/NĐ-CP nêu rõ hơn về thẩm quyền thẩm định báo cáo đánh giá tác động môi trường. Theo đó, Bộ Tài nguyên và Môi trường sẽ tổ chức thẩm định, phê duyệt báo cáo đánh giá tác động môi trường của các dự án quy định Phụ lục III Mục I ban hành kèm theo Nghị định 40/2019/NĐ-CP, trừ các dự án thuộc bí mật quốc gia, an ninh.
Bộ, cơ quan ngang bộ tổ chức thẩm định, phê duyệt báo cáo đánh giá tác động môi trường của các dự án thuộc thẩm quyền quyết định phê duyệt đầu tư của mình, trừ các dự án thuộc Phục lục III Mục I ban hành kèm theo Nghị định 40/2019/NĐ-CP. Trường hợp bộ, cơ quan ngang bộ không có cơ quan chuyên môn về môi trường để thẩm định báo cáo đánh giá tác động môi trường thì bộ, cơ quan ngang bộ gửi văn bản tới Bộ Tài nguyên và Môi trường và UBND cấp tỉnh nơi thực hiện dự án để lấy ý kiến trước khi xem xét, phê duyệt báo cáo đánh giá tác động môi trường.
Bộ Quốc phòng, Bộ Công an tổ chức thẩm định, phê duyệt báo cáo đánh giá tác động môi trường của các dự án thuộc bí mật quốc phòng, an ninh và các dự án thuộc thẩm quyền quyết định phê duyệt đầu tư của mình, trừ các dự án thuộc Phụ lục III Mục I ban hành kèm theo Nghị định 40/2019/NĐ-CP.
UBND cấp tỉnh tổ chức thẩm định, phê duyệt báo cáo đánh giá tác động môi trường của các dự án đầu tư trên địa bàn không thuộc đối tượng được các cơ quan chức năng trên thẩm định.