Theo quy hoạch phát triển ngành y tế đến năm 2025 và tầm nhìn đến năm 2030, ngành y tế sẽ thành lập Trung tâm Phòng ngừa và kiểm soát bệnh tật Trung ương trên cơ sở sáp nhập các cục phụ trách công tác chuyên môn trong khối y tế dự phòng thành một đơn vị, góp phần giảm từ 3-4 đơn vị như hiện nay còn 1 đơn vị.
Bên cạnh đó, ngành y tế cũng sẽ hướng tới thành lập đơn vị kiểm soát dược, thực phẩm và thiết bị y tế trung ương trên cơ sở các đơn vị làm nhiệm vụ kiểm nghiệm, kiểm định, kiểm chuẩn, góp phần giảm từ 3 đơn vị như hiện nay còn 1 đơn vị. Khối các đơn vị quản lý khám chữa bệnh có cùng chức năng, nhiệm vụ tương đồng sẽ được xem xét thành 1 đơn vị thực hiện nhiệm vụ này.
Bộ Y tế đang quản lý 82 đơn vị sự nghiệp, trong đó 21 đơn vị là các bệnh viện, đã tự chủ toàn bộ kinh phí thường xuyên. Thời gian tới, Bộ sẽ rà soát, chuyển giao các bệnh viện đa khoa, chuyên khoa trung ương đóng trên địa bàn các tỉnh về UBND tỉnh quản lý. Bộ chỉ quản lý một số bệnh viện đầu ngành là cơ sở thực hành của các trường đại học y dược và một số bệnh viện chuyên khoa đặc biệt, tiến tới chỉ quản lý trực tiếp khoảng 20 đơn vị sự nghiệp trực thuộc.
Tại tuyến tỉnh, ngành thực hiện mô hình Trung tâm Phòng ngừa và kiểm soát bệnh tật trên cơ sở sáp nhập các trung tâm có cùng chức năng. Hiện mỗi tỉnh, thành phố có từ 5-9 đơn vị trung tâm, nếu lấy trung bình mỗi tỉnh gồm 6 đơn vị trung tâm, sáp nhập thành 1 trung tâm, thì sẽ giảm tới 315 đầu mối là các đơn vị tuyến tỉnh, thành phố. Đồng thời, nhân lực của các trung tâm này cũng sẽ giảm khoảng 1.260 vị trí lãnh đạo (1 cấp trưởng, 3 cấp phó). Cứ tính bình quân, số lượng nhân lực này mỗi tháng ngân sách chi trả 6 triệu đồng, thì mỗi năm tiết kiệm cho ngân sách nhà nước gần 91 tỷ đồng.
Về biên chế, hiện có khoảng 17.000 viên chức sự nghiệp đang làm việc tại y tế tuyến tỉnh, trong đó nhân lực hành chính có khoảng 3.400 người. Số người làm việc được xác định trên cơ sở vị trí việc làm (theo Luật Viên chức) dự kiến sẽ giảm khoảng 2.140 người (chủ yếu là làm công việc hành chính như lái xe, thủ quỹ, văn thư, kế toán...) tiết kiệm hơn 154 tỷ đồng/năm cho ngân sách nhà nước.
Theo số liệu tổng hợp đến cuối năm 2017, đã có 52/63 tỉnh, thành phố đã quy định thực hiện trung tâm kiểm soát bệnh tật.
Đối với tuyến huyện, thống nhất mô hình trung tâm y tế huyện thực hiện chức năng về y tế dự phòng, khám bệnh, chữa bệnh, phục hồi chức năng, các phòng khám đa khoa khu vực, nhà hộ sinh (nếu có) và các trạm y tế xã, phường, thị trấn trên địa bàn huyện là đơn vị y tế thuộc trung tâm y tế huyện.
Hiện cả nước có 713 huyện, quận, nếu sáp nhập thành 1 trung tâm y tế hai chức năng, khi đó sẽ thu gọn lại 713 đầu mối đơn vị.
Theo báo cáo từ các địa phương, tính đến cuối năm 2017 đã có 413/713 đơn vị cấp huyện của 44 tỉnh, thành phố tổ chức hợp nhất trung tâm y tế huyện và bệnh viện đa khoa huyện thành trung tâm y tế huyện thực hiện chức năng, nhiệm vụ theo hướng dẫn của Bộ Y tế.
Bên cạnh việc xắp xếp các đơn vị, Bộ Y tế cũng đề xuất phương án nhiều cơ sở dịch vụ khám, chữa bệnh chỉ ký hợp đồng theo nhu cầu chứ không cần tuyển biên chế. Nếu trong 5 năm, cán bộ đó làm tốt thì có thể hợp đồng đến suốt đời và được hưởng chế độ bảo hiểm xã hội…