Theo đó, các quỹ tài chính nhà nước ngoài ngân sách nhà nước được hình thành từ chủ trương phát triển kinh tế - xã hội của Đảng, Nhà nước và được cụ thể hóa bằng các văn bản quy phạm pháp luật. Việc thành lập và hoạt động của các quỹ tài chính nhà nước ngoài ngân sách nhà nước đã góp phần thúc đẩy xã hội hóa, huy động thêm nguồn lực tài chính trong và ngoài nước để thực hiện các mục tiêu phát triển kinh tế - xã hội của đất nước. Công tác thanh tra, kiểm tra, kiểm toán các quỹ tài chính nhà nước ngoài ngân sách nhà nước đã được quan tâm, góp phần chấn chỉnh các sai phạm và tăng cường hiệu quả trong việc quản lý, sử dụng của một số Quỹ.
Tuy nhiên, trong quá trình thực hiện, hệ thống pháp luật và việc quản lý, sử dụng các quỹ tài chính nhà nước ngoài ngân sách nhà nước cũng bộc lộ một số hạn chế, bất cập. Hệ thống pháp luật về quản lý, sử dụng các quỹ tài chính nhà nước ngoài ngân sách nhà nước quy định về nguồn tài chính hình thành, mô hình tổ chức, hoạt động của các quỹ còn phức tạp, thiếu thống nhất và chưa có một văn bản pháp luật mang tính khuôn khổ pháp lý chung để quản lý các quỹ một cách thống nhất. Nhiều văn bản quy phạm pháp luật về quản lý Quỹ chậm được ban hành hoặc chậm được sửa đổi, không phù hợp với thực tiễn, gây khó khăn trong việc quản lý, sử dụng ở một số Quỹ.
Bên cạnh đó, nguồn tài chính hình thành một số quỹ tài chính nhà nước ngoài ngân sách nhà nước chưa đảm bảo hoạt động độc lập với ngân sách nhà nước; nhiều Quỹ có nhiệm vụ chi trùng với nhiệm vụ chi của ngân sách nhà nước; dư nguồn lớn tại nhiều quỹ ở cả trung ương và địa phương; quy định về tỷ lệ thu, mức thu và chi thực hiện nhiệm vụ ở một số quỹ chưa hợp lý. Một số chức năng, nhiệm vụ của các quỹ còn trùng lặp, hiệu quả hoạt động chưa cao. Số lượng các quỹ tài chính nhà nước ngoài ngân sách nhà nước tại địa phương còn nhiều làm phát sinh chi phí quản lý và tổ chức biên chế; chi cho bộ máy quản lý còn chiếm tỷ trọng cao trong tổng chi của một số quỹ. Công tác thanh tra, kiểm tra, kiểm toán, giám sát việc thực hiện các quỹ tài chính nhà nước ngoài ngân sách nhà nước chưa được thường xuyên, việc đánh giá hiệu quả của các quỹ chưa đáp ứng được yêu cầu.
Những hạn chế, vướng mắc, bất cập nêu trên do nhiều nguyên nhân khách quan và chủ quan. Chủ trương hình thành các quỹ tài chính nhà nước ngoài ngân sách nhà nước là đúng đắn, song phạm vi, lĩnh vực, đối tượng áp dụng tại một số thời điểm chưa hợp lý, không bảo đảm cân đối giữa khả năng tài chính với chức năng, nhiệm vụ được thành lập. Việc tổ chức, triển khai thực hiện Luật chưa kịp thời; chậm sửa đổi những bất cập, hạn chế trong hệ thống pháp luật về quản lý, sử dụng các quỹ tài chính nhà nước ngoài ngân sách nhà nước; công tác kiểm tra, kiểm soát, giám sát việc ban hành các văn bản quy phạm pháp luật chưa được chú trọng; còn thiếu sự phối hợp giữa các bộ, ngành, địa phương. Một số quy định pháp luật chưa đảm bảo tính hợp lý, chặt chẽ, thiếu thống nhất, có lúc chậm được sửa đổi hoặc có những nội dung thường xuyên thay đổi gây khó khăn cho hoạt động của các quỹ tài chính nhà nước ngoài ngân sách nhà nước khi áp dụng văn bản pháp luật.
Do đó, Ủy ban Thường vụ Quốc hội yêu cầu trên cơ sở báo cáo của Đoàn giám sát của Ủy ban Thường vụ Quốc hội, Chính phủ thực hiện rà soát, đánh giá hiệu quả hoạt động của các quỹ tài chính nhà nước ngoài ngân sách nhà nước; xây dựng lộ trình cơ cấu lại, sáp nhập, dừng hoạt động hoặc giải thể đối với các quỹ thuộc thẩm quyền của Chính phủ hoạt động không hiệu quả, không đúng mục tiêu đề ra hoặc không còn phù hợp với tình hình kinh tế - xã hội, trùng lặp về mục tiêu, nhiệm vụ, đối tượng phục vụ hoặc không có khả năng độc lập về tài chính, trùng lặp nguồn thu, nhiệm vụ chi với ngân sách nhà nước; báo cáo Quốc hội xem, xét quyết định đối với các quỹ thuộc thẩm quyền của Quốc hội.
Chính phủ sớm nghiên cứu hình thành cơ sở pháp lý để thống nhất quản lý các quỹ tài chính nhà nước ngoài ngân sách nhà nước; chỉ đạo các bộ, ngành thực hiện rà soát lại các văn bản quy phạm pháp luật có liên quan trong quản lý, sử dụng các quỹ tài chính nhà nước ngoài ngân sách nhà nước để sửa đổi, bổ sung, bãi bỏ theo thẩm quyền hoặc trình cấp có thẩm quyền xem xét, quyết định nhằm đảm bảo đồng bộ, thống nhất và phù hợp với thực tế và hệ thống pháp luật. Đối với Quỹ Bảo hiểm xã hội, Quỹ Bảo hiểm y tế, Quỹ Bảo hiểm thất nghiệp, Chính phủ sớm nghiên cứu, sửa đổi, bổ sung và hoàn thiện hệ thống pháp luật có liên quan để bảo đảm phù hợp.
Chính phủ chỉ đạo các địa phương khẩn trương thực hiện rà soát, đánh giá hiệu quả hoạt động của các quỹ tài chính nhà nước ngoài ngân sách nhà nước do địa phương quản lý và xem xét, sáp nhập để giảm đầu mối. Đồng thời, tăng cường công tác quản lý, thanh tra, kiểm tra, kiểm toán và giám sát hoạt động của các quỹ tài chính nhà nước ngoài ngân sách nhà nước; xây dựng, kiện toàn bộ máy quản lý và nâng cao năng lực cán bộ nhằm quản lý, sử dụng nguồn lực của các quỹ có hiệu quả, đảm bảo công khai, minh bạch; chấn chỉnh các sai phạm và khẩn trương khắc phục các tồn tại, hạn chế thời gian qua.