Ủy ban sông Mê Công Việt Nam là tổ chức phối hợp liên ngành, giúp Thủ tướng Chính phủ chỉ đạo, quản lý các hoạt động liên ngành, liên tỉnh, liên quốc gia nhằm quản lý, sử dụng hiệu quả, bền vững tài nguyên nước, các tài nguyên liên quan trên Lưu vực sông Mê Công, bao gồm cả các Lưu vực sông Cửu Long và sông Sê San - Srêpốk của Việt Nam, theo quy định của Hiệp định Hợp tác phát triển bền vững Lưu vực sông Mê Công, Luật Tài nguyên nước, Luật Bảo vệ môi trường và các văn bản pháp luật có liên quan.
Ủy ban sông Mê Công Việt Nam có trụ sở tại số 23 Hàng Tre, thành phố Hà Nội và Văn phòng đại diện tại thành phố Hồ Chí Minh.
Ủy ban sông Mê Công Việt Nam có nhiệm vụ nghiên cứu, đề xuất với Thủ tướng Chính phủ phương hướng, giải pháp để giải quyết những vấn đề quan trọng, liên ngành, liên quốc gia trên Lưu vực sông Mê Công, bao gồm cả các Lưu vực sông Cửu Long và sông Sê San - Srêpốk của Việt Nam.
Bên cạnh đó, giúp Thủ tướng Chính phủ chỉ đạo, điều hòa, phối hợp giữa các bộ, ngành, địa phương, các tổ chức, đối tác quốc tế, khu vực, trong nước và các cá nhân có liên quan trong theo dõi, kiểm tra, giám sát việc thực hiện các hoạt động liên ngành trên Lưu vực sông Mê Công, bao gồm cả các Lưu vực sông Cửu Long và sông Sê San - Srêpốk của Việt Nam.
Đồng thời, giúp Thủ tướng Chính phủ đôn đốc các bộ, ngành, địa phương và các tổ chức, cá nhân có liên quan: Thực hiện Hiệp định Hợp tác phát triển bền vững Lưu vực sông Mê Công và các quy chế, thủ tục liên quan; thực hiện các quy hoạch tài nguyên nước lưu vực sông liên tỉnh; quy hoạch môi trường và chuyên ngành có khai thác, sử dụng tài nguyên nước trên các Lưu vực sông Cửu Long và sông Sê San - Srêpốk; thực hiện các chương trình, đề án, dự án đã được phê duyệt trên các Lưu vực sông Cửu Long và sông Sê San- Srêpốk.
Ủy ban sông Mê Công Việt Nam tổ chức nghiên cứu khoa học công nghệ và đề xuất các giải pháp giảm thiểu tác động của các hoạt động phát triển kinh tế - xã hội của các quốc gia thượng nguồn tới các vùng lãnh thổ của Việt Nam thuộc Lưu vực sông Mê Công trong bối cảnh biến đổi khí hậu; tác động của các hoạt động phát triển kinh tế - xã hội của Việt Nam trong lưu vực sông Mê Công có tác động xuyên biên giới.
Theo dõi, giám sát diễn biến tài nguyên nước, các hoạt động sử dụng, bảo vệ, phát triển bền vững tài nguyên nước và tài nguyên liên quan trên Lưu vực sông Mê Công nhằm đảm bảo sử dụng công bằng, hợp lý nguồn nước sông Mê Công, bảo vệ quyền lợi của Việt Nam thông qua quy hoạch tổng thể, các dự án hợp tác và nghiên cứu khoa học công nghệ cho lưu vực Mê Công, đặc biệt là các dự án trên dòng chính.
Cơ cấu tổ chức của Ủy ban sông Mê Công Việt Nam gồm: Phó Thủ tướng Chính phủ làm Chủ tịch Ủy ban; Bộ trưởng Bộ Tài nguyên và Môi trường làm Phó Chủ tịch Thường trực kiêm Ủy viên Hội đồng Ủy hội sông Mê Công quốc tế của Việt Nam. Các Phó Chủ tịch Ủy ban gồm: Thứ trưởng các Bộ Ngoại giao, Kế hoạch và Đầu tư, Nông nghiệp và Phát triển nông thôn.
Các Ủy viên Ủy ban là Phó Chủ nhiệm Văn phòng Chính phủ; Thứ trưởng các Bộ: Tài nguyên và Môi trường, Công Thương, Xây dựng, Giao thông Vận tải, Khoa học và Công nghệ, Thông tin và Truyền thông, Văn hóa, Thể thao và Du lịch, Quốc phòng, Công an; Chánh Văn phòng Ủy ban sông Mê Công Việt Nam kiêm Ủy viên Ủy ban Liên hợp Ủy hội sông Mê Công quốc tế của Việt Nam; Cục trưởng Cục Quản lý Tài nguyên nước; Tổng Cục trưởng Tổng cục Môi trường; Tổng Cục trưởng Tổng cục Thủy lợi; Tổng Cục trưởng Tổng cục Phòng, chống thiên tai; Đại diện lãnh đạo của Ủy ban nhân dân các tỉnh/thành phố thuộc lưu vực sông Cửu Long và lưu vực sông Sê San -Srêpốk gồm: An Giang, Bạc Liêu, Bến Tre, Cà Mau, Cần Thơ, Đắc Lắk, Đắc Nông, Đồng Tháp, Gia Lai, Hậu Giang, Kiên Giang, Kon Tum, Lâm Đồng, Long An, Sóc Trăng,Tiền Giang, Trà Vinh, Vĩnh Long.
Các đại diện lãnh đạo Tập đoàn Điện lực Việt Nam và một số tổ chức khai thác, sử dụng nước, xả nước thải vào nguồn nước với quy mô lớn hoặc có tác động lớn tới nguồn nước của lưu vực sông; các nhà khoa học; các tổ chức chính trị - xã hội có liên quan được mời tham gia các cuộc họp của Ủy ban và các Tiểu ban khi cần thiết.
Ủy ban sông Mê Công Việt Nam có hai tiểu ban: Tiểu ban lưu vực sông Cửu Long và Tiểu ban lưu vực sông Sê San - Srêpốk.