Theo kết luận, đến thời điểm thanh tra, tổng số vốn đã giao thực tế cho các dự án là hơn 14.000 tỉ đồng trên tổng số hơn 17.000 tỉ đồng kế hoạch vốn. Tổng giá trị khối lượng xây lắp hoàn thành đã nghiệm thu của các dự án gần 14.000 tỉ đồng.
Về những kết quả đạt được, các dự án đã hoàn thành khoảng 70% khối lượng công việc tổng thể. Dự án hoàn thành, đưa vào sử dụng cơ bản góp phần khắc phục ách tắc giao thông và từng bước đồng bộ các tuyến tránh, kết nối quốc lộ 1A và đường Hồ Chí Minh.
Tuy nhiên, Thanh tra Chính phủ cũng chỉ ra hàng loạt vi phạm, khuyết điểm tại các dự án trong diện thanh tra. Theo kết luận, Bộ Giao thông vận tải, Bộ Kế hoạch và Đầu tư trình Thủ tướng giao danh mục dự án đầu tư và kế hoạch vốn tiếp tục còn dư cho các dự án, trong đó có 8 dự án chưa đủ điều kiện theo quy định.
Trong đó, Bộ Giao thông vận tải đã giao sở giao thông vận tải các tỉnh làm chủ đầu tư 19 dự án nhưng chưa làm rõ năng lực của các ban quản lý dự án, năng lực quản lý của các sở trước khi giao nhiệm vụ. Thanh tra các dự án, phát hiện Bộ này đã phê duyệt tổng mức đầu tư dự án thành phần đầu tư xây dựng cơ bản tuyến đường kết nối giữa đường cao tốc Cầu Giẽ (Ninh Bình) với quốc lộ 1A không đúng, dẫn đến giao vốn vượt nhu cầu của dự án. Thanh tra Bộ Tài chính kết luận dự án bị đội vốn đầu tư trên 476 tỉ đồng, vốn tồn đọng đến hơn 926 tỉ đồng.
Bộ Giao thông vận tải phê duyệt lựa chọn nhà thầu thực hiện dự án bằng hình thức chỉ định thầu đối với dự án thành phần đầu tư xây dựng tuyến đường kết nối giữa đường cao tốc Cầu Giẽ - Ninh Bình với quốc lộ 1A giai đoạn II và dự án xây dựng đường Hồ Chí Minh đoạn Năm Căn - Đất Mũi (tỉnh Cà Mau) giai đoạn II không thuộc đối tượng được chỉ định thầu.
Bộ cũng phê duyệt dự án đầu tư mở rộng các cầu trên quốc lộ 1A, đoạn qua tỉnh Tiền Giang trên cơ sở kết quả khảo sát, thiết kế không sát với thực tế. Một số dự án tại Nghệ An, Hà Tĩnh, Quảng Nam cũng bị cơ quan thanh tra chỉ ra hàng loạt sai phạm liên quan ký kết hợp đồng thi công, hồ sơ mời thầu…
Nhiều sai phạm trong khâu thi công
Liên quan đến công tác quản lý thi công công trình, Thanh tra Chính phủ phát hiện vi phạm ở hàng loạt dự án tại nhiều khâu thi công.
Cụ thể, với dự án thành phần đầu tư xây dựng tuyến đường kết nối giữa cao tốc Cầu Giẽ với quốc lộ 1A (giai đoạn II), chủ đầu tư đã ký hợp đồng xây dựng với nhà thầu bằng hình thức bù trừ giá trực tiếp. Theo cơ quan thanh tra, việc triển khai như thế này là "không đúng quy định pháp luật".
Dự án tuyến tránh thành phố Kon Tum, tỉnh Kon Tum tại gói thầu số 4, nhà thầu đã không lập, trình chủ đầu tư phê duyệt phương án kỹ thuật khảo sát xây dựng.
Tại dự án nâng cấp, mở rộng tuyến đường nối quốc lộ 1A đến đường cao tốc Đà Nẵng - Quảng Ngãi và đường ven biển tỉnh Quảng Nam, thanh tra phát hiện Bộ Giao thông vận tải phê duyệt thiết kế bản vẽ thi công có những nội dung thay đổi so với bước thiết kế khảo sát khi không có phê duyệt điều chỉnh. Nội dung này cũng bị kết luận vi phạm quy định pháp luật.
Dự án tuyến tránh thành phố Kon Tum, Bộ Giao thông vận tải cũng phê duyệt thiết kế kỹ thuật và dự toán hai gói thầu sai về cự ly vận chuyển vật liệu, dẫn đến giá trị hợp đồng gói thầu xây lắp tăng sai, tương ứng gần 2,4 tỉ đồng.
Dự án đường Hồ Chí Minh đoạn Năm Căn - Đất Mũi, nhà thầu không thi công một số công việc theo hợp đồng như sửa chữa cầu cũ trị giá 527 triệu đồng; không thi công các hạng mục đảm bảo giao thông, báo hiệu đường sông, trạm điện trị giá 492 triệu đồng…
Dự án đầu tư mở rộng các cầu trên quốc lộ 1A, đoạn qua tỉnh Tiền Giang, Bộ Giao thông vận tải phê duyệt biện pháp thi công dưới nước không phù hợp thực tế, làm tăng dự toán chi phí 700 triệu đồng.
Từ đó, Thanh tra Chính phủ kiến nghị Bộ Giao thông vận tải, Bộ Kế hoạch và Đầu tư kiểm điểm trách nhiệm việc đề xuất danh mục dự án đầu tư và giao vốn cho các dự án không đúng quy định.
Sở Giao thông vận tải Ninh Bình và Sở Giao thông vận tải Kon Tum bị yêu cầu sớm chấn chỉnh, khắc phục và xử lý trách nhiệm của tổ chức, cá nhân liên quan đến khuyết điểm, vi phạm tại một số dự án trên địa bàn.