Bên cạnh khen ngợi tinh thần trách nhiệm, sự chủ động phối hợp tích cực, hiệu quả của các thành viên Ban Chỉ đạo các cấp về Tìm kiếm, quy tập và xác định danh tính hài cốt liệt sĩ (Ban Chỉ đạo quốc gia 515) cùng các cơ quan chức năng, địa phương trong việc triển khai, thực hiện 2 đề án nói trên, Phó Thủ tướng Vũ Đức Đam cũng chỉ rõ những hạn chế nhất định cần được rút kinh nghiệm và có biện pháp khắc phục trong thời gian tới.
Phó Thủ tướng Chính phủ đề nghị Bộ Quốc phòng tăng cường chỉ đạo, đôn đốc, kiểm tra việc tìm kiếm, quy tập hài cốt liệt sĩ ở trong nước, nhất là các địa phương thuộc địa bàn trọng điểm; chỉ đạo đẩy nhanh tiến độ rà phá bom mìn để tìm kiếm, quy tập hài cốt liệt sĩ và góp phần thúc đẩy phát triển kinh tế, xã hội tại các địa phương. Chủ trì nghiên cứu, đề xuất Chính phủ sớm triển khai thực hiện Quy trình xác định danh tính hài cốt liệt sĩ còn thiếu thông tin, nhất là quy trình thực chứng để xác minh, kết luận hơn 600.000 mộ liệt sĩ trong nghĩa trang liệt sĩ thiếu một phần thông tin; đồng thời, hoàn thành cơ bản việc kết luận địa bàn, lập bản đồ tìm kiếm, quy tập hài cốt liệt sĩ ở 3 cấp xã, huyện, tỉnh trong phạm vi cả nước.
Phó Thủ tướng yêu cầu các bộ, ban, ngành, địa phương và các cơ quan, đơn vị có liên quan thực hiện tốt hơn nữa trong việc tìm kiếm, quy tập, xác định danh tính hài cốt liệt sĩ theo phạm vi, chức năng, nhiệm vụ được giao. "Với trách nhiệm chính trị trước Đảng, trước nhân dân và lòng biết ơn sâu sắc trước các anh hùng liệt sĩ đã anh dũng hy sinh vì sự nghiệp đấu tranh giải phóng dân tộc, với kinh nghiệm thực tiễn tích lũy được trong những năm qua, nhất định chúng ta sẽ thực hiện tốt hơn nhiệm vụ tìm kiếm, quy tập, xác định danh tính hài cốt liệt sĩ trong những năm tiếp theo, đáp ứng mong mỏi của nhân dân và thân nhân các gia đình liệt sĩ", Phó Thủ tướng nhấn mạnh.
Theo báo cáo từ Bộ Quốc phòng, giai đoạn 2016 - 2018, Bộ đã chuyển giao hơn 700.000 dữ liệu về liệt sĩ; Bộ Lao động - Thương binh và Xã hội chuyển giao 1.200.000 dữ liệu về liệt sĩ, gần 900.000 dữ liệu về mộ liệt sĩ và hơn 3.000 dữ liệu về nghĩa trang liệt sĩ cho Bộ Thông tin và Truyền thông để chuẩn hóa, tích hợp liên thông cơ sở dữ liệu phục vụ công tác tìm kiếm, quy tập hài cốt liệt sỹ và xác định hài cốt liệt sĩ. Bộ Lao động - Thương binh và Xã hội phối hợp với Tổng công ty Bưu điện Việt Nam xây dựng, triển khai Cổng thông tin điện tử về liệt sĩ, mộ liệt sĩ và nghĩa trang liệt sĩ.
Từ năm 2016 - 2018, toàn quốc đã tìm kiếm, quy tập được 5.886 hài cốt liệt sĩ, trong đó ở trong nước là 2.670 hài cốt liệt sĩ, tại Lào là: 854 hài cốt liệt sĩ và Campuchia là 2.362 hài cốt liệt sĩ. Từ năm 2017 đến nay, bằng phương pháp thực chứng đã xác định được 284 hài cốt liệt sĩ; bằng phương pháp giám định ADN đã phân tích được 475 trường hợp, có quan hệ huyết thống 54 trường hợp, không có quan hệ huyết thống 421 trường hợp...
Tuy nhiên, quá trình triển khai, tổ chức thực hiện 2 đề án này cũng gặp không ít khó khăn, như: Thông tin về liệt sĩ, thân nhân liệt sĩ, mộ liệt sĩ ngày càng ít dần; số lượng hài cốt liệt sĩ cần phải tìm kiếm, quy tập và số lượng mộ liệt sĩ thiếu thông tin cần phải xác định danh tính còn lớn; hồ sơ, danh tính liệt sĩ, sơ đồ mộ chí, hồ sơ quy tập hài cốt liệt sĩ quản lý, lưu trữ còn nhiều sai sót, bất cập...
Theo Bộ Quốc phòng, giai đoạn 2019 - 2020 sẽ phấn đấu hoàn thành cơ bản bộ cơ sở dữ liệu quốc gia về liệt sĩ, thân nhân liệt sĩ, mộ liệt sĩ và nghĩa trang liệt sĩ, từng bước công bố cho thân nhân, gia đình liệt sĩ; cơ bản hoàn thành việc lập bản đồ tìm kiếm quy tập ở 3 cấp trong phạm vi toàn quốc. Tổ chức tìm kiếm, quy tập được 60% hài cốt liệt sĩ có thông tin ở địa bàn trong nước; tiếp tục tổ chức tìm kiếm quy tập hài cốt liệt sĩ ở Lào, Campuchia đến khi không còn thông tin về nơi chôn cất liệt sĩ; nâng cao nơn nữa kết quả xác định danh tính hài cốt liệt sĩ thiếu thông tin...