Theo Quyết định số 596/QĐ-TTg ngày 20/5/2019 của Thủ tướng Chính phủ về việc thành lập Ban Chỉ đạo quốc gia về chống khai thác hải sản bất hợp pháp, không báo cáo và không theo quy định, Ban Chỉ đạo có chức năng tham mưu giúp Thủ tướng Chính phủ chỉ đạo phối hợp giải quyết những công việc quan trọng, liên ngành thuộc thẩm quyền của Thủ tướng Chính phủ liên quan đến công tác chống khai thác hải sản bất hợp pháp, không báo cáo và không theo quy định (gọi tắt là chống khai thác IUU).
Bên cạnh đó, chỉ đạo đôn đốc phối hợp với các bộ, ban, ngành và địa phương triển khai, thực hiện chống khai thác IUU đáp ứng theo thông lệ quốc tế, các công ước, hiệp định quốc tế mà Việt Nam tham gia, ký kết, phù hợp với quy định của các tổ chức nghề cá trong khu vực và quốc tế về chống khai thác IUU.