Luật gồm 16 chương, 207 điều quy định nguyên tắc, trình tự, thủ tục, tổ chức, nhiệm vụ, quyền hạn của cơ quan, người có thẩm quyền trong thi hành bản án, quyết định về hình phạt tù, tử hình, cảnh cáo, cải tạo không giam giữ, cấm cư trú, quản chế, trục xuất, tước một số quyền công dân, cấm đảm nhiệm chức vụ, cấm hành nghề hoặc làm công việc nhất định, án treo, tha tù trước thời hạn có điều kiện, hình phạt đình chỉ hoạt động có thời hạn, đình chỉ hoạt động vĩnh viễn, cấm kinh doanh, cấm hoạt động trong một số lĩnh vực nhất định, cấm huy động vốn, biện pháp tư pháp; quyền, nghĩa vụ của người, pháp nhân thương mại chấp hành án hình sự, biện pháp tư pháp; trách nhiệm của cơ quan, tổ chức, cá nhân có liên quan trong thi hành án hình sự, biện pháp tư pháp.
Luật quy định rõ quyền và nghĩa vụ của phạm nhân. Theo đó, phạm nhân có các quyền được bảo hộ tính mạng, sức khỏe, tài sản, tôn trọng danh dự, nhân phẩm; được phổ biến quyền và nghĩa vụ của mình, nội quy cơ sở giam giữ phạm nhân; được bảo đảm chế độ ăn, ở, mặc, đồ dùng sinh hoạt cá nhân, chăm sóc y tế theo quy định; gửi, nhận thư, nhận quà, tiền; đọc sách, báo, nghe đài, xem truyền hình phù hợp với điều kiện của nơi chấp hành án; được tham gia hoạt động thể dục, thể thao, sinh hoạt văn hóa, văn nghệ; được lao động, học tập, học nghề.
Ngoài ra, phạm nhân được gặp, liên lạc với thân nhân, đại diện cơ quan, tổ chức hoặc cá nhân; đối với phạm nhân là người nước ngoài được thăm gặp, tiếp xúc lãnh sự; được tự mình hoặc thông qua người đại diện để thực hiện giao dịch dân sự theo quy định của pháp luật; được bảo đảm quyền khiếu nại, tố cáo; được đề nghị xét đặc xá, bồi thường thiệt hại theo quy định của pháp luật; được tham gia bảo hiểm xã hội tự nguyện, hưởng chế độ, chính sách về bảo hiểm xã hội theo quy định của pháp luật; được sử dụng kinh sách, bày tỏ niềm tin tín ngưỡng, tôn giáo theo quy định của pháp luật; được khen thưởng khi có thành tích trong quá trình chấp hành án.
Bên cạnh đó, phạm nhân có nghĩa vụ chấp hành bản án, quyết định của Tòa án có hiệu lực pháp luật, quyết định của cơ quan quản lý thi hành án hình sự, cơ quan thi hành án hình sự trong quá trình thi hành án hình sự và các quyết định khác của cơ quan nhà nước có thẩm quyền; chấp hành nội quy của cơ sở giam giữ phạm nhân, các tiêu chuẩn thi đua chấp hành án; chấp hành yêu cầu, mệnh lệnh, hướng dẫn của cán bộ cơ sở giam giữ phạm nhân; lao động, học tập, học nghề theo quy định. Phạm nhân làm hư hỏng, làm mất hoặc hủy hoại tài sản của người khác thì phải bồi thường. Phạm nhân có quyền và nghĩa vụ khác theo quy định của Luật này.
Liên quan đến vấn đề tổ chức lao động cho phạm nhân, Luật quy định: Căn cứ vào độ tuổi, sức khỏe, giới tính, mức án, tính chất, mức độ hành vi phạm tội của phạm nhân; điều kiện đất đai, tài nguyên, các ngành nghề, trang thiết bị, phương tiện, vật tư, nguồn vốn mà trại giam đang quản lý và điều kiện cụ thể của trại giam; khả năng hợp tác với tổ chức, cá nhân để tổ chức lao động cho phạm nhân, Giám thị trại giam lập kế hoạch tổ chức lao động cho phạm nhân trong năm, gửi về cơ quan quản lý thi hành án hình sự Bộ Công an, cơ quan quản lý thi hành án hình sự Bộ Quốc phòng để phê duyệt.
Kế hoạch tổ chức lao động cho phạm nhân hằng năm phải có các nội dung cơ bản về tổng số phạm nhân, trong đó có số lượng phạm nhân đủ điều kiện lao động theo quy định của pháp luật; dự kiến chi phí cho lao động; trích khấu hao tài sản cố định; dự kiến kết quả lao động của phạm nhân; chênh lệch thu, chi trong tổ chức lao động của phạm nhân; dự kiến, đề xuất kế hoạch sử dụng kết quả lao động của phạm nhân.
Qua thảo luận, nhiều ý kiến đại biểu tán thành phương án quy định cho phép doanh nghiệp hợp tác với trại giam để tổ chức lao động cho phạm nhân theo hướng: doanh nghiệp tổ chức các khu sản xuất, điểm lao động ngoài trại giam do doanh nghiệp bỏ vốn đầu tư, xây dựng, trực tiếp tổ chức sản xuất, quản lý; trại giam phối hợp và đưa phạm nhân ra lao động. Trong khi đó, cũng có nhiều ý kiến không nhất trí phương án quy định trên.
Trong báo cáo giải trình tiếp thu, chỉnh lý dự thảo Luật Thi hành án hình sự (sửa đổi), Ủy ban Thường vụ Quốc hội nêu rõ chính sách nhất quán của Nhà nước là: đối với người bị phạt tù thì buộc họ phải lao động, học tập để trở thành người có ích cho xã hội (điểm e khoản 1 Điều 3 Bộ luật Hình sự). Do đó, đối với người bị phạt tù, lao động là nghĩa vụ bắt buộc và là nội dung quan trọng trong công tác giáo dục cải tạo phạm nhân. Để nâng cao hiệu quả công tác này, việc trại giam hợp tác với tổ chức, cá nhân để tổ chức lao động cho phạm nhân là cần thiết. Pháp luật hiện hành cho phép trại giam tự mình hoặc hợp tác với tổ chức, cá nhân để tổ chức các khu lao động, dạy nghề cho phạm nhân; các khu này phải do trại giam trực tiếp đứng ra tổ chức, thuộc phạm vi quản lý của trại giam. Riêng đối với các khu sản xuất, điểm lao động ngoài trại giam do doanh nghiệp bỏ vốn đầu tư, xây dựng, trực tiếp tổ chức sản xuất, quản lý; trại giam phối hợp và đưa phạm nhân ra lao động, đây là vấn đề mới.
Ủy ban Thường vụ Quốc hội đã tổ chức xin ý kiến đại biểu Quốc hội về vấn đề này. Kết quả xin ý kiến chưa đạt được sự đồng thuận cao của đại biểu Quốc hội (chưa đạt 50% tổng số đại biểu Quốc hội) nên Ủy ban Thường vụ Quốc hội đề nghị chưa quy định nội dung này trong dự thảo Luật.